白墨的博客_生信情报站,测序技术,生信分析(4)

一文读懂进化树（图文详解）

一、什么是进化树系统发育进化树 (Phylogenetic tree)：一般也叫系统进化树，进化树。它可以利用树状分支图形来表示各物种或基因间的亲缘关系。建进化树的过程，用术语讲：分支系统发育分析 (Molecular phylogenetic analysis)：是用来研究物种或序列进化和系统分类的一种方法。一般研究对象是碱基序列或氨基酸序列，通过数理统计算法来计算生物间进化关系。

生物信息学

进化树

系统发育进化树

序列比对

系统发育分析

原创 2022-03-08 15:02:20 8542 阅读

Django 的脚本化启动

一、脚本在项目中，新建script.py# django 脚本化启动import os, djangoos.environ.setdefault('DJANGO_SETTINGS_MODULE', 'def_proj01.settings')django.setup()二、使用示例一般用来做外部调用或者测试使用# django 脚本化启动import os,

Django

后端

网站

Django REST

脚本

原创 2022-03-08 14:54:41 571 阅读

在 Pycharm 中玩转 GitHub（图文详解）

文章目录一、Git 的诞生二、GitHub 的出生三、GitHub和Git 对我们来说有什么用？四、安装 Git五、本地 Git 关联 GitHub 远程仓库六、推送本地仓库到 GitHub七、将 GitHub 仓库克隆到本地八、参与 GitHub 项目一、Git 的诞生在1991年，大佬 Linus 构建了开源操作系统，并命名为 Linux，随后带领全世界计算机爱好者逐渐完善系统。

pycharm

git

GitHub

python

Linux

原创 2022-03-08 14:54:26 1250 阅读

MySQL 初始化密码，修改密码，重置忘记的密码

初始化密码1.进入mysql命令行mysql -uroot2.执行ALTER USER'root'@'localhost'IDENTIFIED BY 'your_password';3.提交flush privileges;4.退出quit;修改密码1.进入mysql命令行mysql -uroot -p2.执行set password for root@localhost =

mysql

数据库

修改密码

忘记密码

mysql命令

原创 2022-03-08 14:54:03 1326 阅读

Windows 与 Linux 安装 sqlite3 数据库（图文详解）

文章目录Windows1.下载2.解压3.设置环境变量4.验证安装是否成功LinuxWindows1.下载https://www.sqlite.org/download.html2.解压3.设置环境变量右键此电脑 -> 属性新建环境变量4.验证安装是否成功打开命令行，

数据库

sqlite3

后端

Linux

windows

原创 2022-03-08 14:53:47 565 阅读

搭建 Python 高效开发环境： Pycharm + Anaconda

文章目录介绍安装 Pycharm安装 Anaconda配置使用其他使用技巧介绍Pycharm 是目前主流的 Python 开发集成开发环境，带有一整套可以帮助用户在使用Python语言开发时提高其效率的工具，比如调试、语法高亮、Project管理、代码跳转、智能提示、自动完成、单元测试、版本控制。总的来说，Pycharm 大大提高了编写 Python 时的效率和体验，用了之后就很难离开它了。...

Python

数据分析

anaconda

开发环境

大数据

原创 2022-03-08 14:52:31 520 阅读

新冠病毒的自我修养

在2月11日，世卫组织在日内瓦召开发布会，宣布将新型冠状病毒正式命名为 COVID-19。这种 COVID-19 新冠病毒攻击的靶器官主要为肺部，因此我们大多听到的都是它引发的新冠肺炎。那么作为一颗合格的新冠病毒是如何进入人体的？在进入人体后，会在身体里做些什么？当在感染人体后，究竟是什么导致人体患上肺炎？入侵人体细胞当一位感染者通过打喷嚏，甚至说话聊天时，携带病毒的飞沫就有可能...

解决方案

系统生成

官网

原创 2022-03-08 14:51:58 187 阅读

一步一步安装及配置 Node.js 与 NPM

零、Node.js 与 npm 的关系Node.js 是一个基于 Chrome V8 引擎的 JavaScript 运行环境。我们如果想愉快的使用 JavaScript 做一些东西，node.js 是必须安装的工具。在实际工作中，我们会用到很多大佬写的 JavaScript 包或模块。如果每次都根据包命搜索官网或GitHub，下载代码，解压，

nodejs

npm

前端

安装

Windows

原创 2022-03-08 14:51:25 228 阅读

Linux 查看文件，文件夹，磁盘空间大小

查看文件列出当前目录所有文件的大小ls -alh过滤当前目录下大于10M的文件find ./ -type f -size +10M -print0 | xargs -0 ls -lh | sort -nr查看文件夹当前目录的大小du -sh当前目录的子目录大小du -sh

Linux

文件

文件夹

磁盘

运维

原创 2022-03-08 14:50:54 1580 阅读

Django REST 框架详解 01 | 安装与数据库配置

Django REST 详解 01 | 安装与数据库配置一、介绍Django Rest Framework （DRF）是基于 Django 框架，用于构建 Web API 的工具集。提供 REST 接口开发规范验证策略，包括 OAuth1a 和 OAuth2支持ORM 和非 ORM 数据源的序列化与反序列化操作基于函数的视图操作目前 Red Hat，Mozilla，

Django

Django REST

DRF

后端

数据库

原创 2022-03-08 14:49:16 132 阅读

Pandas 修改单列，多列，Dataframe 数据类型方法汇总

文章目录1.修改单列的数据类型2.修改指定多列的数据类型3.创建dataframe时，修改数据类型4.读取时，修改数据类型5.自动1.修改单列的数据类型import pandas as pdimport numpy as npdf = pd.read_csv('test.csv')df['column_name'] = df['column_name'].astype(np.str)...

大数据

pandas

python

生物信息学

数据分析

原创 2022-03-08 14:48:58 6297 阅读

从零开始 Vue 01 | 构建第一个 Vue 项目

一、材料nodejs （参考：一步一步安装及配置 Node.js 与 NPM）phpstorm （https://www.jetbrains.com/phpstorm/）二、配置1.配置node与npmphpstorm -> File -> Settings输入npm，设置node与npm的安装路径2.配置eslinteslint是编程书写规范，

vue

node

网站

前端

es6

原创 2022-03-08 14:48:45 789 阅读

如何绘制全球新冠病毒疫情动态分布图

目前新型冠状疫情已经蔓延到全球，截止北京时间8日上午9时，全球确诊140万人，其中美国确诊人数超40万人，正如局座所说这次疫情不亚于第三次世界大战。大家除了注意全球疫情动态，更要注重个人防护，避免给添乱。利用数据的时序性分析对于疫情分布和控制具有指导意义，也可以使大家直观的看到疫情的发展趋势。

数据可视化

json

数据

ide

原创 2022-03-08 14:47:16 348 阅读

一文读懂数据库的文本数据类型：CHAR，VARCHAR，TEXT，BLOG，NCHAR、NVARCHAR、NTEXT

文章目录一、CHAR与 VARCHAR二、TEXT 与 BLOG三、NCHAR、NVARCHAR、NTEXT一、CHAR与 VARCHARCHAR 用于存储固定长度的数据，CHAR字段上的索引效率级高，但是不适用于字符长度不确定的数据。比如定义char(10)，那么不论你存储的数据是否达到了10个字节，

sql

数据库

数据分析

数据类型

文本数据

原创 2022-03-08 14:46:57 439 阅读

如何在 Pycharm 中高效使用 R 语言（图文详解）

文章目录一、材料二、安装1.Pycharm 安装2.R 安装3.插件安装三、新建 R 项目四、新建R文件四、R文件头信息设置五、R包管理工具六、使用 R Markdown最新的 Pycharm 大量更新了对 R 的功能支持，在 IntelliJ 的大名加持下，拥有自动补全代码（最新加入了机器学习的新特性），自动格式化代码，版本控制，以及大量的插件支持。

数据分析

R

pycharm

统计学

生物信息

原创 2022-03-08 14:46:42 2234 阅读

Pycharm 中安装及使用 Jupyter （图文详解）

在 Pycharm 中安装及使用 Jupyter （图文详解）文章目录在 Pycharm 中安装及使用 Jupyter （图文详解）一、材料二、安装 Jupyter三、配置 Jupyter四、使用 Jupyter1. 使用 Cell2. 使用 jupyter MarkdownPycharm 更新了对 Jupyter 的功能支持，

pycharm

开发工具

编写代码

版本控制

快捷键

原创 2022-03-08 14:46:10 8848 阅读

Django REST框架 | 封装 Respose 类

文章目录一、封装二、调用三、测试接口一、封装可以发现在给客户端返回数据都有固定的格式，比如 json。我们为了减少重复代码，重写Response 类utils/response.pyfrom rest_framework.response import Responseclass APIResponse(Response):

python

django

django rest

数据库

后端

原创 2022-03-08 14:43:18 425 阅读

一代测序原理 (Sanger法测序)

Frederick Sanger 是一位1918年出生于美国的生物化学家，曾经两度获得诺贝尔化学奖。上世纪70年代末，他提出快速测定脱氧核糖核酸（DNA）序列的技术“双脱氧终止法”，也被称作“Sanger法”。早在2001年完成的人类基因组框图，采用的就是该方法。而且因准确率高，直到今天还在广泛使用，也被称为基因检测的金标准。下面我们来看看Sanger法是怎样测得基因序列的。Sanger ...

测序

生物学

生物信息学

原理

新技术

原创 2022-03-08 14:42:44 745 阅读

一文极速读懂UniProt数据库

Uniprot （Universal Protein ）是包含蛋白质序列，功能信息，研究论文索引的蛋白质数据库，整合了包括EBI（ European Bioinformatics Institute），SIB（the Swiss Institute of Bioinformatics），PIR（Protein Information Resource）

蛋白质组

生物信息

生物信息学

数据库

蛋白质

原创 2022-03-08 14:40:01 3221 阅读

查询Mysql中表大小，数据大小，索引大小

使用进入mysql命令行或者Navicat的查询界面输入如下select * from information_schema.TABLES where information_schema.TABLES.TABLE_SCHEMA='your_database_

数据库

mysql

表数据

mysql命令

原创 2022-03-08 14:39:29 976 阅读

Typora 构建舒适的高颜值写作环境

文章目录设置外观自动保存与恢复设置主题设置图床设置快捷键常用的快捷键Typora 设置完成后，你的 Typora 编辑环境是写作环境包括文件目录，文章大纲，图床支持，高颜值主题，趁手的快捷方式设置外观进入偏好设置设置程序外观为一体化，开启侧边栏设置 Typora 启动时，打开的目录自动保存与恢复设置

博客

写作

工具

生产力

快捷键

原创 2022-03-08 14:39:17 175 阅读

Linux 安装 node，npm （详细图解）

node.js

前端

npm

Linux

网站

原创 2022-03-08 14:38:53 3338 阅读

生信格式 | GAF GO注释文件详解

下载http://current.geneontology.org/products/pages/downloads.htmlGOC（Gene Ontology Consortium）提供了41种不同模型生物的GAF格式的注释信息。GAF格式介绍官网：http://geneontology.org/docs/go-annotation-file-gaf-format-2.1/GO 注释文...

生物信息

GO

基因

注释

GeneOntology

原创 2022-03-08 14:38:39 707 阅读

一文极速读懂 Gene Ontology （GO）数据库

一、介绍官方：基因本体（GO）知识库是有关基因功能的全球最大信息来源。这些知识既是人类可读的，也是机器可读的，并且是生物医学研究中大规模分子生物学和遗传学实验的计算分析的基础。在读懂基因本体论（Gene Ontology）前，我们先看看什么是本体论：本体论（Ontology ）是探究世界的本原或基质的哲学理论。本体论通常处理的问题...

数据库

生物信息

基因

GO

GeneOntology

原创 2022-03-08 14:38:26 1126 阅读

一文极速读懂 KEGG 数据库

文章目录一、介绍二、KEGG的数据库构成三、KEGG PATHWAY 数据库1. 参考通路图 (map)2. 物种特异性通路 (org)3. 直系同源物通路 (ko)4. 酶通路 (ec)5. 反应通路 (reaction)四、KEGG ORTHOLOGY（KO）数据库一、介绍在进行生物学实验或者生物信息的学习中，都会听说KEGG富集分析，

生物信息学

生物学

通路图

KEGG

数据库

原创 2022-03-08 14:38:08 1068 阅读

参考基因组下载

NCBI网址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome选择Genome数据库，输入hg19，点击Search，进入Genome Resources这里有常用的资源下载，如果是参考基因组下载第一行Ensemble网址：http://asia.ensembl.org有两种进入人参考基因组的方法下拉菜单中，选择Human点击右边的Human点Do...

参考基因组

生物信息学

资源下载

下拉菜单

数据库

原创 2022-03-08 14:37:37 443 阅读

从零开始统计学 01 | 假设检验

文章目录一、提出假设二、选择检验方法2.1 正态分布2.2 t分布（*t-distribution*）与T检验2.3 F分布（*F-distribution*）与方差分析2.4 卡方分布（*chi-square distribution*）与卡方检验2.4.1 检验数据是否服从某种分布2.4.1.1 使用绘图2.4.1.2 使用卡方检验

统计学

生物信息学

大数据

数据分析

正态分布

原创 2022-03-08 14:37:25 721 阅读

Pycharm 自动为脚本文件添加作者信息

如图所示进入设置页面文件头信息设置${PROJECT_NAME} 项目名称${PRODUCT_NAME} IDE的名称${NAME} 文件名称${USER} 用户的登录名${DATE} 日期${TIME} 时间${YEAR} 年${MONTH} 月${DAY} 日${HOUR} 时${MINUTE} 分...

Pycharm

python

文件名

ide

原创 2022-03-08 14:37:01 524 阅读

如何快速自学生物信息学

为了不让大家再走我之前自学生信时候踩过的坑，走过的弯路，将一些比较重要的入门书籍，网站和后续的学习渠道总结如下，供大家参考。目录统计学系统操作编程语言生物学学习渠道统计学StatQuest生物统计学视频，包含统计学基础和生信所涉及的统计学概念，作者力图用可视化并结合有意思的例子来让统计学菜鸟尽快熟悉内部原理。作者是国外的大神，所以他的教程是全英文，在YouTube上首...

生物信息学

生物学

自学

Linux

统计学

原创 2022-03-08 14:36:42 2226 阅读

单细胞转录组(scRNA-seq)分析01 | Scater包的使用

文章目录介绍工作流常用函数plotColDataplotExplanatoryVariablesplotExpressionplotExprsFreqVsMeanplotExprsVsTxLengthplotHeatmapplotHighestExprsplotPlatePositionplotQCplotReducedDi

单细胞转录组

scRNA-seq

Scater

常用函数

数据

原创 2022-03-08 14:36:13 577 阅读

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