## 基于Docker和Nextflow搭建生信流程
在生物信息学领域，处理大规模数据和复杂分析流程是常见的任务。为了简化流程的管理和复现性，现在广泛使用Docker和Nextflow组合来构建生信流程。Docker是一种容器化技术，可以将应用程序及其依赖打包在一个容器中，实现环境的隔离和可移植性。而Nextflow是一种用于编写可扩展、可重用和可维护的生信流程的工具。
下面我们将以一个RNA
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2023-08-03 07:03:38
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一、介绍生信流程搭建一般有 Shell，Python，Galaxy等流派，为了去尽可能的了解生信流程的搭建过程及压榨计算机性能。我这里使用 Nextflow 作为流程搭建工具，它有着很多强大的功能：简化数据密集型pipelines的编写胶水特性：只要可以在Linux系统中运行的程序或不同的编程语言脚本，都可以放在流程中支
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2022-03-08 15:21:02
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Nextflow 支持自动获取在网络上的所有流程，包括流程代码，软件，参考基因组，甚至远程数据源如果需要在离线的系统运行你的分析。需要几个额外的步骤即可在本地获取到一个完整的流程Nextflow在系统安装好 Nextflow下载最新版：https://github.com/nextflow-io/nextflow/releaseschmod +x nextflow-20.04.1-
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2022-03-08 15:20:42
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配置文件启动管道脚本时，Nextflow将在当前目录和脚本基本目录（如果与当前目录不同）中查找一个名为nextflow.config的文件。最后，它检查文件 $HOME/.nextflow/config。当存在多个文件时，它们将被合并，因此第一个文件中的设置将覆盖第二个文件中可能出现的相同设置，依此类推。如果要忽略任何默认配置文件，而仅使用自定义文件，请使用命令行选项 。
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2022-03-08 15:36:53
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目录生信工作流框架搭建 | 04-nextflow与Slurm高性能计算前情提要什么是HPC高性能计算什么是slurmnextflow配置注意事项下期预告 生信工作流框架搭建 | 04-nextflow与Slurm高性能计算本篇为biodoge《生信工作流框架搭建》系列笔记的第5篇，该系列将持续更新。前情提要上回生信工作流框架搭建 | 03-nextflow与AWS批量计算为大家提供了nextf
分享一篇近期发表在 Bioinformatics 上的文章：AssemblyQC: A Nextflow pipeline for reproducible reporting of as
Nextflow基于数据流编程模型，其中流程通过通道进行通信。通道具有两个主要属性：发送消息是一个异步操作，无需等待接收过程即可立即完成。接收数据是一项阻止操作，它将停止接收过程，直到消息到达为止。通道类型Nextflow区分两种不同的通道：队列通道和值通道
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2022-03-08 15:35:32
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Nextflow 进程 (process) 彼此隔离。输入项 (input) 定义从哪个通道 (channels) 接收输入数据。一次只能定义一个输入项，并且它必须包含一个或多个输入。输入项遵循以下语法：input: <input qualifier> <input name> [from <source channel>]
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2022-03-08 15:04:12
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这次分析流程搭建使用基于Nextflow 的 nf-core，该工具可以实现自动化的转录组上游分析。官网：https://nf-co.re/rnaseqGitHub：https://github.com/nf-core/rnaseq安装 nf-core rnaseq可以使用Git clone，也可以下载好解压到流程目录安装
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2022-03-08 16:00:18
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流程！流程！流程！写流程最重要的，当然是流程管理工具。在这里我的选择是snakemake，一个语法简单，结构清晰，并且方便其他人修改参数的python工具。其实基于python的流程框架有很多，应用广泛，有更适合处理数据的nextflow，但是需要fifo。snakemake基于DSL，语法上主要由rule构成，功能上几乎就是python版本的make。snakemake 第一部分 我们来安装sn
Rust初学者经验分享#rustJean Manguy是一位博士后，目前就职于基因组学和宏基因组学的项目，平时的工作都围绕使用Nextflow为现有的命令行工具使用和编写管道而展开，工作中使用最多的是R语言，R语言是一门用于数据探索，统计和数据可视化的解释语言，随着工作变成常态，他发现自己的应用开发能力已经逐渐退步，虽然之前也用C语言做过一些项目，现在他想尝试一门新的语言，于是在疫情期间开始学习R
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2021-05-08 22:32:33
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