今天给大家介绍的是2016年在Nature Communations 发表的一篇三代序列比对算法GraphMap，基于gap-gram查找和k-mer图来进行查找和比对，思想很巧妙，对错误率有很好的的鲁棒性。因此，本次简单介绍GraphMap算法的主要思想，希望对大家有所启发，可以用Graph
hmmer，和blast类似，也是一款用于寻找同源序列的软件，其出现晚于blast，与blast所使用的算法不同，hmmer使用的是隐马尔科夫模型，隐马尔科夫模型的简介以及在序列比对中的应用我之前有写过一篇短文，有兴趣可以参读一下：隐马尔可夫模型在序列比对和基因预测中的应用。使用hmmer和blast各有长短，在某些情况下两者的效果差不多，有时候会有稍大差距。hmmer也有在线版以及本地版，在线版
基本概念 双序列比对一般来说，是对两个DNA或蛋白质序列进行比较，从而找出两者之间最大的相似性匹配。主要是为了确定两个序列之间的相似性源自于同源性，按照一定的规律进行排序。 比对过程中，错配与突变相对应，而空位对应于插入或删除。该研究还可以拓展到现在热门的语言文本的研究中。在生物信息处理中，我们希望找出两条序列S和T之间具有的某种相似性关系，这种寻找生物序列相似性关系的算法就是双序列比对算法。 我
php的各个序列化反序列化对比如下function10万条记录的序列化并写入(ms)10万条记录文件读取并反序列化(ms)100条记录序列化并写入(ms)100条记录文件读取并反序列化(ms)serialize106-20085-950.18-0.340.15-0.22json_encode73-128179-1890.12-0.25 0.20-0.32msgpack_pack75-99
原创
2022-04-08 15:15:59
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怀晓明 数据和云
编辑手记：关于Oracle的序列，相信大家并不陌生，但很多人平时只用到connect by 的方式来构造序列，今天一起来学习更多的构造序列的方法及每个方法的优缺点。
作者介绍
怀晓明，云和恩墨性能优化专家。ITPUB社区版主，兴趣广泛，视野广阔，目前专注于SQL审核与优化工作，是一个细心敏锐的troubleshooter。擅长数据库和web的设计和开发，精于故
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2021-06-22 05:58:37
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# Java 序列化对比
## 引言
在Java中，序列化是将对象转换为字节流的过程，可以用于数据存储、网络传输等场景。序列化可以将对象的状态保存在字节序列中，以便在需要的时候重新创建相同的对象。在本文中，我们将讨论Java序列化的基本概念和实现，以及与其他序列化方式的对比。
## 一、Java序列化流程
序列化是一个复杂的过程，涉及到对象的存储和恢复。下面是Java序列化的基本流程：
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原创
2023-08-05 19:10:03
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1.变量作用域一般在函数体外定义的变量成为全局变量，在函数内部定义的变量称为局部变量。全局变量所有作用域都可读，局部变量只能在本函数可读函数在读取变量时，优先读取函数本身自有的局部变量，再去读全局变量2.变量名解析LEGB法则搜索变量名的优先级：局部作用域 > 嵌套作用域 > 全局作用域 > 内置作用域L(local)局部作用域局部变量：包含在def关键字定义的语句块中，即在函数
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2023-06-19 10:56:56
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各种常用的序列化性能的对比
原创
2021-06-04 19:51:41
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Data Whale第20期组队学习 Pandas学习—时序数据一、时序中的基本对象二、时间戳2.1 Timestamp的构造与属性2.2 Datetime序列的生成2.3 dt对象2.4 时间戳的切片与索引三、时间差3.1 Timedelta的生成3.2 Timedelta的运算四、 日期偏置4.1 Offset对象4.2 偏置字符串五、时序中的滑窗与分组5.1 滑动窗口5.2 重采样参考文献
一、基本概念1、什么是序列化和反序列化序列化是指将Java对象转换为字节序列的过程，而反序列化则是将字节序列转换为Java对象的过程。Java对象序列化是将实现了Serializable接口的对象转换成一个字节序列，能够通过网络传输、文件存储等方式传输 ，传输过程中却不必担心数据在不同机器、不同环境下发生改变，也不必关心字节的顺序或其他任何细节，并能够在以后将这个字节序列完全恢复为原来的对象(恢复
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2023-07-02 11:05:30
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一、序列类型什么是序列：所谓序列,即成员有序排列,可通过索引访问.简单理解就是数据是按照先后顺序排列所以可以通过索引去定位具体信息的数据结构。python3的序列类型：（简单介绍序列类型，后面会详细介绍每一种序列）序列类型--string（字符串）：单引号，双引号，三引号括起来的字符序列>>> f = 'abc'>>> f1 = "abc">>>
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2023-08-10 15:05:42
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## Redis JSON序列化对比
### 前言
Redis是一种快速、可靠的内存数据库，广泛应用于缓存、消息队列等场景。在Redis中，常常需要将数据序列化为二进制字符串，以便存储和传输。而在使用JSON格式进行序列化时，我们通常会遇到不同的实现方式，本文将对比常见的两种Redis JSON序列化方式：使用字符串和使用Hash。
### 使用字符串进行序列化
一种常见的Redis JS
Java 提供的对象输入流（ObjectInputStream）和输出流（ObjectOutputStream），可以直接把 Java 对象作为可存储的字节数据写入文件，也可以传输到网络上。对于程序员来说，基于 JDK 默认的序列化机制可以避免操作底层的字节数组，从而提高开发效率。Java 序列化的主要目的是网络传输和对象持久化。一、无法跨语言 无法跨语言，是 Java 序列化最致命的问题。对于跨
# Java对象序列化对比JSON序列化
## 简介
在Java开发中，对象序列化和JSON序列化都是常见的数据序列化方式。本文将介绍如何实现Java对象序列化和JSON序列化，并进行对比分析。
### 对象序列化
对象序列化是将对象转换为字节流的过程，这样可以将对象保存到文件中或通过网络传输。Java提供了ObjectOutputStream和ObjectInputStream类来实现对象的
1.1 数据结构一般常用的有数组(Array)，集合(Set)，列表(List)，队列(Queue)，链表(Linkedlist)，树(Tree)，堆(Heap)，栈(Stack)，字典(Dictionary)Python中数据结构主要有序列，集合，字典。1.2 序列序列是一种可迭代的，元素有顺序，可以重复出现的数据结构，序列可以通过索引访问；序列包括列表，字符串，字节串，元组等。对于索引，切片与
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2023-06-17 16:54:19
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1. 序列1.1. 序列概览 在Python中，最基本的数据结构是序列（sequence），序列中的每一个元素被分配一个序号——即元素的位置，也成为索引，从0开始计数。Python中有6种内建的序列：列表、元组、字符串、Unicode字符串、buffer对象、xrange对象。 所谓“序列概览”讲的是所有序列类型都通用的操作。 列表和元组的主要区别：列表可以修改，元组则不能。 下面就是
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2023-08-11 09:27:01
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1.简介序列是一块可存放多个值的连续内存空间，所有的值按一定的顺序排列。常见的序列结构：str' '字符串(不可变序列)，list[ ]列表（可变序列），tuple( )元组（不可变序列）2.常见功能2.1索引序列索引从左向右计数，从0开始递增序列索引从右向左计数，从-1开始递减2.2切片sname[start :end :step]表示 sname 序列，从 start 到 end 的索引位置（
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2023-08-21 02:59:02
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小白刚入门python一直弄不懂python的数据类型，比如列表、字典、序列等，学习了很多概念、对应的方法，但是真实场景使用时又是一脸懵逼所以基于目前比较熟悉的excel表格来进行对比学习，以此来加深对python数据类型的认知列表list你一定见过这样的表格123abchahahehehihi这是一种没有表头的单行的excel表格，里面可以放数字、字母、字符串列表list就类似于这种excel表
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2023-09-26 17:16:29
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python的数据类型我就不多赘述了，与数学中的数一样支持加减乘除序列类型都支持的操作: 1.索引:序列类型的元素加下角标[2],获取该位置的元素，元素的索引位置是从0开始计数的 2.切片:跟索引类似，通过下角标[1:3],获取索引位置为1和3区间类的元素，右边的索引位置的元素不能取到 3.步长:与切片配合使用，通过下角标[1:5:n],默认情况下为1，表示每隔n-1个元素取一个元素列
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2023-08-22 21:14:56
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目录1. 序列基本知识序列概念序列分类可变对象2. 列表列表修改列表函数列表遍历3. 元组与字典元组字典4. 集合集合方法集合运算课堂笔记1. 序列基本知识1.1 序列概念序列，是Python中最基本的一种数据结构。序列用于保存一组有序的数据，所有的数据在序列当中都有一个唯一的位置（索引）并且序列中的数据会按照添加的顺序来分配索引数据结构指计算机中数据存储的方式1.2 序列分类可变序列（序列中的元
