## 从Gene ID到ENSG ID：Python实现
在生物信息学中，基因（gene）是生物体中传递遗传信息的基本单位。每个基因都有一个独特的标识符，通常用来表示基因的是Gene ID。而在基因组学研究中，我们经常需要将Gene ID转换为ENSG ID，即基因在Ensembl数据库中的唯一标识符。为了帮助研究人员快速实现这一转换，我们可以利用Python编程语言来实现这一功能。
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原创
2024-06-28 06:45:47
207阅读
#coding=utf-8
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Created on 2017-12-12
gensim API地址:
https://radimrehurek.com/gensim/apiref.html
本篇对gensim讲解分为3大类
1.gensim字典的基本使用，其中和jieba结合使用
2.gensim模型的使用,比如tf-idf模型，lsi模型（用于求文本相似度）等
3.gensim的数据类
1.测试数据的准备和相关包的安装。library(stringr)
> d1 <- read.table('test.txt', sep = '\t', header = TRUE)
> d1
tag t c g a
1 ENSG00000000003.13 2969 4725 1350 1667
2 ENSG00000
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2024-10-17 10:02:15
184阅读
## Symbols 的出现是为了什么呢？
* Symbols 是 JavaScript 最新推出的一种基本类型，它被当做对象属性时特别有用，但是有什么是它能做而 String 不能做的呢？
* 在我们开始探索 Symbols 功能之前，我们先来看一下被很多开发者忽略 JavaScript 的特性。
### 背景：
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2024-08-19 15:19:55
76阅读
文章目录0 数据输入格式与输出要求1 选择人类基因数据库（1）-> Emsenbl（2）-> 点BioMart（3）-> 点Dataset（4）-> 选择输入的基因来自什么库2 输入的ID列表（1）-> 点Fliters(过滤器)（2）-> 勾选Input ereferences ID list（3）-> 选择输入的基因ID类别（4） 文本框内输入Gen
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2024-10-18 13:41:53
194阅读
# 在Python中实现基因（Gene）数据处理
在生物信息学和计算生物学的领域，基因数据处理是一个重要的任务。作为初学者，你可能会面临如何在Python中实现和处理基因数据的问题。本文将为你提供详细的步骤和代码示例，帮助你入门。
## 流程概述
以下是处理基因数据的一些基本步骤：
| 步骤 | 描述 |
|------|------|
| 1 | 收集基因数据 |
| 2 |
原创
2024-10-23 05:51:14
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# Python Gene Ontology 分析入门指南
Gene Ontology（GO）分析是一种常用的生物信息学方法，旨在帮助研究人员理解基因的功能。对于刚入行的小白来说，以下是进行Python GO分析的基本流程。
## 流程概述
| 步骤 | 描述 |
|-------|------------------------------
原创
2024-09-30 05:07:19
231阅读
Gene mutation is the sudden and inheritable mutation of genomic DNA molecules. From the molecular level, gene mutationof base pairs in the structur...
原创
2023-03-08 12:05:50
156阅读
目前在 ENS 系统中， .eth 域名资源依然非常丰富，很多优质的域名还没有被注册，比较容易挑选到心仪的域名，建议有意向的童鞋们抓紧吧。下面我们来演示一下如何在以太坊上注册一个 .eth 域名。
ENS 域名系统中目前支持三种顶级域名，分别是 .eth .xyz .luxe。其中， .eth 是 ENS
EDA是数据分析必须的过程，用来查看变量统计特征，可以此为基础尝试做特征工程。这次分享3个EDA神器，其实之前每一个都分享过，这次把这三个工具包汇总到一起来介绍。 欢迎收藏、关注、点赞。注：文末提供数据分析技术交流群1. Pandas_Profiling这个属于三个中最轻便、简单的了。它可以快速生成报告，一览变量概况。首先，我们需要安装该软件包。# 安装Jupyter扩展
widget jupyt
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2023-09-16 10:05:54
87阅读
输入： 3 A+00A+A+ 00B+D+A- B-C+00C+ 输出： bounded 说明一下100%的题解 假设一个单位为0000A+B- 那么显然这个方块可以连接B+和A- 那么建图就是A+～B+，B-～A-
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2017-09-13 19:29:00
130阅读
2评论
Gene Kim是DevOps运动的主要倡导者和先驱之一。他以他在DevOps领域的贡献和领导能力而闻名，并在整个软件开发和IT行业中获得了广泛的认可。他的专业知识和研究对DevOps的发展产生了积极的影响，并帮助企业更好地理解和应用DevOps原则。
Gene Kim的贡献可以追溯到他的著作《The DevOps Handbook》，这是一本详细介绍DevOps流程和实践的权威指南。这本书通过
原创
2024-02-06 09:40:27
40阅读
# Python MongoDB ID转时间
## 简介
在MongoDB中，每个文档都有一个唯一的ID，称为ObjectId。这个ObjectId是根据时间戳、机器ID、进程ID和随机数生成的。在某些情况下，我们可能需要将这个ObjectId转换为对应的时间。
本文将介绍如何使用Python将MongoDB的ObjectId转换为时间。
## ObjectId的结构
ObjectId是
原创
2023-12-18 09:28:00
251阅读
基于GWAS的分析结果做基因集富集分析。 基本代码： # download sumstats file from https://ctg.cncr.nl/software/summary_statistics # download NCBI37 and g1000_eur from https://
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2021-01-21 17:16:00
650阅读
2评论
Description
As a gene engineer of a gene engineering project, Enigma encountered a puzzle about gene recombination. It is well known that a gene can be considered as a sequence, consisting of fo
原创
2022-11-09 19:29:39
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在Java领域，逆向工程已成为一个热门话题，尤其是在复杂系统的维护与优化过程中。在今天的技术环境中，开发者常常需要理解和分析他人的代码，可以说，逆向工程技能是一项不可或缺的能力。这篇博文将详细描述解决“java逆向工程gene”问题的过程。
### 背景描述
随着技术的不断演进，尤其是2020年至2023年期间，逆向工程在各种商业应用中的需求不断增长。无论是通过反编译工具获取源代码，还是通过分
在使用Linux系统进行基因本体(Gene Ontology)分析时，我们需要确保我们的系统能够顺利下载和使用这些数据。而在Linux系统中，下载Gene Ontology数据是一个关键的步骤，因为它涉及到如何获取最新的基因本体信息以及如何将这些信息用于后续的分析工作。
首先，我们需要了解什么是基因本体(Gene Ontology)。基因本体是描述基因和蛋白质功能的一种标准化的系统，它可以帮助研
原创
2024-04-07 10:47:04
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为了查找某个研究领域的相关信息，生物学家往往要花费大量的时间，更糟糕的是，不同的生物学数据库可能会使用不同的术语，好比是一些方言一样，这
原创
2023-11-07 12:08:35
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欢迎关注”生信修炼手册”!在遗传学中，当两个基因相互作用然后导致对应性状的出现，说明两个基因间存在相互作用。
原创
2022-06-21 10:33:07
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通过上节的学习，我们知道使用列表生成式，可以直接创建一个列表。但是，有些时候，受到内存的限制等实际情况，列表生成式无法满足。比如，一个长度为1000万的列表，普通内存根本就不够，又或者实际处理的过程中，我们只需要访问前面几个元素，那后面的的绝大部分的空间都浪费了。思路：如果能做到一开始并不是创建完整的list，而是通过定义一种规则的方式，在循环的过程中不断的推算后续的元素，达到使用到哪个元素才生成
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2023-06-24 18:37:30
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