步骤STEP1：表达矩阵ID转换STEP2：差异分析STEP3：KEGG数据库注释完整代码 写在前面——按照生信技能树的学习路线，学完R语言就该学习GEO数据挖掘了。有人说GEO数据挖掘可以快速发文不知道靠不靠谱。反正学一学总没有坏处。看完Jimmy老师的视频，写一篇总结方便日后复习。这里有很多操作在 STEP1：表达矩阵ID转换首先理解下面的4个概念：GEO Platform (GPL)GE
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2023-08-25 16:08:19
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深度测序（deep sequencing）,下一代测序（NGS），二代测序或者短读长测序（Shotr-read sequencing）在生命科学领域日趋成熟，甚至目前也发展出了单分子实时测序的第三代测序。利用测序研究生命活动的基本规律日趋重要，转录组测序，单细胞测序等等都已经成为大规模地研究基因的手段，使得研究人员可以根据数据，利用统计学的检验进行无偏见的选取目的基因。但是您可能会被那些令人生畏的
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2024-07-30 10:29:51
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外泌体是胞内多泡体与细胞膜融合后，释放到细胞外的膜性小囊泡，是细胞间信号传输的载体。2013年，诺贝尔生理学或医学奖授予了三位科学家，表彰其在细胞间囊泡运输调控机制领域作出突出贡献，将外泌体研究的热度推向高潮。由于在临床上的巨大应用价值，近几年外泌体成为科研热点，相关论文发表数量呈爆炸式增长。 也许很多老师苦于外泌体研究如此火爆却无从介入 其实，外泌体就
目录1.GEO数据库简介2.从GEO数据库下载数据2.1使用GEOquery包从GEO数据库下载数据2.2了解下载函数返回的对象2.3ExpressionSet对象简单讲解3.芯片基础知识3.1基础介绍3.2illumina的bead 系列表达芯片扫盲 1.GEO数据库简介NCBI Gene Expression Omnibus（GEO）是一个存储各种高通量实验数据的公共数据库。这些数据包括基于
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2023-12-07 14:47:15
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前言随着二代测序数据的大量产生，存储高通量测序的数据库也越来越多，重要的数据库有ENCODE、Roadmap、SRA、GEO等，当我们测得了一些高通量测序的数据，并需要上传到公共数据库时，就要学会如何上传我们的数据了。同样的问题也在公众号中发布内容“SRA数据库介绍”时，便有粉丝提出了“求ncbi数据上传贴”的迫切需求。那么，这期给大家带来的便是是如何向GEO数据库中上传高通量测序的数据。GEO数
原创
2021-03-27 07:28:53
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本文介绍由美国生物科技公司Calico Life Sciences的Han Yuan 和 David R. Kelley共同通讯发表在 Nature methods 的研究成果：单细胞ATAC-seq（scATAC）在研究表观遗传景观中的细胞异质性方面具有巨大前景，但由于数据高维性和稀疏性的特点，scATAC的分析仍然面临重大挑战。为此，作者提出了一种基于DNA序列的卷积神经网络方法(scBass
# GEO数据库高通量测序数据分析的R语言实践
在生物信息学和基因组学领域，高通量测序（HTS）技术的出现极大地推动了生物科学的进步。Gene Expression Omnibus（GEO）数据库是一个重要的公共资源，存储了大量的基因表达和基因组数据。在这篇文章中，我们将探讨如何使用R语言对GEO数据库中的高通量测序数据进行分析，并给出相应的代码示例。
## GEO数据库简介
GEO是美国国
原创
2024-09-18 08:06:19
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MySQL矩阵式数据库是一种在传统关系数据库与NoSQL数据库之间结合的设计。它允许在行和列上进行灵活的数据存储和查询，特别适合需要高效存取和快速计算的应用场景。本文将深入探讨MySQL矩阵式数据库的实现与优化方案。
## 环境准备
在搭建MySQL矩阵式数据库之前，我们需要准备合适的环境。此环境支持多种技术栈的兼容性。
```mermaid
quadrantChart
title
import numpy as np
a=np.array([1,2 ,3, 4])
print(len(a))
b=np.array([[ 1000, 100, 10, 1],
[35, 9, 1, 5],
[22, 12, 3, 2]])
print(len(b))当是向量时，len函数返回向量的长度。当是矩阵时，len函数返回矩阵的行数。&nbs
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2023-05-27 17:21:29
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# MySQL数据库中矩阵的存储方式及解决实际问题
## 引言
在进行数据分析和处理时，矩阵是一种非常常用的数据结构。然而，在MySQL数据库中存储和操作矩阵并不直观和简单。本文将介绍如何在MySQL数据库中存储矩阵，并提供一个解决实际问题的示例。
## 矩阵的存储方式
在MySQL数据库中，矩阵可以通过多种方式进行存储，包括以下几种常见的方法：
### 方法一：使用二维表
最简单的方
原创
2023-08-31 13:00:06
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目录0. 基础环境1. 质控trimmomaticfastqc2. 比对 & 比对后处理比对：bwa1）编译安装2）使用方法比对后：samtools/picard/gatk3. 变异识别（SNP/InDel）GATK4最佳实践_1：碱基质量分数校正（BQSR）GATK4最佳实践_2：Mutect2检测体细胞突变1）GATK最佳实践3_VQSR或hard-filtering4. 变异注释A
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2024-01-12 17:27:08
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一、建表规约1、如果表达是否概念时，字段名使用is_xxx，0表示是，1表示否，如果确定字段一定是非负数使用unsigned。2、表名和字段名必须使用小写或数字，禁止数字开头，避免两个下划线中间只有数字。3、表名不使用复数名词，表名只代表实体，并不代表实体个数4、禁止使用保留字，如：desc/match/range，参考mysql官方保留字（）。5、主键索引名以pk_字段名，唯一索引用uk_字段名
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2023-11-09 10:43:17
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请设计一个函数，用来判断在一个矩阵中是否存在一条包含某字符串所有字符的路径。路径可以从矩阵中的任意一格开始，每一步可以在矩阵中向左、右、上、下移动一格。如果一条路径经过了矩阵的某一格，那么该路径不能再次进入该格子。例如，在下面的3×4的矩阵中包含一条字符串“bfce”的路径（路径中的字母用加粗标出）。[[“a”,“b”,“c”,“e”], [“s”,“f”,“c”,“s”], [“a”,“d”,“
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2023-12-16 21:16:02
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宏基因组篇前言之前的一篇文章已经从生物实验的角度讲述了高通量测序的原理，这篇文章旨在介绍宏基因组二代测序数据的处理方式及其原理。在正文开始之前，我们先来认识一下什么是宏基因组。以我的理解，宏基因组就是某环境中所有生物的基因组的合集，这个环境可以是下水道，河流等自然环境，也可以是人体内肠道，口腔等体环境。而宏基因组中的生物往往指的是微生物，如真菌，细菌，病毒，古细菌。我们这里主要以肠道微生物为例，也
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2024-01-09 21:35:19
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近日，工作上遇到了一些数据处理问题，同事一直头痛如何处理，我帮忙看了一下，情况是客户提供一堆测试方案文件，文件中的项目由不同部门完成，最后要把数据整合，并统计，总共有几百上千条。本来应该由IT 人员开发一个WEB 服务，按部门逐一分类，由各个部门负责人在网上更新 ，最后统计导出Excel .但这样做好像大费周章，写申请，等审核，一来一回没有半年三五个月都搞不定，还是自己动手丰衣足食。
测序数据拿回来之后，会给一些数据。那么这些数据代表什么呢？1. 原始数据（Raw data）：一次测序产生的全部原始数据。理论上，它们应该是没有经过任何过滤的，无论好坏。2. PF数据（PF data）：在测序过程中，Illumina内置软件根据每个测序片段（read，通常每个片段长100个碱基）前25个碱基的质量决定该read是保留还是抛弃。如果没有达到质控标准，则该read的全部碱基都被抛弃；
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2023-07-06 16:16:22
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原理介绍篇前言最近正在学习如何处理高通量测序的数据，我认为要处理高通量测序数，那么对测序原理要有一个清晰的认识，本篇文章介绍了sanger测序，二代测序的测序原理1. sanger测序要了解二代测序的优势，以及进步在何处，我们需要认识旧的测序方式的缺陷，从而深刻理解二代测序。我们知道，在DNA合成时，是通过四个不同的碱基，按照模板链一一合成的， 而在sanger测序中，需要介绍一种特殊的碱基 ——
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2023-10-24 18:03:23
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每个测序样品的Raw Data包括两个FASTQ文件，分别包含所有cDNA片段两端测定的Reads。FASTQ格式文件示意图如下： FASTQ格式文件示意图注：FASTQ文件中通常每4行对应一个序列单元：第一行以@开头，后面接着序列标识（ID）以及其它可选的描述信息；第二行为碱基序列，即Reads；第三行以“+”开头，后面接着可选的描述信息；第四行为Reads每个碱基对应的质量打分编码，
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2024-04-15 13:20:43
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Python——矩阵相加（采用矩阵相加数学计算方法实现）（tkinter实现）1.addmatrix.py2.结果示例 【矩阵相加】采用线性代数中，计算矩阵相加的方法实现1.在点击“矩阵相加”之前，要先点击其余所有按钮 2.本文具有能否相加的输入检查 3.矩阵的输入方式：将每行依次输入，变成行数为1的矩阵输入 如： 4 5 6 1 2 3 输入为：[4,5,6,1,2,3]1.addmatrix
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2023-05-26 10:08:23
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1. 注册及登录账号1）注册账号：进入NCBI（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/）网页，选择对应的账号进行注册，按照提示填写。2）登录账号：输入账号及密码（注册时使用哪种账号注册，登录时选择对应的登录通道登录），点击Log in，然后点击左上角的NCBI大图标回到NCBI的主页，点击图中Submit按钮进入提交数据页面。2. 生成Biosample编号1）进入S
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2024-04-25 06:24:43
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