Caffe是一个清晰而高效的深度学习框架，其作者是博士毕业于UC Berkeley的贾扬清。Caffe是纯粹的C++/CUDA架构，支持命令行、Python和MATLAB接口；可以在CPU和GPU直接无缝切换。我在MacbookPro（无NVIDIA显卡）上大费周章地配置了Caffe的环境，并花了许多时间配置其python接口。一、下载Caffe github上的下载地址：https
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2024-01-09 16:33:16
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region命令用于定义一个空间几何区域。使用语法region ID style args keyword arg … ID = 待定义区域的ID style = delete / block / cone / cylinder / plane / prism / sphere / union / intersect delete = no args block args = xlo xhi yl
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2024-07-30 13:47:13
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无论任何模拟，我们都是想从模拟中得到我们想要的数据【data】，然后分析这些数据，从而提取出相关的信息【MAYBE新的发现】，那么数据的输出是 必然的一道程序，下面谈谈LAMMPS软件是如何输出data。 LAMMPS中处理的输出数据主要分一下三个大的部分：1.断点数据，这个主要是为了防止模拟过程中出现意外，比如实验室或机房突然断电，程序部分阶段有错误等等。2.系统热力学量的输出，这些量一般是体系
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2023-10-26 17:43:19
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内部建模内部建模，即使用LAMMPS提供的命令建立模型。这种方法主要用于构建比较简单和标准的体系。相关命令主要有4个：lattice：定义晶格类型；region：定义模拟盒子的大小；create_box：创建模拟盒子；create_atoms：在模拟盒子中创建原子。当然，创建模型不仅限于这些命令，还有一些其他的命令，比如delete_atoms等。事实上，我看到有些大牛仅仅使用LAMMPS的内置命
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2024-03-15 15:28:22
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在Linux系统上安装LAMMPS是一个常见的需求，LAMMPS是一款用于分子动力学模拟的开源软件包。通过使用LAMMPS，用户可以模拟原子、分子和离子等粒子系统的动力学行为，以及研究材料、生物分子、聚合物等系统的性质。本文将介绍如何在Linux系统上安装LAMMPS。
首先，为了在Linux系统上安装LAMMPS，您需要确保已经安装了必要的编译工具和依赖项。常用的编译工具包括gcc、g++、m
原创
2024-04-02 09:48:35
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1. 辅助软件的安装(1) 所需软件包与安装准备下载地址可以到各个软件的官网上下载，也可以到百度云盘下载：https://pan.baidu.com/s/1bozAghT，注意：在安装时一定要手敲，千万不要复制粘贴，否者会有报错哟。apr-1.5.2.tar.gzapr-util-1.5.4.tar.gzcurl-7.52.1.tar.gz
完整配置CentOS6安装LAMP（Apache/MySQL/PHP）环境搭建教程作者：老左 2014-08-05 05:38博友热度 19,530 ℃ - 1条评论标签：CentOS LAMP, LAMP, LAMP环境搭建 (2 votes, average: 3.00 out of 5) 在很早的时候老左博客也分享过"LAMP一键安装包"的教程方法，但是有些时候
文章目录1.列举常用的lammps自带函数2.如何进行应力-应变的计算及绘制应力云图3.如何计算均方位移MSD4.如何计算径向分布函数g(r )以及fix ave/time命令5.在lammps流体模拟中如何计算温度6.如何计算单个原子的体积、位移和总能量7.如何计算原子组的相互作用8.如何绘制温度云图、速度云图 1.列举常用的lammps自带函数1.xcm() 计算原子组中心坐标xcm(gro
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2024-03-18 10:51:48
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# LAMMPS与Python：科学计算的完美结合
在现代科学研究中，分子动力学模拟是一种重要的工具，而LAMMPS（Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator）就是在这一领域被广泛使用的开源软件之一。通过结合Python，科学家们可以更加高效、灵活地使用LAMMPS进行模拟。本篇文章将介绍如何用Python控制LAMMPS
# LAMMPS Python工具的使用简介
LAMMPS（Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator）是一个功能强大的分子动力学模拟软件，它广泛应用于材料科学、化学、生物学等多个领域。LAMMPS具有高效、灵活的特点，可以处理从简单的原子到复杂的分子系统的各种模拟任务。而Python作为一种高效的脚本语言，为LAMMPS的
## 使用Python计算分子模拟中的径向分布函数
在分子模拟中，径向分布函数（RDF）是一种用于描述原子之间距离分布的重要工具。它可以提供有关分子体系结构和相互作用的有用信息。在本文中，我们将介绍如何使用Python和LAMMPS（Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator）软件包来计算分子系统的RDF，并展示一些实际的代
原创
2023-12-26 03:50:18
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fix命令为一组原子施加fix约束。使用语法fix ID group-ID style args ID = fix命令的ID group-ID = 该fix命令所作用的原子组的ID style = fix类型名（最下有列表） args = 特定类型fix命令所需要的参数使用举例 fix 1 all nve fix 3 all nvt temp 300.0 300.0 0.01 fix mine t
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2024-05-07 21:12:20
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在Linux系统下进行LAMMPS并行安装是一个比较常见的任务，这是因为LAMMPS是一个用于分子动力学模拟的开源软件，而在大规模计算中通常需要并行运行来提高性能。在本文中，我们将介绍如何在Linux系统下安装LAMMPS并行版本。
首先，为了进行LAMMPS并行安装，你需要确保系统中已经安装了MPI（Message Passing Interface）。MPI是一种用于实现并行计算的通信协议，
原创
2024-05-30 10:45:03
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1.重要提示： 在本教程中使用的主机名为server1.example.com，IP 地址为 192.168.0.100 。这些设置会与具体安装的设置有所不同，所以你必须在你的安装过程中进行替代。 2.安装MySQL 5.0 打开终端，输入： yum install mysql mysql-server 然后为MySQL创建系统启动链接(这样在系统启动时，MySQL会自动启动)，
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2024-05-06 13:05:23
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Lammps支持的平台很多，可在windows、linux、Mac上运行。我平时用的lammps版本有两种：windows版和linux版，台式机和笔记本上安装的是windows串行版，主要用来写in文件和简单测试，如果代码没有问题就传到服务器，用linux并行版进行运算。Windows版和linux版的安装视频网上到处都能找到，不再详述，本文主要介绍lammps在苹果笔记本Macbook air
原创
2022-01-06 17:04:19
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Lammps支持的平台很多，可在windows、linux、Mac上运行。我平时用的lammps版本有两种：windows版和ubuntu版，台式机和笔记本上安装的是windows串行版，主要用来写in文件和简单测试，如果代码没有问题就传到服务器，用ubuntu并行版进行运算。Windows版和linux版的安装视频网上到处都能找到
原创
2022-04-29 15:26:31
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LAMMPS安装教程Tips：安装过程不难，细心仔细，遇到问题百度会帮你-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------一.32位库环境配置打开Cen
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2024-04-25 22:52:41
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# LAMMPS与Python联合建模的科普介绍
LAMMPS（Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator）是一款广泛应用于分子动力学模拟的软件。借助于Python的强大功能，用户可以更加灵活地进行模型构建、数据分析和可视化。本文将介绍如何使用Python来构建LAMMPS模型，并给出相应的示例代码。
## LAMMPS的
一、广义胡克定律三、应力应变法求解弹性常数Lammps例子中的文件有 in.elastic.lmp、init.mod、potential.mod、displace.mod 以及对应的势文件。下面挑点有用的讲。主要是跟着 in.elastic.lmp 的流程理一下。（1） init.mod应变量up（最好测试一下微应变与最后得到的弹性常数的无关性，换
SRAM是英文Static RAM的缩写，它是一种具有静止存取功能的内存，不需要刷新电路即能保存它内部存储的数据。而DRAM（Dynamic Random Access Memory)每隔一段时间，要刷新充电一次，否则内部的数据即会消失，因此SRAM具有较高的性能，但是SRAM也有它的缺点，即它的集成度较低，相同容量的DRAM内存可以设计为较小
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2024-07-23 19:02:54
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