当我们使用R进行论文模拟时，通常会涉及到许多的循环。一般比较容易的提速方法是将我们的for循环改写为apply族的方法进行向量化运算，但这个方法速度提升的有限，在真实模拟时，如果要与其他算法进行速度的比较，除非自己的算法非常出色，否则还是很难与一些成熟包中的算法相庭抗礼。这时想要再次进行提速，有多种方法，常见的几种是将代码改写为Fortran代码，改写为C++代码抑或改写为C代码。由于Rcpp包的
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2023-10-11 23:16:47
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本文简要介绍如何使用R语言cpm包进行变点检测，change point detection 序列变点检测在金融气象等领域的应用十分广泛。最近我在分析表观遗传数据的时候也用到了这项功能，当然是基于R语言进行分析的。下面给出一个简单的使用示例。安装cpm包。install.packages("cpm") #初次使用需安装，以后就不需要了
library(cp
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2023-05-28 15:26:40
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# 为什么R语言无法安装chAMP？
在生物信息学领域，R语言是一种非常常用的工具，用于数据分析和统计处理。而chAMP是一个用于分析DNA甲基化数据的R包，它提供了许多便捷的功能，但有时候我们会遇到无法安装chAMP的情况。本文将从几个可能的原因出发，探讨R语言无法安装chAMP的情况，并给出解决方法。
## 版本不匹配
在安装R包时，经常会出现版本不匹配的情况。chAMP包可能要求在特定
原创
2024-05-02 04:56:27
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# R语言如何安装ChAMP
ChAMP（Chip Analysis Methylation Pipe）是一款广泛用于分析甲基化芯片数据的R语言工具包，具有良好的性能和可操作性。通过ChAMP，用户可以方便地处理和分析Illumina甲基化数据，以获取有意义的生物信息。本文将详细介绍如何安装ChAMP及其基本使用方法，并举一个案例进行展示。
## 一、前期准备
在安装ChAMP之前，确保你的
R语言语言学与R语言的碰撞Xu & YangPhoneticSan 学习参考Discovering Statistics Using RStatistics for Linguistics with RHow to Do Linguistics with RR in ActionAnalyzing Linguistic Data··· ···RecapGUI设计允许定义各种类型的输入框
rattle 是R语言的一个包，它是在R语言中可视化地处理分析挖掘数据的一个非常受欢迎的工具。数据科学工作者，可以用它输入数据、变换数据、对数据进行探索性分析、对数据进行常见算法的建模，而不用编写哪怕一行代码。这既方便初学者学习R语言，又大大节省了R语言老手在数据建模初级阶段进行数据处理的时间。rattle包的安装步骤如下:1，首先，安装R语言，请在 https://cran.r-project.
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2024-03-05 09:59:56
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**R语言ChAMP：DNA甲基化数据分析的利器**
DNA甲基化是一种重要的表观遗传修饰形式，它在基因组稳定性、组织发育、疾病发生等方面发挥着关键的作用。因此，研究DNA甲基化对于深入理解生物学过程和疾病机制至关重要。而R语言是一种功能强大的统计计算和图形化环境，而ChAMP则是R语言中用于DNA甲基化数据分析的一个重要工具包。下面将介绍ChAMP的主要功能和使用方法。
首先，我们需要安装C
原创
2023-07-07 09:09:43
1067阅读
ChAMP 包提供了完整的分析illumina甲基化芯片的
原创
2022-06-21 05:24:53
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注： 本文是R语言sf包的核心开发者和维护者——来自德国明斯特大学的地理信息学教授：
Edzer Pebesma 的一篇关于sf包的简介，发表于2018年7月的R语言期刊，主要讲述了sf的定位、功能、开发现状及现存问题和今后展望，sf包是一个非常了不起的工具，在R语言中引入了空间数量分析领域通用的标准规范（simple feature），结合tidyverse工具箱组合
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2023-06-30 18:38:28
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1.单因素方差分析：适用于单因素A有两个水平或以上，研究个水平对因变量的影响正态假设条件：W检验shapiro.test():原假设为数据来自正态分布方差齐性条件：Bartlett检验（主要用于正态分布的数据） bartlett.test(x, g, ...)x是数据向量或列表（list）；g是因子向量，如果x是列表则忽略g。 当使用数据集时，也可以通过formula调用函数&
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2023-06-25 20:40:28
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http://blog.sina.com.cn/s/blog_597fcb450100c3um.html 【转】R与SAS、SPSS的比较 (2009-03-05 20:29:40)
转载 标签： 教育分类： 学习R与SAS、SPSS的比较R语言 R是用于统计分析、绘图的语言和操作环境。R是
加载可能用到的包library(xml2)
library(rvest)
library(reshape2)
library(ggplot2)
library(dplyr)读取数据打开数据来源的链接，鼠标点击右键检查，将内容复制到文本文件中，我这里命名为new1.txtpage"new1.txt")
JokicJokic[[9]]
list(Jokic)
df1colnames(df1)首先看一看
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2023-11-03 12:30:17
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回归分析是科学研究中十分重要的数据分析工具。随着现代统计技术发展，回归分析方法得到了极大改进。混合效应模型（Mixed effect model），或称多水平模型（Multilevel model）/分层模型(Hierarchical Model)/嵌套模型(Nested Model)，无疑是现代回归分析中应用最为广泛的统计模型，代表了现代回归分析主流发展方向。混合效应模型形式灵活可以应对现代科学
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2023-07-11 09:45:08
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作者：圈圈Getting Data In and Out of R（一）读取数据读取数据所需的几种函数：read.table、 read.csv：最常用的读取列表数据函数，可返回数据框形式。readLines：逐行读取文本文件，返回一个字符向量source：读取R代码、脚本dget：读取R代码（读取的是以逆句法分析后以文本文件储存的R对象）load、 unserialize：把
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2023-10-12 11:04:39
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作者：丁点helper 前面的文章提到，R语言是一门针对『对象』的语言，这里说的对象，最主要的就是数据。R可以创建、读取、处理多种类型的数据。今天先讲一些基本概念。R语言中的数据类型稍微接触过统计的同学应该很熟悉下图所示的变量类型，R中的多种数据类型可以满足各类变量的表达，我们逐一讲解： 1. 数值型(numeric)：数据的内容为数字。上图中，定量变量和定性变量都可以用数值
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2023-09-12 17:20:07
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在既往文章中，我们已经介绍了R语言计算人年及可信区间的计算。但是计算的是总的人年发病率的比较情况，假如我们想知道分层发病率的情况呢？拿既往乳腺癌的数据为例子，我们已经知道了有淋巴结肿大和没有淋巴结肿大患者总的生存率的比较，但是如果我们想了解在每个年龄段有淋巴结肿大和没有淋巴结肿大患者生存率有无区别？如下图 我们以R语言survival包演示泊松回归年龄分层发病率统计，继续使用我们的乳腺癌数据（公众
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2023-08-30 19:55:00
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主要作用：可重现一样的结果R语言中set.seed()作用是设定生成随机数的种子，目的是为了让结果具有重复性，重现结果。不设定种子不行吗？当然可以，但是结果就不能复现。如：x<-rnorm(3) #随机生成3个随机数
结果：1.4197419 -0.7460519 0.3603622
x<-rnorm(3) #再来一遍，生成的3个随机数又不一样了
结果：1.0796213 0.55
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2023-06-19 16:17:51
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一.绘制基本散点图(1)使用plot()函数(2)使用ggplot()函数 heightweight是个多列数据集ggplot(heightweight,aes(x=ageYear,y=heightIn))+geom_point()ggplot(heightweight,aes(x=ageYear,y=heightIn))+geom_point(shape=21)二.使用点形和颜色属性
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2023-06-19 17:25:29
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文章目录一、数据调用与预处理二、一元线性回归分析三、多元线性回归分析（一）解释变量的多重共线性检测（二）多元回归1. 多元最小二乘回归2. 逐步回归（三）回归诊断四、模型评价-常用的准则统计量 一、数据调用与预处理本文使用的数据为R语言自带数据集“iris”。iris数据集包含5个变量： 数值变量：Sepal.Length, Sepal.Width, Petal.Length, Petal.Wi
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2023-07-18 11:44:04
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一个关于 R作直方图的小例子 2010-04-27 19:31:36| 分类： R&Bioconductor|举报|字号订阅
首先是一串很简单的数据，有30个元素： 把它逐行打到一个TXT文件中去，命名为ex1.txt，保存在目录E:\Da 105
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