在RNA-Seq分析中，为了获取基因表达量差异，于是产生了RPKM、FPKM、TPM定量方法，去除测序深度和基因长度的影响。RPKM用于单端测序；FPKM用于双端测序。而TPM计算方法类似于RPKM，但更具有优势，是目前使用的较多的定量方法。详细的解释及计算公式：https://www.jianshu.com/p/1940c5954c81（建
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2024-10-21 09:50:42
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宏基因组 ( Metagenome)(也称微生物环境基因组 Microbial Environmental Genome, 或元基因组) 。是由 Handelsman 等 1998 年提出的新名词, 其定义为“the genomes of the total microbiota found in nature” , 即生境中全部微小生物遗传物质的总和。它包含了可培养的和未可培养的微生物的基因
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2024-01-05 17:15:27
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1.获取功能基因核酸序列（宏基因组操作，在服务器上进行）•从prokka输出文件中的ffn中获取序列信息，碱基序列长度及结构，数量信息2.获取参考序列（普通计算机）•在Nucleotide BLAST: Search nucleotide databases using a nucleotide query进行核酸比对，获得参考序列物种、覆盖率、相似度、ID号、碱基序列和长度等信息(1)对于非细菌
文章目录Prokka：快速原核基因组注释热心肠日报摘要1 简介2 描述2.1 输入2.2 注释表1 Prokka使用的功能预测工具2.3 输出表2. 输出结果介绍3 结果表3. 比较大肠杆菌的注释结果 Prokka：快速原核基因组注释Prokka: rapid prokaryotic genome annotationBioinformatics, [4.531]2015-11-26 Metho
文章目录宏基因组测序在新发腹泻病毒鉴定中的应用写在前面背景研究方法病料收集与反饲文库构建基因组组装基因组注释研究结果Reference作者简介猜你喜欢写在后面 宏基因组测序在新发腹泻病毒鉴定中的应用撰文：李杰 常熟理工学院生物与食品工程学院 责编：刘永鑫 中科院遗传发育所写在前面发现和鉴定新病毒以及确定新病毒与疾病的关系是预防、诊断和治疗新发病毒性传染病的首要任务。高通量测序技术突破了传统技术方
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2023-08-24 01:15:46
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分析步骤宏基因组Illumina Hiseq PE150/250 测序fastx 进行原始序列统计 ==平台==Seqprep 和Sickle进行质控后数据统计，基于原始测序数据，使用相应软件对其进行数据质控，剪切掉数据中的低质量及含N的reads，获得后续分析需要的高质量序列。BWA去宿主后数据统计，去除宿主污染: Plants, Solanum_lycopersicumMultiple_Me
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2024-07-27 14:23:59
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简介宏基因组学研究广泛应用于土壤、水体等环境样本，以及与人类疾病相关的微生物群落的生物多样性分析。由于宏基因组学无需单独对病原体（如病毒、细菌，真菌和/或寄生虫）分离培养，通过核酸提取纯化可以直接分析临床样本，为传染病病原尤其是未知病原检测提供了新的技术手段和思路。基于宏基因组学的二代测序(mNGS)可以得到样本中全部物种的基因组，通过生物信息学分析技术根据唯一可识别的DNA和/或RNA序列，从而
写在前面mobileOG-db数据库github地址：https://github.com/clb21565/mobileOG-db文章发表于2022年8月份。题目为：mobileOG-db: a Manually Curated Database of Protein Families Mediating the Life Cycle of Bacterial Mobile Genetic El
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2024-09-10 19:56:40
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大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。植物内生菌中可培养的微生物种类十分有限,宏基因组学(metagenomics)是研究植物内生菌的有效手段之一。植物内生菌宏基因组研究通过不依赖于纯培养的宏基因组学(metagenomics)研究方法,构建植物内生菌的宏基因组文库,并从该文库中直接筛选获得生物合成基因簇,进一步鉴定其功能, 对植物内生菌进行定性及定量分析，为植物的微生物起
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2024-05-22 23:36:55
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分箱 物种鉴定
原创
2023-01-10 23:15:33
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## 宏基因组数据分析r语言
宏基因组数据分析是一种研究微生物群落整个基因组的方法，可以揭示微生物在特定环境下的功能和结构。在这个过程中，R语言是一种强大的工具，可以帮助研究人员处理、分析和可视化大规模的宏基因组数据。
### 什么是宏基因组数据？
宏基因组数据是从环境中收集到的微生物DNA的集合，包含了数以千计的微生物种群的基因组信息。通过对这些数据的分析，我们可以了解微生物在不同环境中的
原创
2024-04-25 04:55:19
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文章目录摘要工具与方法操作方法step.1 构建参考基因组数据库step.2 比对序列step.3 获取query_idstep.4 获取比对序列结果展示 摘要很久没有整理工作笔记了，一方面个人有些倦怠，另一方面国内国际发生的事都牵动着许多人，我也不例外。趁着今天项目不多，记录一下最近的解决方案。 上周遇到一个想检测测序样品中是否包含预期的细菌物种。使用nr数据库比对以及metaphlan3进行
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2023-10-25 17:11:50
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文章目录MetaWRAP—a flexible pipeline for genome-resolved metagenomic data analysis热心肠日报导读摘要背景结果结论主要结果点评参考文献猜你喜欢写在后面 MetaWRAP—a flexible pipeline for genome-resolved metagenomic data analysis题目：MetaWRAP——
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2023-12-30 21:15:32
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中国农业科学院深圳农业基因组研究所（简称“基因组所”）成立于2014年，由农业农村部、中国农业科学院和深圳市政府共同支持建设。基因组所通过整合生物学和大数据科学，来认识与利用农业生物基因组，服务全球农业生产。为此，基因组所成立了组学技术、合成生物学、植物基因组、动物基因组、生态基因组、食品科学等研究中心和相关技术平台。基因组所的长期愿景是致力于通过颠覆性创新来促进全球农业可持续发展，服务于个性化食
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2024-03-22 11:44:17
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这一次，我们来聊聊基因组注释。首先问自己一个问题，为什么要进行基因注释。 就我目前而言，它用来解决如下问题：在mapping-by-sequencing的时候，我找到了一些可能的突变位点，我需要知道这些突变分别是那些基因发生突变，这些突变基因有哪些功能？差异表达分析之后会得到许多的基因，这些基因有什么样的特征？如果要进行基因富集分析，不可避免就需要知道他们的GO,KEGG等注释信息。如果一个基因没
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2023-08-24 11:20:26
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近日，《Nucleic Acids Research》学术期刊在线发表了题为 ”CRAMdb: a comprehensive database for composition and roles of microbiome in animals” 的研究成果。该研究建立了动物宏基因组领域首个跨宿主、跨样本位点和跨表型比较的综合数据库CRAMdb（网址：http://www.ehbio.com/C
# 如何使用 R 实现宏基因组物种丰度分析
宏基因组分析在生态学、微生物学等领域扮演着重要角色，尤其在研究微生物群落丰度时。本文将指导你如何使用 R 语言中的相关包来实现这一功能。从导入数据到分析和可视化，我们将逐步进行。
## 流程步骤
下面的表格展示了整个分析的流程步骤：
| 步骤 | 描述 |
| ---- | -
原创
2024-08-06 08:12:26
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今天我们先详细讲解基于HUMAnN2的有参宏基因组分析流程 Metagenomics Tutorial (HUMAnN2) https://github.com/LangilleL
1. 高通量测序是探索宏基因组学研究的一个工具1.1与参考基因组进行Mapping来重构宏基因组Reads许多微生物未被分离，数据库中无相关信息； 利用宏基因组Reads与当前已知数据库进行比较分析，可以对数据产生新的理解； 已测序的基因组是宏基因组Reads来源确定最可靠的基础，探索与先前基因组密切相关的生物体基因组结构； 从独立测序转变成从环境中直接测序感兴趣的生物体的开始； 已分
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2024-06-18 06:12:59
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# 使用Python比较基因组：新手指南
在当今的生物信息学研究中，基因组比较是一个非常重要的过程，它可以帮助我们理解不同生物之间的基因差异、进化关系以及功能性特点。对于刚入行的小白来说，可能不太清楚从哪里开始。本文将详细介绍如何使用Python来进行基因组比较的整个流程。
## 流程概述
下面是进行基因组比较的基本流程：
| 步骤 | 描述
