热图(Heatmap)是生信文章里面出场频率很高的一个图，由于RNA芯片数据，蛋白组学等数据有大量的表达数据。以RNA芯片表达数据为例来讲，即使经过一系列分析后缩小了范围后，仍旧存在多个基因表达数据需要展示，这就使得热图在展示多个表达矩阵数据时的具有很强大的数据可视化作用。热图具有大致以下几方面的优点：1)可以同时展现多个样本多个基因表达数据。2)可以对表达数据进行聚类，即将类似的基因聚类一起，或
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2023-09-11 18:28:14
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R语言是一种用于统计分析和数据可视化的编程语言。它提供了丰富的函数和包，使得数据处理和分析变得更加简单和高效。R语言包是R语言中的一种扩展性机制，可以方便地共享和重用代码、数据和文档。本文将介绍R语言包的基本概念和使用方法，并通过示例代码演示其功能。
## R语言包的概念与安装
R语言包是一组函数、数据和文档的集合，它们被封装在一个目录中，并通过`library()`或`require()`函
原创
2023-09-29 01:04:58
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文字太多，一眼找不到要找的内容？ Ctrl+F 即可查找~ R语言中处理字符串主要用到base包（R语言自带）和stringr包（需下载安装）的一些函数，现总结如下：1、字符串长度nchar()函数用于计算字符串长度；nzchar()函数则用于判断字符串长度是否大于0，大于0则返回TRUE，否则返回FALSE。 函数参数设置如下：nchar(x, type = "chars",allowNA
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2023-06-19 21:26:40
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近来做作业用到R语言，发现R语言有一些非常简单但是有用的字符串操作，这里将我所用到的简单总结一下。
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2023-05-19 23:15:09
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stringr包函数处理文本是游刃有余的一、元字符在正则表达式中，有12个字符有特殊用途 字符含义[ ]括号内的任意字符串\有两个含义：1、 对元字符串进行转义 2、一些以 \ 开头的特殊序列表达了一些字符串组^匹配字符串的开始，将^置于character class的首位表达的意思是取反义 如：[^5]表示除了‘5’以外的任何字符$匹配字符串的结束。但将它置
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2023-06-16 22:50:44
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环境微生物（包括方兴未艾的肠道微生物）在不同的系统中发挥着的生态作用逐渐被意识到，我们对环境微生物实际上仍旧知之甚少，其多样性问题仍旧是一个非常基础和重要的课题。这次读的两篇文章都是关于波兰地区重金属污染地区的土壤微生物研究。
文献一：
Chodak M., Gołębiewski M., Morawska-Płoskonka J., Kuduk K. &
# R语言包安装
R 语言是一种用于数据分析和统计的流行编程语言。在 R 中，包是一组函数和数据集合，可以扩展 R 的功能。安装 R 包是非常重要的，因为它们可以帮助我们更轻松地进行数据分析和可视化。
## 安装 R 包
在 R 中安装包非常简单，只需要使用 `install.packages()` 函数即可。下面是一个示例，演示如何安装一个叫做 `ggplot2` 的包：
```mark
原创
2024-06-06 04:20:06
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**R语言包更新**
R语言是一种用于统计分析和数据可视化的强大编程语言。它的强大之处在于丰富的可扩展性，借助于各种R语言包（packages），我们可以实现各种各样的数据分析和可视化任务。随着时间的推移，R语言社区不断增加和改进R语言包，以提供更好的功能和性能。因此，了解如何更新R语言包是非常重要的。本文将介绍如何在R中更新包的过程，并提供一些代码示例。
**为什么需要更新R语言包？**
原创
2023-08-22 07:22:33
218阅读
## 如何实现"tSNE R语言包"
### 流程图
```mermaid
flowchart TD;
A(导入数据) --> B(数据预处理);
B --> C(运行tSNE算法);
C --> D(可视化结果);
```
### 步骤表格
| 步骤 | 描述 |
| ---- | ---- |
| 1 | 导入数据 |
| 2 | 数据预处理 |
| 3 | 运
原创
2024-05-21 07:10:24
60阅读
Shiny 是一个开源的 R 包，它为使用 R 构建 Web 应用提供了一个优雅有力的 Web 框架。Shiny 帮助你在不需要前端知识的条件下将数据分析转变为可交互的 Web 应用。Shiny是R中的一种Web开发框架，使得R的使用者不必太了解css、js只需要了解一些html的知识就可以快速完成web开发，且shiny包集成了bootstrap、jquery、ajax等特性，极大解放了作为统计
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2024-04-18 21:43:04
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在R的shell环境中直接键入install.packages("packagename")即可从CRAN网站下载并安装如果更新，就使用update.packages("packagename")
原创
2015-06-23 15:53:34
999阅读
具体都有什么作用暂时还不知道，可以操作ggplot2作图的坐标轴，比如下图 他把X轴的坐标轴调整成了这个形式，让我想我还真不知道如何实现的，它这...
原创
2022-03-18 10:39:20
534阅读
医学统计服务：课题、论文、毕业数据分析 | 临床试验设计与分析 | 公共数据库挖掘与统计在结局是二分类数据的临床研究中，许多研究者通常会首先想到使用logistic回归来控制混杂变量，计算获得调整优势比（aOR）作为调整相对危险度（aRR）的估计值，反映暴露对结果的关联性。然而这样做却忽略了一个基本的假设：即只有在研究的结局事件较为罕见的条件下OR才近似等于RR；反之当结局事件的发生率较为常见（＞
命令行脚本通过Windows 或Linux终端环境命令行运行R和Python脚本类似。要运行的命令被分解成以下部分:参数说明▲ 是可执行的命令 (R代码中是 Rscript， Python代码中是Python)▲是执行脚本所在的完整或相对文件路径。需要注意的是，如果在路径名中有空格，整个文件路径必须用双引号括起来。▲这是空格分隔的参数列表用来解析脚本本身。请注意，这些不能作为字符串传递。例如，打开
# 使用R语言包UniDOE的流程
使用R语言包UniDOE可以进行试验设计和分析，以下是使用该包的流程：
| 步骤 | 描述 |
| ---- | ---- |
| 1. 安装UniDOE包 | 安装UniDOE包用于R语言的试验设计和分析 |
| 2. 加载UniDOE包 | 加载UniDOE包以便使用其中的函数和工具 |
| 3. 设计试验方案 | 使用UniDOE包中的函数设计试验方案
原创
2023-07-15 09:22:12
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# 如何升级R语言包
## 1. 确认当前安装的R语言包版本
在进行升级之前，首先需要确定当前安装的R语言包版本。可以通过以下代码在RStudio中查看：
```R
sessionInfo()
```
## 2. 更新CRAN镜像
在R中更新CRAN镜像有助于加快包的下载速度。可以使用以下代码更新CRAN镜像：
```R
chooseCRANmirror()
```
## 3. 安装
原创
2024-07-04 03:50:01
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上一期”【R语言】——聚类热图绘制（pheatmap)“介绍了R语言pheatmap包绘制聚类热图的基础代码，本期介绍当需要同时在热图上显示分组情况时，可利用pheatmap包构建分组信息，从而以不同的颜色等方式来展现分组情况。1 数据准备数据输入格式（csv格式）：2 R包加载及数据导入#下载包#
install.packages("pheatmap")
install.packages("
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2023-08-31 17:16:39
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获取更多R语言知识，请关注公众号：医学和生信笔记医学和生信笔记，专注R语言在临床医学中的使用，R语言数据分析和可视化。主要分享R语言做医学统计学、meta分析、网络药理学、临床预测模型、机器学习、生物信息学等。 文章目录安装使用添加边际图形拼图拼热图 aplot也是一个拼图包，但是使用场景和普通的拼图R包略有不同，它可以让你的坐标轴完全对齐！这让你在拼不同类型但是又使用同一个数据的图形时，更加具有
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2023-11-01 16:48:26
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热图可以聚合大量的数据，并可以用一种渐进色来优雅地表现，可以很直观地展现数据的疏密程度或频率高低。 本文利用R语言 pheatmap 包从头开始绘制各种漂亮的热图。参数像积木，拼凑出你最喜欢的热图即可，如下图： 基因和样本都可以单独聚类，排序，聚类再分组，行列注释，配色调整，
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2023-06-21 14:44:18
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NSAttributedString可以让我们使一个字符串显示的多样化，但是目前到iOS 5为止，好像对它支持的不是很好，因为显示起来不太方便（至少没有在OS X上方便）。 首先导入CoreText.framework，并在需要使用的文件中导入：#import<CoreText/CoreText.h>创建一个NSMutableAttributedString： 1. NSMutabl
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2023-08-29 22:57:05
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