本文为美国亚利桑那大学（作者：KEITH STUART KRAUSE）的硕士论文，共292页。物种的变化、减少或灭绝是当前地球面临的一个重大问题。目前正在努力测量、监测和保护具有高度物种多样性的栖息地。遥感技术通过绘制生态系统图和利用土地覆盖图或其他衍生数据作为物种数量和分布的代表，显示了监测物种多样性的重要价值。国家生态观测网（NEON）机载观测平台（AOP）由成像光谱仪、全波形激光雷达和高分辨
撰文 | 617
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肠道微生物组发挥着多种多样的功能，比如营养代谢、参与免疫调控等。研究发现肠道微生物组的改变与许多疾病都存在一定关联，且疾病人群的肠道微生物组的α-多样性往往会发生变化（α多样性指某个群落或生境内部的种的多样性，主要指群落内的物种多样性），比如炎症性肠病患者的α-多样性显著下降【1-3】。最近的研究报道发现粪便
Beta多样性和生态相似性 Beta多样性（β多样性，Beta diversity），即在一个梯度上从一个生境到另一个生境所发生的种的多样性变化的速率和范围，它是研究群落之间的种多度关系。Beta多样性本身代表了一个复杂的问题，可以被视为物种更替（物种沿空间、时间或环境梯度的定向过程）或物种组成的差异（数据集内物种组成的异质性的非定向过程）。下图展示了Alpha多样性、Beta多样性和G
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2024-01-18 17:21:45
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多样性、丰富性、简约性、实用性、精美性 ...
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2021-09-09 07:47:00
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广阔的夜空有几颗星，浩淼的海域有几条鱼，是科学界一直努力解答的问题。各种各样的环境包括土壤、沉积物、排泄物、空气、水体中生活着不同的生物个体，这些生物个体的各种痕迹会携带着自身DNA掉落到四周环境中，这些释放到环境中的DNA，便是我们所说的环境DNA（Environmental DNA, eDNA）。图1 环境DNA技术利用Metabarcoding技术对环境样本中的环境DNA进行检测，可以获取环
多样性统计 Python
在数据科学与分析的领域，“多样性统计”是一个引人注目的概念。这项技术常用于评估生态系统的丰富性、生物多样性指数、用户行为分析等方面。为了解决“多样性统计”在Python实现过程中的挑战，本文将详细记录多样性统计的备份策略、恢复流程、灾难场景、工具链集成、最佳实践及扩展阅读，并通过可视化图表展示相应的统计与分析方式。
### 备份策略
为了确保多样性统计数据的安全性和
摘要 物种多样性的丧失与增加都会影响生态稳定性以及生态系统功能和服务的可持续性。已有实验数据和理论模型表明，多样性对生态稳定性的单一组分（诸如时间变化、抵抗力和恢复力等）会产生积极、负面甚至零影响。然而，对这些稳定性组分之间如何协变的问题，我们仍然知之甚少。同样地，多样性是如何影响整个生态系统稳定性（概念上类似于生态系统多功能性(Ecosystem Multifunction
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2023-12-30 21:12:59
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一、概念1.β多样性β多样性又称生境间的多样性(between-habitat diversity)，是指沿环境梯度不同生境群落之间物种组成的相异性或物种沿环境梯度的更替速率。不同群落或某环境梯度上不同点之间的共有种越少，β指数多样性越大。用于研究群落之间的种多度关系，例如：物种更替或物种组成的差异。意义：①指示生境被物种隔离的程度；②Beta多样性的测定值可以用来比较不同地段的生境多样性；③Be
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2024-08-20 19:19:56
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# Python与Alpha多样性：探索生态研究中的关键概念
在生态学研究中，多样性是一个关键的概念，它帮助我们理解不同物种之间的关系及其在生态系统中的作用。Alpha多样性是多样性的一个重要指标，用于量化某一特定地点或生态系统中物种的丰富度和均匀度。本文将通过Python代码示例来探索Alpha多样性，并用甘特图和关系图来形象化相关概念。
## Alpha多样性的定义
Alpha多样性通常
多元高斯(正态)分布多元高斯分布有两个参数u和Σ,u是一个n维向量，Σ协方差矩阵是一个n*n维矩阵。改变u与Σ的值可以得到不同的高斯分布。参数估计（参数拟合），估计u和Σ的公式如上图所示，u为平均值，Σ为协方差矩阵使用多元高斯分布来进行异常检测首先用我我们的训练集来拟合参数u和Σ，从而拟合模型p(x)拿到一个新的样本，使用p(x)的计算公式计算出p(x)的值，如果p(x)<ε就将它标记为一个
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2024-08-07 14:36:41
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整理一下之前所学过的关于回归问题的思路：问题引入：房屋估价，给定新的房屋信息，预测出相应的房屋价格；学习过程：构建模型h(θ)；线性回归：最小二乘法、梯度下降法、线性模型的概率解释；局部加权回归：带权重的线性回归、权值的钟形函数；逻辑回归：分类方法、梯度上升法、牛顿法、引出感知机学习算法；广义线性模型：指数分布族、给定概率分布推导出线性模型。 &
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2023-12-27 09:59:01
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在这篇博文中，我将分享如何使用Python进行生物多样性计算的过程。这项任务涉及多个阶段，包括环境预检、部署架构、安装过程、依赖管理、配置调优和故障排查。下面是关于这个项目的详细记录。
## 环境预检
在进行生物多样性计算之前，确认我们的环境是兼容的非常重要。我使用了四象限图对兼容性进行分析。
```mermaid
quadrantChart
title 环境兼容性分析
x-
本文主要讲解了使用Mothur软件对扩增子基因序列进行基于系统型phylogeny的多样性指数分析，并提供了所有过程输出文件。OTU和基于Phylotype的分析是分类方法，取决于binning过程。相反，基于Phylogeny的方法是尝试使用系统发育树作为输入而不是共享文件来进行相似类型的分析。由于存在这种差异，这些方法比较了不同群落的遗传多样性。01Alpha多样性当使用系统发育方法时，α多样
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2024-08-28 13:43:24
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# Python实现生物多样性分析
生物多样性是指在特定区域内，包括生态系统、物种和遗传变异的多样性。生物多样性的重要性不言而喻，因为它为生态系统提供了稳定性，促进了生态服务，从而影响人类的生存质量。近年来，利用Python进行生物多样性分析逐渐受到关注。本文将介绍如何使用Python进行生物多样性的数据分析，绘制饼状图和关系图，以帮助理解生物多样性的重要性。
## 数据准备
在进行生物多样
本文主要介绍生物信息学软件 Mothur及其分析准备，接下来我们将持续更新Mothur中文教程。Mothur是由密歇根大学微生物学和免疫学系的Patrick Schloss教授和其研究小组开发的一款开源、可扩展的软件，可用于生物信息学中的微生物生态群落分析。2009年2月发布了Mothur第一个版本，现已更新至V1.45.3。Mothur整合了dotur、sons、treeclimber、s-li
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2024-03-15 12:26:07
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四、服务器选择的多样性 目前中小企业在选购服务器时，通常在高档商用PC、伪服务器以及低档服务器三种产品之间选择。下面分别对这三种服务器作一简单分析。1.高档商用PCPC工作在单用户和单线程环境中，与服务器的多用户环境有显著的不同。PC在设计时采用不同部件选型、配置的策略，如增强的显示性能、相对较差的网络子系统等。高档PC的目标是进军低档工作站市场。2.伪服务器 最差劲的是用
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2008-12-07 11:03:39
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国际社会通过一系列的公约和协议，如《生物多样性公约》等，致力于减缓和逆转生物多样性丧失的趋势。生物多样性是指地球上所有生命形
原创
2024-01-19 11:31:24
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多样性度量在集成学习中，我们希望分类器具有多样性。多样性度量是用于度量集成个体分类器的多样性。常规的做法是度量两个分类器的相似性，有如下指标。 给定数据集D={（Xi，Yi）}，对于二分类任务，Yi={-1，+1}，对于两个分类器hi和hj的预测结果。列表为：1.马修斯相关系数 针对二分类问题： 当预测结果全部正确时，正相关程度最大MCCij=1 当预测结果全部正确时，负相关程度最大MCCij=-
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2024-10-26 18:34:14
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文章目录Alpha 多样性指数Beta多样性指数Hill的Beta多样性指数和Gamma多样性指数基于距离和方差分解的Beta多样性指数功能多样性系统发育多样性 Alpha 多样性指数常见的Alpha多样性指数R代码如下：### library(vegan) ##加载群落数据分析常用的包
data(BCI) ##vegan包中自带的群落数据
shannon <- diversity
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2023-06-21 19:37:41
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python可以计算alpha多样性吗？
在生态学和生物信息学领域，alpha多样性是一个重要的概念，用于描述一个生态系统内物种的多样性水平。用 Python 计算 alpha 多样性主要依赖数据分析与统计工具。为了更好地理解并实现这个过程，我将从协议背景开始，逐步带出每一个环节，使用多种可视化图形来帮助理解。
### 协议背景
在生态多样性研究中，alpha多样性通常通过物种丰富度和均匀度
