当我们使用R进行论文模拟时，通常会涉及到许多的循环。一般比较容易的提速方法是将我们的for循环改写为apply族的方法进行向量化运算，但这个方法速度提升的有限，在真实模拟时，如果要与其他算法进行速度的比较，除非自己的算法非常出色，否则还是很难与一些成熟包中的算法相庭抗礼。这时想要再次进行提速，有多种方法，常见的几种是将代码改写为Fortran代码，改写为C++代码抑或改写为C代码。由于Rcpp包的
本文简要介绍如何使用R语言cpm包进行变点检测，change point detection 序列变点检测在金融气象等领域的应用十分广泛。最近我在分析表观遗传数据的时候也用到了这项功能，当然是基于R语言进行分析的。下面给出一个简单的使用示例。安装cpm包。install.packages("cpm") #初次使用需安装，以后就不需要了
library(cp
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2023-05-28 15:26:40
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# 为什么R语言无法安装chAMP？
在生物信息学领域，R语言是一种非常常用的工具，用于数据分析和统计处理。而chAMP是一个用于分析DNA甲基化数据的R包，它提供了许多便捷的功能，但有时候我们会遇到无法安装chAMP的情况。本文将从几个可能的原因出发，探讨R语言无法安装chAMP的情况，并给出解决方法。
## 版本不匹配
在安装R包时，经常会出现版本不匹配的情况。chAMP包可能要求在特定
rattle 是R语言的一个包，它是在R语言中可视化地处理分析挖掘数据的一个非常受欢迎的工具。数据科学工作者，可以用它输入数据、变换数据、对数据进行探索性分析、对数据进行常见算法的建模，而不用编写哪怕一行代码。这既方便初学者学习R语言，又大大节省了R语言老手在数据建模初级阶段进行数据处理的时间。rattle包的安装步骤如下:1，首先，安装R语言，请在 https://cran.r-project.
**R语言ChAMP：DNA甲基化数据分析的利器**
DNA甲基化是一种重要的表观遗传修饰形式，它在基因组稳定性、组织发育、疾病发生等方面发挥着关键的作用。因此，研究DNA甲基化对于深入理解生物学过程和疾病机制至关重要。而R语言是一种功能强大的统计计算和图形化环境，而ChAMP则是R语言中用于DNA甲基化数据分析的一个重要工具包。下面将介绍ChAMP的主要功能和使用方法。
首先，我们需要安装C
原创
2023-07-07 09:09:43
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Champ 利用先进的人体网格恢复模型，从输入的人体视频中提取出对应的参数化三维人体网格模型 SMPL 序列（
ChAMP 包提供了完整的分析illumina甲基化芯片的
原创
2022-06-21 05:24:53
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注： 本文是R语言sf包的核心开发者和维护者——来自德国明斯特大学的地理信息学教授：
Edzer Pebesma 的一篇关于sf包的简介，发表于2018年7月的R语言期刊，主要讲述了sf的定位、功能、开发现状及现存问题和今后展望，sf包是一个非常了不起的工具，在R语言中引入了空间数量分析领域通用的标准规范（simple feature），结合tidyverse工具箱组合
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2023-06-30 18:38:28
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温故而知新6.函数6.5 自定义函数基本使用> ce2fa <- function(ce){
+ fa <- 1.8 * ce + 32
+ return(fa)
+ }
> ce2fa(0)
[1] 32
> ce2fa(0:10)
[1] 32.0 33.8 35.6 37.4 39.2 41.0 42.8 44.6 46.4 48.2 50.0
>
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2023-08-23 14:20:17
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R 语言实战（第二版）## part 3 中级方法-------------第8章 回归------------------#概念：用一个或多个自变量（预测变量）来预测因变量（响应变量）的方法
#最常用：OLS——普通最小二乘回归法，包括简单线性回归、多项式回归、多元线性回归
#过程：拟合OLS回归模型——>评价拟合优度——>假设检验——>选择模型
#OLS回归
#目标：减少因
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2023-08-11 13:56:29
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在既往文章中，我们已经介绍了R语言计算人年及可信区间的计算。但是计算的是总的人年发病率的比较情况，假如我们想知道分层发病率的情况呢？拿既往乳腺癌的数据为例子，我们已经知道了有淋巴结肿大和没有淋巴结肿大患者总的生存率的比较，但是如果我们想了解在每个年龄段有淋巴结肿大和没有淋巴结肿大患者生存率有无区别？如下图 我们以R语言survival包演示泊松回归年龄分层发病率统计，继续使用我们的乳腺癌数据（公众
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2023-08-30 19:55:00
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全面的回归分析包括对异常值的分析：离群点、高杠杆值点、强影响点。 离群点：模型效果不佳的观测点。 使用car包中的outlierTest（）函数，可以求得最大标准化残差绝对值Bonferroni调整后的p值，若不显著，则说明数据集中没有离群点，若显著，则必须删除该离群点。 > library(car)
> outlierTest(fit)可见，在这个回归模
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2023-08-13 20:56:44
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回归分析是科学研究中十分重要的数据分析工具。随着现代统计技术发展，回归分析方法得到了极大改进。混合效应模型（Mixed effect model），或称多水平模型（Multilevel model）/分层模型(Hierarchical Model)/嵌套模型(Nested Model)，无疑是现代回归分析中应用最为广泛的统计模型，代表了现代回归分析主流发展方向。混合效应模型形式灵活可以应对现代科学
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2023-07-11 09:45:08
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下载和安装Windows环境的R1.进入主页，点击 蓝色加粗的 download R 2.随便点击一个镜像，这里点击的是http://mirror.fcaglp.unlp.edu.ar/CRAN/ 3.点击Download R for Windows 4.点击install R for the first time. 5.点击 Dow
一、预备知识1.使用图形 #绑定数据框mtcarsattach(mtcars)#打开一个图形窗口并生成散点图plot(wt,mpg)#添加一条最优拟合曲线abline(lm(mpg~wt))#图形名称title("aaa")#数据框解除绑定detach(mtcars)2.图形的保存 pdf() 、 win.metafile()、png()、jpeg()、bmp()、tiff()、xfig()等其他
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2023-08-10 11:15:26
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R语言是为数学工作者设计的一种数学编程语言，主要用于统计分析。绘图、数据挖掘。R语言是一种解释型的面向数学理论工作者的语言，与C语言同样是出自贝尔实验室之手，但是C语言是面向计算机软件工程师设计的。R 语言的特点R语言属于GNU开源软件，兼容性好，使用免费语法十分有利于复杂的数学运算数据类型丰富，包括向量、矩阵、因子、数据集等常用数据结构代码风格好，可读性强R环境安装R语言的开发环境本身具备了图形
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2023-09-06 19:50:33
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高级数据管理数值和字符处理函数数学函数函数描述np.abs(x)绝对值np.sqrt(x)平方根np.ceil(x)大于x的最小整数np.floor(x)小于x的最大整数np.trunc(x)向0截取x中的整数部分np.round(x, decimals=2)将x舍入为指定位的小数np.cos(x)/sin(x)/tan(x)余弦/正弦/正切np.arccos(x)/arcsin(x)/acrta
文章目录1. 仅知道函数的部分名称,想列出全部2. 列出全部有tab字段的函数,或者访问3. 自动补全4. 更改小数点位数5. 显示错误信息6. 升级R,但不想重装packages?7. 卸载已安装的packages8. library()的逆向操作9. 得到加载package的列表10. 读取Excel数据两种方法补充：读取pdf文件11. 在对原数据进行了删除处理,但是希望调出原数据12.
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2023-07-21 18:29:31
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Linux系统用户在使用R语言连接SQL数据库时，需要安装其他的扩展包，那么我们该使用ODBC方式进行安装还是使用DBI方式进行安装呢？今天小编就给大家分析下这两种安装方式的区别吧。数据分析经常需要从外部获得数据。很多情况下数据存放在关系型数据库中。一般我们可以用SQL来提取需要的数据，存为文本再由R来读入。这种方式结合了数据库的储存能力和R的分析能力，速度也非常快。但是如果要形成一套可重复性的自
文章目录一、数据调用与预处理二、一元线性回归分析三、多元线性回归分析（一）解释变量的多重共线性检测（二）多元回归1. 多元最小二乘回归2. 逐步回归（三）回归诊断四、模型评价-常用的准则统计量 一、数据调用与预处理本文使用的数据为R语言自带数据集“iris”。iris数据集包含5个变量： 数值变量：Sepal.Length, Sepal.Width, Petal.Length, Petal.Wi
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2023-07-18 11:44:04
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