DNA 测序技术用以分析特定DNA 片段的碱基序列（腺嘌呤（A）、胸腺嘧啶（T）、胞嘧啶（C）与鸟嘌呤（G））的排列方式.图2 DNA 测序及拼接过程示意图 Fig. 2 Diagram of DNA sequencing and assembly测序完成后的第一步也是最重要的一步就是根据读序拼接回贴成完整的序列，其测序与拼接过程如图2 所示.拼接算法用于将测出的读序拼接成完整的染色体序列（chr
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2023-10-16 17:42:05
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# Python 实现 DNA 测序仪
## 引言
DNA 测序是现代生物科学研究的核心技术之一，其应用范围包括医学、农业和基础科学等多个领域。本文将介绍如何使用 Python 语言实现简单的 DNA 测序仪，帮助读者更好地理解 DNA 测序的基本原理和实现过程。
## DNA 测序的基本原理
DNA 测序的主要目的是确定 DNA 分子的核苷酸序列。现有测序技术有很多，如Sanger测序法
一代、二代、三代测序技术简要原理及比较1.一代测序1.1 Sanger测序2.二代测序2.1.Illumina Solexa合成测序2.2.Roche 454焦磷酸测序2.3.ABI SOLiD连接法测序2.4.BGI（华大基因）：纳米球测序3.三代测序3.1.Oxford Nanopore公司：[纳米孔测序技术]3.2.Pacific Bioscience公司：[单分子实时荧光测序技术SMRT
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2024-04-04 07:04:42
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DNA甲基化测序数据挖掘是一项旨在通过高通量测序技术分析DNA中甲基化修饰信息的研究。随着基因组学的发展，甲基化数据的挖掘已经成为研究疾病、个体化治疗和生物标志物的重要工具。然而，面对海量测序数据，传统的数据处理和分析方法常常面临效率低下和准确性不足的问题。
> **用户原始需求：**
> “我们需要一个高效、准确且可扩展的系统来挖掘和分析DNA甲基化测序数据，以便于进行比较和生物信息学研究。”
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。关于DNA甲基化测序：随着高通量测序技术的发展，我们能够从全基因组水平来分析5'-甲基胞嘧啶及组蛋白修饰等事件，发现很多基因组学研究发现不了的东西，这就是 "DNA甲基化测序"！且近年来测序成本的不断下降及测序技术的迭代更新，DNA甲基化测序方法可选择性更多了。那么常用的DNA甲基化测序技术有哪些呢？易基因提供全面的DNA甲基化研究整体
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2023-08-01 23:43:39
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大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 此前，我们分享了DNA甲基化研究的测序数据挖掘思路（点击查看详情），进而鉴定出研究的目的基因或目标区域的DNA甲基化。做完测序后，如果需要对分析结果中感兴趣的内容进行后期验证，则需要进行下游实验设计。DNA甲基化研究的后期验证包括简单验证、全基因组甲基化干扰实验（非靶向）、靶向目标基因的甲基化/去甲基化实验验证等。 
# R语言choosebank使用DNA数据库
## 介绍
DNA数据库是指存储和管理DNA序列信息的数据库。在生物学和生物信息学领域，研究人员经常需要使用DNA数据库来分析和比较DNA序列。R语言是一种功能强大的统计分析和数据可视化工具，也可以用于处理DNA序列数据。在本文中，我们将介绍如何使用R语言中的choosebank包来访问和使用DNA数据库。
## 安装和加载choosebank
原创
2023-07-18 11:35:36
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1.概述 DNA测序（DNA sequencing）作为一种重要的实验技术，在生物学研究中有着广泛的应用。早在DNA双螺旋结构（Watson and Crick,1
原创
2023-11-07 11:46:10
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RAD-Seq(restriction site-associated DNA sequencing)最开始指的是2008年发表在PLOS ONE上“Rapid SNP discovery and genetic mapping using sequenced RAD markers"提出的方法，目前该文章的引用已经达到1200+，现在指代的是一系列基于限制性内切酶的测序技术。同样在概念上被引申的
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2024-06-07 18:28:56
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DNA损伤与修复是生命活动中的重要现象，据统计，每个体细胞每天会受到至少六万次的DNA损伤，正是由于DNA损伤修复机制的存在，才能够随时纠正和修复这些损伤，保证生命活动的正常进行。如果DNA损伤没有被正确修复，可能发生以下3种情况细胞衰老，加速细胞衰老进程细胞凋亡，DNA损伤过度无法修复时，会启动凋亡程序来清除损伤的细胞细胞癌变，DNA损伤部分修复的情况下，细胞会出现各种基因组变异，累积到一定程
原创
2022-06-21 10:10:04
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大家好，这是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 2021年03月，《Methods》杂志以“DNA methylation methods: global DNA methylation and methylomic analyses”为题发表了关于DNA甲基化分析方法的综述文章，详细介绍了DNA甲基化分析方法的发展变化、DNA甲基化分析方法的技术应用、不同DNA甲基化分析
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2024-01-31 21:59:42
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步骤STEP1：表达矩阵ID转换STEP2：差异分析STEP3：KEGG数据库注释完整代码 写在前面——按照生信技能树的学习路线，学完R语言就该学习GEO数据挖掘了。有人说GEO数据挖掘可以快速发文不知道靠不靠谱。反正学一学总没有坏处。看完Jimmy老师的视频，写一篇总结方便日后复习。这里有很多操作在 STEP1：表达矩阵ID转换首先理解下面的4个概念：GEO Platform (GPL)GE
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2023-08-25 16:08:19
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前言这篇综述是为了纪念DNA测序的40周年，我们已经见证了多项技术革命和从几千个碱基到第一个人类基因组的增长，以及现在数以百万计的人类和无数其他基因组的诞生。DNA测序已经被广泛和创造性地重新设计，包括作为一个广泛的分子现象的“计数器”。我们预测，从长远来看，DNA测序的影响将与显微镜一样深远。DNA测序有两个相互交织的历史——即基础技术和它被证明能用于解决许多的问题。本文，我们首先回顾了DNA测
原创
2021-03-27 07:26:45
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深度测序（deep sequencing）,下一代测序（NGS），二代测序或者短读长测序（Shotr-read sequencing）在生命科学领域日趋成熟，甚至目前也发展出了单分子实时测序的第三代测序。利用测序研究生命活动的基本规律日趋重要，转录组测序，单细胞测序等等都已经成为大规模地研究基因的手段，使得研究人员可以根据数据，利用统计学的检验进行无偏见的选取目的基因。但是您可能会被那些令人生畏的
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2024-07-30 10:29:51
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外泌体是胞内多泡体与细胞膜融合后，释放到细胞外的膜性小囊泡，是细胞间信号传输的载体。2013年，诺贝尔生理学或医学奖授予了三位科学家，表彰其在细胞间囊泡运输调控机制领域作出突出贡献，将外泌体研究的热度推向高潮。由于在临床上的巨大应用价值，近几年外泌体成为科研热点，相关论文发表数量呈爆炸式增长。 也许很多老师苦于外泌体研究如此火爆却无从介入 其实，外泌体就
目录1.GEO数据库简介2.从GEO数据库下载数据2.1使用GEOquery包从GEO数据库下载数据2.2了解下载函数返回的对象2.3ExpressionSet对象简单讲解3.芯片基础知识3.1基础介绍3.2illumina的bead 系列表达芯片扫盲 1.GEO数据库简介NCBI Gene Expression Omnibus（GEO）是一个存储各种高通量实验数据的公共数据库。这些数据包括基于
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2023-12-07 14:47:15
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前言随着二代测序数据的大量产生，存储高通量测序的数据库也越来越多，重要的数据库有ENCODE、Roadmap、SRA、GEO等，当我们测得了一些高通量测序的数据，并需要上传到公共数据库时，就要学会如何上传我们的数据了。同样的问题也在公众号中发布内容“SRA数据库介绍”时，便有粉丝提出了“求ncbi数据上传贴”的迫切需求。那么，这期给大家带来的便是是如何向GEO数据库中上传高通量测序的数据。GEO数
原创
2021-03-27 07:28:53
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本文介绍由美国生物科技公司Calico Life Sciences的Han Yuan 和 David R. Kelley共同通讯发表在 Nature methods 的研究成果：单细胞ATAC-seq（scATAC）在研究表观遗传景观中的细胞异质性方面具有巨大前景，但由于数据高维性和稀疏性的特点，scATAC的分析仍然面临重大挑战。为此，作者提出了一种基于DNA序列的卷积神经网络方法(scBass
# GEO数据库高通量测序数据分析的R语言实践
在生物信息学和基因组学领域，高通量测序（HTS）技术的出现极大地推动了生物科学的进步。Gene Expression Omnibus（GEO）数据库是一个重要的公共资源，存储了大量的基因表达和基因组数据。在这篇文章中，我们将探讨如何使用R语言对GEO数据库中的高通量测序数据进行分析，并给出相应的代码示例。
## GEO数据库简介
GEO是美国国
原创
2024-09-18 08:06:19
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摘要DNA甲基化是一种重要的表观遗传修饰，其中5-甲基胞嘧啶（5mC），6-甲基腺嘌呤（6mA）和4-甲基胞嘧啶（4mC）是最常见的类型。以前的工作主要集中在5mC，通过DNA甲基化为表观遗传调控提供了宝贵的见解。最近开发的单分子实时（SMRT）测序技术为以单核苷酸分辨率检测为较少研究的DNA
6mA和4mC修饰提供了独特的机会。随着SMRT测序数据量的迅速增加，需要系统地从这些数据集中探索DN
原创
2021-03-26 11:27:20
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