现今最受欢迎的数据分析和可视化平台莫过于R了。http://www.r-project.org/统计和制图软件很多，Microsoft Excel、SAS、SPSS等等，但都是商业软件。而R开源又是跨平台，在统计研究平台和交互式数据分析和搜索方面绝不逊于其他软件。R的获取和安装来自http://cran.rstudio.com/R的集成开发环境RStudio RStudio是一个免费的开源的R语言
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2024-02-23 10:55:50
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# 项目方案：如何用R语言做GWAS
## 1. 简介
基因组关联研究（GWAS）是一种用来探索基因与特定表型之间关系的方法。在本项目中，我们将使用R语言来进行GWAS分析，以研究某种疾病或性状与基因的相关性。
## 2. 数据准备
在进行GWAS之前，首先需要准备好数据集。数据集应包含样本的基因型信息和表型信息。我们可以使用`read.table`命令来读取数据集。
```R
# 读取数据
原创
2024-03-15 05:25:45
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# 项目方案：使用R语言打开网页
## 1. 项目背景和目标
随着互联网的普及，越来越多的数据和信息都存储在网页上。因此，开发一个能够使用R语言打开网页的项目方案将非常有用。本项目旨在提供一种简单易用的方法，使用户能够使用R语言获取网页数据，并进行进一步的分析和处理。
## 2. 技术方案
本项目的技术方案分为以下几个步骤：
### 步骤1：安装和加载必要的包
首先，我们需要安装和加载
原创
2023-10-17 14:38:02
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一个出色的临床预测模型需要具备高度的区分能力和校准性。区分能力反映了模型区别不同结果能力的效果，其核心评价指标包括ROC曲线下面积（AUC）和C指数，校准性则指模型预测的准确度，它通过比较预测结果和实际发生情况之间的吻合程度来衡量。这种一致性反映了模型对于绝对风险预测的精确性，通常采用Hosmer-Lemeshow拟合优度测试来评价。校准曲线是将Hosmer-Lemeshow测试结果可视化的方法，
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2024-06-19 09:31:15
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最近我们被客户要求撰写关于生存分析的研究报告，包括一些图形和统计输出。视频：R语言生存分析原理与晚期肺癌患者分析案例
R语言生存分析Survival analysis原理与晚期肺癌患者分析案例 在本文中，我们描述了灵活的竞争风险回归模型。回归模型被指定为转移概率，也就是竞争性风险设置中的累积发生率。该模型包含Fine和Gray（1999）的模型作为一个特例。这可以用来对次分布危险的比例假设做
目录前言pheatmap包pheatmap简介常用参数介绍使用安装绘制样本间相关系数图（简单使用）差异表达基因热图（进阶使用）如何查看pheatmap的聚类结果pheatmap总结corrplot包参考资料 前言在生信分析中，我们常常需要计算一个样本的几次实验结果或者不同样本实验结果的相关系数（样本间相关系数）以判断几个数据集之间相关的程度。 在本篇中及之后的内容中，为了用R得到相关系数热图（本
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2023-08-15 22:19:33
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上一期“【R语言】——绘制按聚类结果分组的热图3”介绍了R语言pheatmap包绘制按聚类结果分组的热图，本期主要介绍使用ComplexHeatmap和circlize包绘制环形热图，环形热图可以将过长的热图变为环状，从而节省空间和使基因标签变得更为的清晰及美观。1 数据准备数据输入格式（csv格式）： 2 R包加载及数据导入#下载包#
install.packages("circli
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2023-07-31 10:45:29
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上一期”【R语言】——聚类热图行列分组信息注释热图2“介绍了R语言pheatmap包绘制分组信息注释热图，本期主要介绍了另一种分组信息注释方式，通过对数据聚类结果的分析，预设数据聚类簇，从而针对这一数据信息，绘制按聚类结果分组的聚类热图。1 数据准备数据输入格式（csv格式）：2 R包加载及数据导入#下载包#
install.packages("pheatmap")
install.packa
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2023-06-21 20:26:21
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生而为人，学无止境。 作为爬虫爱好者，最开始的时候多少都会遇到爬取的时候返回各种bug，抓头挠耳吧；R语言爬虫的包基础的就是rvest和RCurl，解析的就是xml包，当然你还得有html、css、http协议；但基本的包仅对于静态网页的爬取比较有效，而对于动态网页（渲染网页）就没用了；接下来写一下R语言里面对于动态网页爬取（AJAX异步渲染/加载网页）的前期环境配置/搭建（模拟浏览器操
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2023-11-16 21:13:32
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热图(Heatmap)是生信文章里面出场频率很高的一个图，由于RNA芯片数据，蛋白组学等数据有大量的表达数据。以RNA芯片表达数据为例来讲，即使经过一系列分析后缩小了范围后，仍旧存在多个基因表达数据需要展示，这就使得热图在展示多个表达矩阵数据时的具有很强大的数据可视化作用。热图具有大致以下几方面的优点：1)可以同时展现多个样本多个基因表达数据。2)可以对表达数据进行聚类，即将类似的基因聚类一起，或
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2023-09-11 18:28:14
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# R语言如何利用显卡进行加速计算
随着大数据时代的到来，数据分析与机器学习等任务越来越复杂，传统的CPU处理能力往往难以满足需求。为了提高计算效率，越来越多的数据科学家和统计分析师开始探索如何在R语言中利用显卡进行加速计算。本文将介绍一种方法，通过使用`cudaBayes`包和GPU加速技术，解决大数据的贝叶斯推断问题。
## 1. 背景
贝叶斯推断通常需要大量的计算，尤其是在面对大规模数
在R语言中，使用`summary`函数是进行数据分析的一个重要步骤。这个函数能够快速帮我们了解数据集的整体特征。在本文中，我将详细阐述如何有效地使用R语言的`summary`函数，包括背景、错误现象、根因分析、解决方案、验证测试和预防优化等方面。
## 问题背景
在数据分析过程中，理解数据的特征是至关重要的。我们通常需要快速获取变量的概览，包括均值、标准差、分位数等信息。使用`summary`
## R语言中如何使用随机森林包进行变量排序
随机森林（Random Forest）是一个强大的机器学习算法，广泛应用于分类和回归任务。一个关键的优点是其能够自动进行特征（变量）选择和排序，这对于高维数据尤其有用。通过对变量排序，我们可以了解哪些特征对模型性能影响更大，从而优化数据预处理和进一步的分析。
### 随机森林包的安装和加载
首先，我们需要确保安装并加载所需的R包。在R中，`ran
原创
2024-09-17 03:25:32
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随机变量的概率分布随机变量概括性度量平均数mymean<-sum(table$不合格品数*table$概率)方差myvar<-sum((table$不合格品数-mymean)^2*table$概率)标准差sqrt(myvaar)随机变量经典分布二项分布#密度函数
dbinom(被选取个数,总选取个数,概率)
#分布函数（累积）
pbinom(3,5,0.06)正态分布#计算正态分布概率
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2023-06-09 15:36:09
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# 如何用R语言计算相对风险（RR）
相对风险（Relative Risk, RR）是流行病学和医学研究中一个重要的概念，它用于衡量特定暴露因素对某种疾病风险的影响程度。在本文中，我们将探索如何使用R语言来计算相对风险，并通过一个实际问题的示例使之更为清晰。同时，我们将使用状态图和表格来增强我们的理解。
## 相对风险的定义
相对风险是指在暴露组中疾病发生的风险与在非暴露组中疾病发生的风险的
原创
2024-08-01 05:23:48
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# 项目方案：使用R语言将文本转换为小写形式
## 项目背景
在文本处理和分析过程中，有时需要将大写字母转换为小写字母。例如，在自然语言处理或文本挖掘任务中，将所有字母转换为小写形式可以统一文本格式，消除大小写带来的干扰，提高处理效率和准确性。
## 项目目标
本项目的目标是使用R语言实现将大写字母转换为小写字母的功能。
## 方案设计
本方案将分为以下几个步骤来实现将大写字母转换为小写字母
原创
2023-11-07 09:30:55
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# 项目方案：使用R语言绘制散点图
## 1. 简介
本项目方案将使用R语言来绘制散点图，散点图是一种用于展示两个变量之间关系的常见可视化工具。通过散点图，我们可以直观地了解两个变量之间的相关性、趋势和异常值等信息。R语言作为一种流行的统计和数据分析工具，具备强大的绘图能力，可以帮助我们轻松地创建高质量的散点图。
## 2. 准备工作
在开始项目之前，我们需要进行一些准备工作：
- 安装
原创
2023-08-22 06:51:34
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文章目录什么是数据分析一、质量分析1.有问题的数据类型2.缺失值处理3.异常值处理二、特征分析1.描述型统计量获取描述型统计量的方法2.可视化结果三、数据预处理1.数据清洗步骤1:处理缺失值步骤2:处理异常值2.数据集成3.数据转换四、抽样 什么是数据分析 • 访问数据（从多个来源将数据导入应用程序） • 清理数据（编码缺失数据，修复或删除错误编码的数据，将变量转换为更有用的格式） • 注释数据
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2024-08-21 18:07:04
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快捷键：ctrl+c ctrl+d1.shell 分为图形shell和命令shell 命令shell分为bash和csh，切换到csh用csh，exit返回bash2.telnet 远程登陆unixtelnet 192.168.0.25login：hz0904 用户名password：sd0904 密码规则：6-8个字符，至少包含字母以及1个数字，不能与登录名相同3.passwd： 修改密码>
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2024-01-30 07:47:16
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一个信a用卡的数据,具体各项变量名以及变量名代表的含义不明(应该是出于保护隐私的目的),本文会用logit,GBM,knn,xgboost来对数据进行分类预测,对比准确率
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2023-05-31 07:09:07
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