今天给大家介绍的是2016年在Nature Communations 发表的一篇三代序列比对算法GraphMap，基于gap-gram查找和k-mer图来进行查找和比对，思想很巧妙，对错误率有很好的的鲁棒性。因此，本次简单介绍GraphMap算法的主要思想，希望对大家有所启发，可以用Graph
hmmer，和blast类似，也是一款用于寻找同源序列的软件，其出现晚于blast，与blast所使用的算法不同，hmmer使用的是隐马尔科夫模型，隐马尔科夫模型的简介以及在序列比对中的应用我之前有写过一篇短文，有兴趣可以参读一下：隐马尔可夫模型在序列比对和基因预测中的应用。使用hmmer和blast各有长短，在某些情况下两者的效果差不多，有时候会有稍大差距。hmmer也有在线版以及本地版，在线版
基本概念 双序列比对一般来说，是对两个DNA或蛋白质序列进行比较，从而找出两者之间最大的相似性匹配。主要是为了确定两个序列之间的相似性源自于同源性，按照一定的规律进行排序。 比对过程中，错配与突变相对应，而空位对应于插入或删除。该研究还可以拓展到现在热门的语言文本的研究中。在生物信息处理中，我们希望找出两条序列S和T之间具有的某种相似性关系，这种寻找生物序列相似性关系的算法就是双序列比对算法。 我
# Java 序列化对比
## 引言
在Java中，序列化是将对象转换为字节流的过程，可以用于数据存储、网络传输等场景。序列化可以将对象的状态保存在字节序列中，以便在需要的时候重新创建相同的对象。在本文中，我们将讨论Java序列化的基本概念和实现，以及与其他序列化方式的对比。
## 一、Java序列化流程
序列化是一个复杂的过程，涉及到对象的存储和恢复。下面是Java序列化的基本流程：
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原创
2023-08-05 19:10:03
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一、基本概念1、什么是序列化和反序列化序列化是指将Java对象转换为字节序列的过程，而反序列化则是将字节序列转换为Java对象的过程。Java对象序列化是将实现了Serializable接口的对象转换成一个字节序列，能够通过网络传输、文件存储等方式传输 ，传输过程中却不必担心数据在不同机器、不同环境下发生改变，也不必关心字节的顺序或其他任何细节，并能够在以后将这个字节序列完全恢复为原来的对象(恢复
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2023-07-02 11:05:30
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Data Whale第20期组队学习 Pandas学习—时序数据一、时序中的基本对象二、时间戳2.1 Timestamp的构造与属性2.2 Datetime序列的生成2.3 dt对象2.4 时间戳的切片与索引三、时间差3.1 Timedelta的生成3.2 Timedelta的运算四、 日期偏置4.1 Offset对象4.2 偏置字符串五、时序中的滑窗与分组5.1 滑动窗口5.2 重采样参考文献
## Redis JSON序列化对比
### 前言
Redis是一种快速、可靠的内存数据库，广泛应用于缓存、消息队列等场景。在Redis中，常常需要将数据序列化为二进制字符串，以便存储和传输。而在使用JSON格式进行序列化时，我们通常会遇到不同的实现方式，本文将对比常见的两种Redis JSON序列化方式：使用字符串和使用Hash。
### 使用字符串进行序列化
一种常见的Redis JS
# Java对象序列化对比JSON序列化
## 简介
在Java开发中，对象序列化和JSON序列化都是常见的数据序列化方式。本文将介绍如何实现Java对象序列化和JSON序列化，并进行对比分析。
### 对象序列化
对象序列化是将对象转换为字节流的过程，这样可以将对象保存到文件中或通过网络传输。Java提供了ObjectOutputStream和ObjectInputStream类来实现对象的
怀晓明 数据和云
编辑手记：关于Oracle的序列，相信大家并不陌生，但很多人平时只用到connect by 的方式来构造序列，今天一起来学习更多的构造序列的方法及每个方法的优缺点。
作者介绍
怀晓明，云和恩墨性能优化专家。ITPUB社区版主，兴趣广泛，视野广阔，目前专注于SQL审核与优化工作，是一个细心敏锐的troubleshooter。擅长数据库和web的设计和开发，精于故
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2021-06-22 05:58:37
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xgboost 和 LightGBM 都是优秀的梯度提升框架，它们各自具有一些独特的优点和缺点，选择哪一种算法应该根据实际应用场景和数，可以优先选择xgboost。
介绍在分子生物学中，DNA 和蛋白质可以表示为字母序列。DNA 序列由 A、T、G、C 组成，代表核苷碱基(nucleobases) 腺嘌呤、胸腺嘧啶、鸟嘌呤和胞嘧啶。蛋白质由 20 个不同的字母组成，表示 20 种不同的氨基酸。比较来自同一生物体或来自不同生物体的两个序列，称为 序列比较 (Sequence comparison)，是分子生物学中的一项重要任务。它有助于为许多生物学问题提供解决方
1：为什么要序列化网络传输的数据都必须是二进制数据，但是在Java中都是对象，是没有办法在网络中进行传输的，所以就需要对Java对象进行序列化，而且这个要求这个转换算法是可逆的，不然要是不可逆那鬼知道你传过来的是个什么东西2：Java原生序列化只要让类实现 Serializable 接口就行，序列化具体的实现是由ObjectOutputStream和ObjectInputStream来实现的缺点：
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2021-01-19 14:43:35
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# Java Bean序列化效率对比
在Java开发中，序列化是一项十分重要的操作，用于将对象转换为字节流以便于存储或传输。为了比较不同序列化方法的性能，我们将通过一个具体的实例来实现“Java Bean序列化效率对比”。本文将提供详细的步骤、代码示例以及相应的图示。
## 流程概述
序列化效率对比的基本流程如下表所示：
| 步骤 | 描述
2018年04月18日 14:02:24 疯疯癫癫 阅读数：24 版权声明：本
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2019-01-08 10:40:00
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php的各个序列化反序列化对比如下function10万条记录的序列化并写入(ms)10万条记录文件读取并反序列化(ms)100条记录序列化并写入(ms)100条记录文件读取并反序列化(ms)serialize106-20085-950.18-0.340.15-0.22json_encode73-128179-1890.12-0.25 0.20-0.32msgpack_pack75-99
原创
2022-04-08 15:15:59
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Jackson2JsonRedisSerializer和GenericJackson2JsonRedisSerializer的区别经测试：总结存储示例： 经测试：使用GenericJacksonRedisSerializer序列化反序列化耗时：1467使用Jackson2JsonRedisSerializer序列化反序列化耗时：914/**
* 重写Redis序列化方式，使用Json方
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2023-05-26 17:27:09
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一、redisTemplate和stringRedisTemplate对比RedisTemplate看这个类的名字后缀是Template，如果了解过Spring如何连接关系型数据库的，大概不会难猜出这个类是做什么的 ，它跟JdbcTemplate一样封装了对Redis的一些常用的操作，当然StringRedisTemplate跟RedisTemplate功能类似那么肯定就会有人问，为什么会需要两个
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2023-07-09 16:22:18
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1.变量作用域一般在函数体外定义的变量成为全局变量，在函数内部定义的变量称为局部变量。全局变量所有作用域都可读，局部变量只能在本函数可读函数在读取变量时，优先读取函数本身自有的局部变量，再去读全局变量2.变量名解析LEGB法则搜索变量名的优先级：局部作用域 > 嵌套作用域 > 全局作用域 > 内置作用域L(local)局部作用域局部变量：包含在def关键字定义的语句块中，即在函数
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2023-06-19 10:56:56
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文章目录1.函数1.1 title()函数-以首字母大写的方式显示每个单词1.2 合并字符串（与C的区别）1.3 剔除空白1.4 注释1.5 str()函数-让python将非字符串值表示为字符串1.6 range()函数的使用1.7 平方运算2.列表2.1 列表元素的访问2.1列表元素的改变2.2.1 改变：找到对应的数字，直接改变即可，与C中数组下标差不多2.2.2 添加到末尾：append
JSON 是一种基于文本的数据格式，用于在不同的系统之间传输数据。它使用键值对的方式来存储数据，易于解析和生成。JS为严格。SimpleJSON。
