#coding=utf-8
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Created on 2017-12-12
gensim API地址:
https://radimrehurek.com/gensim/apiref.html
本篇对gensim讲解分为3大类
1.gensim字典的基本使用，其中和jieba结合使用
2.gensim模型的使用,比如tf-idf模型，lsi模型（用于求文本相似度）等
3.gensim的数据类
## 从Gene ID到ENSG ID：Python实现
在生物信息学中，基因（gene）是生物体中传递遗传信息的基本单位。每个基因都有一个独特的标识符，通常用来表示基因的是Gene ID。而在基因组学研究中，我们经常需要将Gene ID转换为ENSG ID，即基因在Ensembl数据库中的唯一标识符。为了帮助研究人员快速实现这一转换，我们可以利用Python编程语言来实现这一功能。
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原创
2024-06-28 06:45:47
207阅读
1.测试数据的准备和相关包的安装。library(stringr)
> d1 <- read.table('test.txt', sep = '\t', header = TRUE)
> d1
tag t c g a
1 ENSG00000000003.13 2969 4725 1350 1667
2 ENSG00000
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2024-10-17 10:02:15
184阅读
文章目录0 数据输入格式与输出要求1 选择人类基因数据库（1）-> Emsenbl（2）-> 点BioMart（3）-> 点Dataset（4）-> 选择输入的基因来自什么库2 输入的ID列表（1）-> 点Fliters(过滤器)（2）-> 勾选Input ereferences ID list（3）-> 选择输入的基因ID类别（4） 文本框内输入Gen
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2024-10-18 13:41:53
194阅读
# 在Python中实现基因（Gene）数据处理
在生物信息学和计算生物学的领域，基因数据处理是一个重要的任务。作为初学者，你可能会面临如何在Python中实现和处理基因数据的问题。本文将为你提供详细的步骤和代码示例，帮助你入门。
## 流程概述
以下是处理基因数据的一些基本步骤：
| 步骤 | 描述 |
|------|------|
| 1 | 收集基因数据 |
| 2 |
原创
2024-10-23 05:51:14
34阅读
# Python Gene Ontology 分析入门指南
Gene Ontology（GO）分析是一种常用的生物信息学方法，旨在帮助研究人员理解基因的功能。对于刚入行的小白来说，以下是进行Python GO分析的基本流程。
## 流程概述
| 步骤 | 描述 |
|-------|------------------------------
原创
2024-09-30 05:07:19
231阅读
以下以2种方法生成唯一IDdef uuid_method():
"""第一种方法"""
import uuid
return str(uuid.uuid1())
print(uuid_method()) def time_method():
"""第二种方法"""
import time, hashlib
m = hashlib.md5()
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2023-06-17 13:08:11
170阅读
Gene mutation is the sudden and inheritable mutation of genomic DNA molecules. From the molecular level, gene mutationof base pairs in the structur...
原创
2023-03-08 12:05:50
156阅读
最近参加我们生信爆款入门和数据挖掘课程的学员反复咨询一个基因ID问题，就是为什么得到的结果基因名字那么奇怪（全部以LINC开头），而且ID进行转换时候，经常是50%左右的成功率，如果你也有这个疑问，那么恭喜你，看完这个教程，你肯定就懂了！ 这样的基因很多！C12orf44; Chromosome 12 Open Reading Frame 44; 这个是Corf系列基因的意思MIR系列基
EDA是数据分析必须的过程，用来查看变量统计特征，可以此为基础尝试做特征工程。这次分享3个EDA神器，其实之前每一个都分享过，这次把这三个工具包汇总到一起来介绍。 欢迎收藏、关注、点赞。注：文末提供数据分析技术交流群1. Pandas_Profiling这个属于三个中最轻便、简单的了。它可以快速生成报告，一览变量概况。首先，我们需要安装该软件包。# 安装Jupyter扩展
widget jupyt
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2023-09-16 10:05:54
87阅读
输入： 3 A+00A+A+ 00B+D+A- B-C+00C+ 输出： bounded 说明一下100%的题解 假设一个单位为0000A+B- 那么显然这个方块可以连接B+和A- 那么建图就是A+～B+，B-～A-
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2017-09-13 19:29:00
130阅读
2评论
Gene Kim是DevOps运动的主要倡导者和先驱之一。他以他在DevOps领域的贡献和领导能力而闻名，并在整个软件开发和IT行业中获得了广泛的认可。他的专业知识和研究对DevOps的发展产生了积极的影响，并帮助企业更好地理解和应用DevOps原则。
Gene Kim的贡献可以追溯到他的著作《The DevOps Handbook》，这是一本详细介绍DevOps流程和实践的权威指南。这本书通过
原创
2024-02-06 09:40:27
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一、背景对于每个生物信息分析的人来说，ID 匹配（映射）是一项非常常见，但又很繁琐的任务。假设，我们有一个来自上游分析的 gene symbol 或报告的 ID 列表，然后我们的下一个分析却需要使用基因 ID（例如 Entrez gene id 或 Ensembl gene id）。这时候，我们就希望将基因符号或报告的 ID 的列表转换为相应的基因 ID。在开始介绍今天的主角 mygene 前，我
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2024-08-01 15:39:47
274阅读
欢迎关注”生信修炼手册”!在生信分析领域，R语言由于其简单易用的特点和良好的生态环境，占用重要的一席之地。其
原创
2022-06-21 06:14:24
306阅读
基于GWAS的分析结果做基因集富集分析。 基本代码： # download sumstats file from https://ctg.cncr.nl/software/summary_statistics # download NCBI37 and g1000_eur from https://
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2021-01-21 17:16:00
650阅读
2评论
# 使用Python进行基因ID转换
在生物信息学领域，基因ID转换是一个常见且重要的任务。随着基因组学的快速发展，研究人员不断生成大量的数据，而这些数据往往使用不同的基因标识符，例如Ensembl、NCBI和UniProt等。因此，了解如何使用Python进行基因ID转换，可以有效地帮助科学家统一数据，提高分析的效率。
## 基因ID转换的必要性
基因ID转换的需求主要来源于以下几点：
# Python id 转换成值
在 Python 中，`id()` 是一个内置函数，用于返回一个对象的唯一标识符。这个标识符是一个整数，可以用来比较两个对象是否相同。然而，有时我们可能希望将这个唯一标识符转换回原始对象。本文将介绍如何使用 `id()` 函数来实现这一转换，并提供相应的代码示例。
## 使用 `id()` 函数
首先，让我们了解一下 `id()` 函数的用法。它的语法如下：
原创
2023-07-30 04:14:56
194阅读
Description
As a gene engineer of a gene engineering project, Enigma encountered a puzzle about gene recombination. It is well known that a gene can be considered as a sequence, consisting of fo
原创
2022-11-09 19:29:39
133阅读
在Java领域，逆向工程已成为一个热门话题，尤其是在复杂系统的维护与优化过程中。在今天的技术环境中，开发者常常需要理解和分析他人的代码，可以说，逆向工程技能是一项不可或缺的能力。这篇博文将详细描述解决“java逆向工程gene”问题的过程。
### 背景描述
随着技术的不断演进，尤其是2020年至2023年期间，逆向工程在各种商业应用中的需求不断增长。无论是通过反编译工具获取源代码，还是通过分
在使用Linux系统进行基因本体(Gene Ontology)分析时，我们需要确保我们的系统能够顺利下载和使用这些数据。而在Linux系统中，下载Gene Ontology数据是一个关键的步骤，因为它涉及到如何获取最新的基因本体信息以及如何将这些信息用于后续的分析工作。
首先，我们需要了解什么是基因本体(Gene Ontology)。基因本体是描述基因和蛋白质功能的一种标准化的系统，它可以帮助研
原创
2024-04-07 10:47:04
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