1. 模型解释
lmer常用模型公式如下:
mod= lmer(data = , formula = y ~ Fixed_Factor + (Random_intercept + Random_Slope | Random_Factor))
- data,为数据集
- y,为观测值,所要分析的性状,因变量
- Fixed_Factor,为固定因子
- ()内为随机因子
- Random_intercept,为随机截距,即认为不同群体因变量的分布不同(通俗的解释:有的人生下来起点高,是富二代,有的人是一般群众,起点低)
- Random_Slope,为随机斜率,即认为不同群体受固定因子的影响不同(通俗解释:有的人是学霸,学习能力强,2个小时学会,斜率高;有的人是学渣,2天才能学会,斜率低)
- Random_Factor,随机因子
参考: https://zhuanlan.zhihu.com/p/63092231
2. 常用模型
2.1 Random intercept with fixeed mean
这里是截距(intercept)随机,均值(mean)固定。
公式:
(1 | g)
- 也可以写为:
1 + (1 | g)
比如下面两种模型是等价的:
mod1a = lmer(Reaction ~ Days + (1 | Subject), data=dat)mod1aa = lmer(Reaction ~ Days + 1 + (1 | Subject), data=dat)
估计出的随机因子的效应值为:
2.2 Random intercept with a priori means
公式:
0 + offset(0) + (1 | g)
- 也可以写为:
-1 + offset(0) + (1 | g)
这部分没有很理解,也没有例子,官方文档解释如下:
The names of grouping factors are denoted g, g1, and g2, and covariates and a priori known offsets as x and o
2.3 Intercept varying among g1 and g2 within g1
公式:
1 + (1 | g1/g2)
- 也可以写为:
(1 | g1) + (1 | g1:g2)
2.4 Intercept varying among g1 and g2
公式:
(1 | g1) + (1|g2)
- 也可以写为:
1 + (1 | g1) + (1|g2)
2.5 Correlated random intercept and slope
公式:
x + (x | g)
- 也可以写为:
1 + x + (1 + x|g)
2.6 Uncorrelated random intercept and slope
公式:
x + (x || g)
- 也可以写为:
1 + x + (1|g) + (0 + x|g)
公式汇总:
注意:
这里,x
为数值协变量,g
,g1
,g2
为因子协变量。
参考:https://cran.r-project.org/web/packages/lme4/vignettes/lmer.pdf