1. 模型解释

lmer常用模型公式如下:

mod= lmer(data = , formula = y ~ Fixed_Factor + (Random_intercept + Random_Slope | Random_Factor))

  • data,为数据集
  • y,为观测值,所要分析的性状,因变量
  • Fixed_Factor,为固定因子
  • ()内为随机因子

  • Random_intercept,为随机截距,即认为不同群体因变量的分布不同(通俗的解释:有的人生下来起点高,是富二代,有的人是一般群众,起点低)
  • Random_Slope,为随机斜率,即认为不同群体受固定因子的影响不同(通俗解释:有的人是学霸,学习能力强,2个小时学会,斜率高;有的人是学渣,2天才能学会,斜率低)
  • Random_Factor,随机因子



参考: https://zhuanlan.zhihu.com/p/63092231


2. 常用模型

2.1 Random intercept with fixeed mean

这里是截距(intercept)随机,均值(mean)固定。

公式:


  • ​(1 | g)​
  • 也可以写为:​​1 + (1 | g)​

比如下面两种模型是等价的:

mod1a = lmer(Reaction ~ Days + (1 | Subject), data=dat)
mod1aa = lmer(Reaction ~ Days + 1 + (1 | Subject), data=dat)

估计出的随机因子的效应值为:

lme4包中的lmer函数语法介绍_数据集

2.2 Random intercept with a priori means

公式:


  • ​0 + offset(0) + (1 | g)​
  • 也可以写为:​​-1 + offset(0) + (1 | g)​

这部分没有很理解,也没有例子,官方文档解释如下:


The names of grouping factors are denoted g, g1, and g2, and covariates and a priori known offsets as x and o


2.3 Intercept varying among g1 and g2 within g1

公式:


  • ​1 + (1 | g1/g2)​
  • 也可以写为:​​(1 | g1) + (1 | g1:g2)​

2.4 Intercept varying among g1 and g2

公式:


  • ​(1 | g1) + (1|g2)​
  • 也可以写为:​​1 + (1 | g1) + (1|g2)​

2.5 Correlated random intercept and slope

公式:


  • ​x + (x | g)​
  • 也可以写为:​​1 + x + (1 + x|g)​

2.6 Uncorrelated random intercept and slope

公式:


  • ​x + (x || g)​
  • 也可以写为:​​1 + x + (1|g) + (0 + x|g)​

公式汇总:

lme4包中的lmer函数语法介绍_数据集_02

注意:

这里,​​x​​为数值协变量,​​g​​,​​g1​​,​​g2​​为因子协变量。


参考:https://cran.r-project.org/web/packages/lme4/vignettes/lmer.pdf