一 创建虚机测试用的磁盘镜像文件使用bximage命令创建一个10M的hdd.img（如果没有bximage，安装bochs）。当然，也可以使用dd命令来创建，这里不在赘述，可以参考man dd。 接着，创建一个连接到hdd.img 文件的loop device。losetup /dev/loop1 hdd.img 在创建完loop device之后，你可以同过/dev/loo
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2024-09-25 15:29:56
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https://github.com/James-S-Santangelo/genomics_scripts/blob/master/variant_calling/bcftools_mpileup.sh
原创
2022-04-13 10:00:55
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欢迎关注"生信修炼手册"！bcftools 是samtools 的开发者提供的一款专门操作VCF文件的工具，
原创
2022-06-21 09:01:46
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欢迎关注"生信修炼手册"！本篇主要介绍annotate, concat, merge, isec, stat
原创
2022-06-21 09:01:28
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欢迎关注"生信修炼手册"！bcftools也可以进行SNP calling。在之前的版本中，通常都是和sam
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2022-06-21 09:01:20
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欢迎关注"生信修炼手册"！本篇主要介绍index, view, query, sort, reheader这
原创
2022-06-21 09:01:41
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基因型过滤标准：保留双等位基因(biallelic sites)以及次等位基因频率大于0.05的位点： bcftools view --types snps -m 2 -M 2 -q 0.05:minor genotypes.chr22.vcf | bgzip -c > genotypes.chr2 ...
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2021-08-11 14:24:00
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1.下载：https://github.com/samtools/bcftools2.安装 make make install3.结合samtools使
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2023-01-04 10:55:36
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欢迎关注"生信修炼手册"！csq命令可以分析SNP位点在基因组上的位置，同时还会预测基因突变对编码蛋白的影响
原创
2022-06-21 09:01:29
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1.指令： （1）samtools mpileup -vf Homo_sapiens_assembly19chr20.fasta NA12878_sn
原创
2023-01-04 10:54:57
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指令：samtools mpileup -uf Homo_sapiens_assembly19chr20.fasta NA12878_snp_A2G
原创
2023-01-04 10:55:00
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跑以下命令时： bcftools view -S samplelistname.txt file.vcf.gz -Ov > newfile.vcf 产生报错：[E::vcf_parse_format] Number of columns at chrX:XX does not match the n ...
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2021-07-21 22:27:00
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大家好，我是邓飞。用到的软件是bcftools，用到的系统是Linux。
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2023-10-18 10:15:04
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vcf2gwas 是一个 Python 构建的 API，用于 GEMMA、PLINK 和 bcftools，直接从 VCF 文件执行 GWAS 以及多个分析后操
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2024-08-06 10:05:46
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AUGUSTUS is a program that predicts genes in eukaryotic genomic sequences，一款真核生物基因组基因结构预测软件，因为公司用到了这个软件，第一次做这个工作，先重复人家工作，首先就是安装了。发现这个软件依赖还算不少，网上有朋友列了一下有cmake、bamtools、hitslib、samtools、bcftools、tabx, 如
1. 个体相同，位点累加，相当于cat文件
vcf-concat A.vcf.gz B.vcf.gz C.vcf.gz | gzip -c > out.vcf.gz
vcf-concat *.vcf.gz | gzip -c > out.vcf.gz
2. 位点相同，个体累加，相当于paste文件
bcftools merge file1.vcf.gz fle2.vcf.gz file
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2024-07-30 21:12:53
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pysam 模块介绍！！！！http://pysam.readthedocs.io/en/latest/index.html 在开发基因组相关流程或工具时，经常需要读取、处理和创建bam、vcf、bcf文件。目前已经有一些主流的处理此类格式文件的工具，如samtools、picard、vcftools、bcftools，但此类工具集成的大多是标准功能，在编程时如果直接调用的话
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2024-05-12 17:11:18
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pysam - 多种格式基因组数据（sam/bam/vcf/bcf/cram/…）读写与处理模块（python） 在开发基因组相关流程或工具时，经常需要读取、处理和创建bam、vcf、bcf 文件。目前已经有一些主流的处理此类格式文件的工具，如samtools、picard、vcftools、bcftools，但此类工具集成的大多是标 准功能，在编程时如果直接调用的话往往显得不够灵活。本文介绍的
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2023-11-03 12:31:03
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