# SSGSEA分析在R语言中的应用
## 引言
基因表达分析是生物信息学中的重要研究领域，特别是在癌症研究和个体化医疗中。随着高通量测序技术的发展，研究人员获得了大量的基因表达数据。在众多分析方法中，单样本基因集富集分析（SSGSEA）以其灵活性和准确性逐渐受到关注。本文将介绍如何在R语言中进行SSGSEA分析，并提供相应的代码示例。
## SSGSEA简介
SSGSEA是一种将基因集富
原创
2024-10-19 04:37:51
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R语言如何将字符串转化为小写字符？目录R语言如何将字符串转化为小写字符？R语言是解决什么问题的？R语言如何将字符串转化为小写字符？R语言是解决什么问题的？R 是一个有着统计分析功能及强大作图功能的软件系统，是由奥克兰大学统计学系的Ross Ihaka 和 Robert Gentleman 共同创立。由于R 受Becker, Chambers & Wilks 创立的S 和Sussman 的S
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2023-09-22 13:03:30
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R语言自带的sep()函数是用于设置输出多个值之间的分隔符的函数。它可以在将结果打印或写入文件时，控制多个值之间的间隔样式。通常情况下，在R语言中打印多个值时，默认的分隔符是空格。但使用sep()函数，我们可以将分隔符修改为任何我们想要的字符或字符串。当我们在R语言中使用sep()函数时，它可以接受一个参数来设置输出多个值之间的分隔符。这个参数可以是一个字符向量或字符串。下面是sep()函数的基本
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2024-07-03 17:53:57
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目前主流的免疫浸润计算方法是CIBERSORT和ssgsea，今天介绍CIBERSORT。1.输入数据要什么下面这段话摘自CIBERSORT的介绍Importantly, all expression data should be non-negative, devoid of missing values, and represented in non-log linear space.For
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2024-01-04 19:39:17
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目录str类型内置方法用途定义方式常用操作和内置方法优先掌握按索引取值切片长度len成员运算in|not in移除空白strip切分split循环需要掌握lstrip&rstriplower & upperstartswith & endswithrsplitjoinreplace()isdigit()了解存一个值or多个值有序or无序可变or不可变强化训练str类型内置方
这期讲讲单样本基因富集分析，这个也蛮有意思的之前我已经介绍过基因集富集分析（GSEA），但是当时是用差异基因来分析，这期我们就通过单基因免疫浸润的方法来介绍一下。前言single sample Gene Set Enrichment Analysis (ssGSEA) 是针对单个样本进行 GSEA 分析，其基因列表的排序方式和 ES 的计算方式都是依赖于样本中基因的表达值，而不再是依赖基因与表型的
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2023-08-24 23:21:36
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在前面的章节中，我们已经探讨了2种SCI单因素表的制作方法，今天我们来将第三种表，其实这三种表已经涵盖了绝大部分的SCI的单因素表，只要您有心，绝对可以做出来。今天我们来看看这第三种，这种就像是第二种的加强版，先把产妇分为未生育的和已经生育的，再在里面比较两个人群前置胎盘患者的关系。 我们还是使用既往的乳腺癌的数据 age表示年龄，pathsize表示病理肿瘤大小（厘米），lnpos表示腋窝淋巴结
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2023-10-25 18:55:49
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目录目录1.引言2.安装，数据的读取和保存不讲。这个有别的大佬讲了，没有创新点。3.标准方法3.1 固定效应模型与随机效应模型3.1.1 连续型结果的数据测量3.1.2 固定效应模型3.1.3 随机效应模型3.1.4 异质性检验3.1.5 亚组分析3.1.6 其他结果的meta分析3.1.7 总结3.2 二元结果的meta分析3.3 异质性与meta回归4.进阶操作（将在后续部分讲，敬请期待）4.
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2023-08-21 10:10:29
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一、R语言介绍1、免费的统计软件。 具有顶尖的统计功能。其他统计软件多多少少会收费。课程大纲1、什么是数据？通常数据被认为是狭义上的数字，现在数字的含义被拓宽了，不仅是数字，也可以是字符、字母或者是文字。 比如：天气，食谱，等等。2、数据分析（1）分析商品的价格走势，从而做出预判，进一步进行选择。 （2）数据分析的过程：数据采集：APP偷偷采集网页浏览记录。有的安卓 app 手电筒也要访问通讯录的
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2023-09-19 12:28:24
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主成分分析（principal components analysis， PCA）是一种分析、简化数据集的技术。它把原始数据变换到一个新的坐标系统中，使得任何数据投影的第一大方差在第一个坐标（称为第一主成分）上，第二大方差在第二个坐标（第二主成分）上，依次类推。主成分分析经常用减少数据集的维数，同时保持数据集的对方差贡献最大的特征。这是通过保留低阶主成分，忽
使用的数据nations.csv 第3周及以后使用的来自世界银行指标门户的数据。warming.csv 有关1880年至2017年全球年平均温度 。yearvalue 全球平均温度，与1900-2000年的平均温度相比。simulations.csv美国国家航空航天局（NASA）对历史温度的模拟数据，估计了自然和人为因素对气候的影响， 包含以下变量：yeartype&
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2023-09-27 08:27:28
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传统富集分析(基于超几何分布或者Fisher精确检验)：关注一列差异基因是否是随机分布在某一感兴趣的基因集中(某通路的基因)得到通路富集的结果时：(1)、一条通路中既有上调基因又有下调基因，无法确定这条通路总体的表现形式(是抑制还是激活)将上调和下调的差异基因分开进行分析。(1)这样分析会对结果产生偏倚，因为Fisher精确检验就是想要证明整个差异基因列表不是抽样得到的，如果将上下调基因分开，就对
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2024-03-24 16:45:03
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统计参考书：《统计建模与R软件》用于管理R工作空间的函数： 常用R对象：向量c() 矩阵matrix() 数组array() 数据框dataframe() 列表list() 因子factor() 创建向量和矩阵 产生向量 Seq()函数 ——以指定的规律产生向量 产生字母序列letters which()函数——直接用返回的都是下标 rev()函数 ——向量颠倒 so
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2023-05-18 11:21:02
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Meta分析是针对某一科研问题，根据明确的搜索策略、选择筛选文献标准、采用严格的评价方法，对来源不同的研究成果进行收集、合并及定量统计分析的方法，最早出现于“循证医学”，现已广泛应用于农林生态，资源环境等方面。R语言拥有完整有效的数据处理、统计分析与保存机制，可以对数据直接进行分析和显示，命令格式简单、结果可读性强，包含众多针对Meta分析软件包，是进行Meta整合分析及评价的有效平台。本教程针对
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2023-06-20 14:45:05
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Meta分析是针对某一科研问题，根据明确的搜索策略、选择筛选文献标准、采用严格的评价方法，对来源不同的研究成果进行收集、合并及定量统计分析的方法，最早出现于“循证医学”，现已广泛应用于农林生态，资源环境等方面。R语言拥有完整有效的数据处理、统计分析与保存机制，可以对数据直接进行分析和显示，命令格式简单、结果可读性强，包含众多针对Meta分析软件包，是进行Meta整合分析及评价的有效平台一、Meta
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2023-08-14 09:23:37
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方差分析，是统计中的基础分析方法，也是我们在分析数据时经常使用的方法。下面我总结一下R语言如何对常用的方差分析进行操作。1. 方差分析的假定 上面这个思维导图，也可以看出，方差分析有三大假定：正态，独立和齐次，如果不满足，可以使用广义线性模型或者混合线性模型，或者广义线性混合模型去分析。「本次我们的主题有：」2. 数据来源这里，我们使用的数据来源于R包agridat，它是讲农业相关的论文，书籍中相
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2023-07-05 19:57:56
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主成分分析和探索性因子分析是用来探索和简化多变量复杂关系的常用方法，能解决信息过度复杂的多变量数据问题。主成分分析PCA：一种数据降维技巧，将大量相关变量转化为一组很少的不相关变量，这些无关变量称为主成分探索性因子分析EFA：用来发现一组变量的潜在结构的方法，通过寻找一组更小的，潜在的隐藏的结构来揭示已观测到的，显式的变量间的关系. R基础安装包中提供了PCA和EFA函数分别为princ
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2023-07-08 18:02:09
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功能富集分析，是指借助各类数据库和分析工具进行统计分析。挖掘在数据库中与我们研究的生物学问题具有显著相关性的功能类别，期望发现在生物学过程中起关键作用的生物通路,从而揭示和理解生物学过程的基本分子机制。其中GO富集分析就是重要的一个内容。通常我们可以很容易的通过各类在线网站得到GO富集结果，而后期的可视化往往是八仙过海，各显神通。今天小鹿特别奉上一件法宝--GOplot，让你的可视化呈现与众不同。
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2023-11-18 12:32:59
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R语言手动计算主成分分析（PCA)及其在R函数的实现了解PCA的原理，但总是无法用R语言实现，这次算是有个教程。 主成分分析（principal component analysis,PCA）是一种降维技术，把多个变量化为能够反映原始变量大部分信息的少数几个主成分。 设X有p个变量，为n*p阶矩阵，即n个样本的p维向量。首先对X的p
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2023-05-31 18:48:46
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前言：Meta分析是针对某一科研问题，根据明确的搜索策略、选择筛选文献标准、采用严格的评价方法，对来源不同的研究成果进行收集、合并及定量统计分析的方法，最早出现于“循证医学”，现已广泛应用于农林生态，资源环境等方面。R语言拥有完整有效的数据处理、统计分析与保存机制，可以对数据直接进行分析和显示，命令格式简单、结果可读性强，包含众多针对Meta分析软件包，是进行Meta整合分析及评价的有效平台。基于
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2022-10-07 10:30:16
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