一、广义胡克定律三、应力应变法求解弹性常数Lammps例子中的文件有 in.elastic.lmp、init.mod、potential.mod、displace.mod 以及对应的势文件。下面挑点有用的讲。主要是跟着 in.elastic.lmp 的流程理一下。（1） init.mod应变量up（最好测试一下微应变与最后得到的弹性常数的无关性，换
# LAMMPS与Python：科学计算的完美结合
在现代科学研究中，分子动力学模拟是一种重要的工具，而LAMMPS（Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator）就是在这一领域被广泛使用的开源软件之一。通过结合Python，科学家们可以更加高效、灵活地使用LAMMPS进行模拟。本篇文章将介绍如何用Python控制LAMMPS
# LAMMPS与Python连接：分子模拟的强大工具
在材料科学与分子模拟领域，LAMMPS（Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator）是一个广泛使用的开源软件包。它能够处理从简单的原子模型到复杂的生物分子系统的模拟任务。而使用Python与LAMMPS进行连接，则可以使分子模拟变得更加高效和灵活。
## LAMMPS
在本地使用pycharm连接databricks，大致步骤如下：首先，为了让本地环境能够识别远端的databricks集群环境，需要收集databricks的基本信息和自己databricks的token，这些信息能够让本地环境识别databricks；接着，需要使用到工具 anaconda创建一个虚拟环境，连接databricks；最后，将虚拟环境导入pycharm。(下面的图渣渣，因为直接拖进
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2023-10-17 15:02:05
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# LAMMPS Python工具的使用简介
LAMMPS（Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator）是一个功能强大的分子动力学模拟软件，它广泛应用于材料科学、化学、生物学等多个领域。LAMMPS具有高效、灵活的特点，可以处理从简单的原子到复杂的分子系统的各种模拟任务。而Python作为一种高效的脚本语言，为LAMMPS的
## 使用Python计算分子模拟中的径向分布函数
在分子模拟中，径向分布函数（RDF）是一种用于描述原子之间距离分布的重要工具。它可以提供有关分子体系结构和相互作用的有用信息。在本文中，我们将介绍如何使用Python和LAMMPS（Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator）软件包来计算分子系统的RDF，并展示一些实际的代
原创
2023-12-26 03:50:18
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有些基本技能长时间不用就忘了，在这里回忆整理一下Simulink与ModelSim联合仿真的基本操作方法，正好最近要用到。考虑到当时自己第一次搞这个的时候，网上查来的资料和方法都不能用，挺费事的，为了方便后来的学弟学妹们，省的到处找资料麻烦。本文主要介绍以下基本操作：如何在simulink中进行modelsim联合仿真？如果Verilog文件中调用了IP核，又该如何操作？一、如何在simulink
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2023-10-28 07:15:44
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# LAMMPS与Python联合建模的科普介绍
LAMMPS（Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator）是一款广泛应用于分子动力学模拟的软件。借助于Python的强大功能，用户可以更加灵活地进行模型构建、数据分析和可视化。本文将介绍如何使用Python来构建LAMMPS模型，并给出相应的示例代码。
## LAMMPS的
Python标识符在python里，标识符有字母、数字、下划线组成。在python中，所有标识符可以包括英文、数字以及下划线（_），但不能以数字开头。python中的标识符是区分大小写的。以下划线开头的标识符是有特殊意义的。以单下划线开头（_foo）的代表不能直接访问的类属性，需通过类提供的接口进行访问，不能用"from xxx import *"而导入；以双下划线开头的（__foo）代表类的私有
Python在Windows命令行（Command Prompt）运行Python脚本或交互式地执行Python代码详解Python在Windows命令行（Command Prompt）运行Python脚本或交互式地执行Python代码详解一、安装Python二、运行Python脚本1. 打开命令行2. 导航到目标目录3. 确认脚本4. 运行脚本三、交互式执行Python代码1. 打开命令行2.
在本示例中，我们将看到如何在Python中使用Lambda函数。您将了解它的含义，语法以及如何使用它。Python匿名或lambda函数是没有名称定义的函数。虽然标准函数是使用def关键字定义的，但在Python中，匿名函数是使用lambda关键字定义的。Python Lambda函数python中的lambda函数具有以下语法。lambda arguments: expressionLambda
记录自己的学习而已，防止后续自己找不到自己的代码test1文件说明：21个lammpstrj文件每个文件前9行都是一些文件的说明，有10000条数据处理要求：1.以id排序；2.作图# 1处理第一个需求，就是将文本文档分割，导出成文件
import pandas as pd
import glob
import matplotlib.pyplot as plt
import math
impor
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2023-10-24 09:04:24
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开篇先明义：lambda是表达式，而def函数是语句代码块所以lambda其实就是一个稍微高级一点的式子而已，只不过这个式子比较长，而且还会自己进行一些逻辑上的处理而已，心里不要虚lambda也被叫做匿名函数，通俗点说就是一个没有名字的函数，那可不就是一个函数式子吗？在python的垃圾回收机制来看，如果一些内存空间没有引用指向，那这些内存空间就被回收掉，所以这个连名字都没有的匿名函数，肯定是用过
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2024-05-19 16:23:47
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LAMMPS学习总结11、手册中说，Compute temp/region与执行温度调节的fix（fix nve/fix langevin等）命令一起使用，那么这个偏差将从每个原子中减去，剩余的热速度的温度调节将被执行，并且偏差将被添加回去。这是什么意思？？？？2、NEMD计算热导率的langvin控温法中，为什么两次langevin控温呢？而且第一次的fix 没有unfix就直接又fix了 这
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2024-04-25 18:07:33
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初始模型构建对于初始模型构建这一部分，大家可以各显神通，会编程的可以自己编程建模，不会编程的可以利用建模软件进行建模，例如用的最多的Materials Studio (MS)(虽然这是个收费软件，但是其中建模工具是免费的，相关教程百度很多)，将MS得到的模型文件导入OVITO软件，再利用OVITO软件可以导出LAMMPS软件可读的格式(简化版)：其中491为总原子数，2 为原子种类数目，xlo=0
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2024-06-07 18:04:39
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python之lambdas函数（lambda表达式）lambda函数，也称为lambda表达式。 lambda函数（或lambda表达式）的语法：lambda arguments: expression创建一个返回表达式值的匿名函数。其中：lambda 是关键字( keyword)，用于创建lambda函数（或lambda表达式）；arguments是可选的，代表参数，多个参数之间用逗号分隔；冒
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2023-11-27 10:50:08
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并发： 在计算机科学中，并发性（英语：Concurrency）是指在一个系统中，拥有多个计算，这些计算有同时执行的特性，而且他们之间有着潜在的交互。因此系统可进行的运行路径会有相当多个，而且结果可能具有不确定性。并发计算可能会在具备多核心的同一个芯片中复合运行，以优先分时线程在同一个处理器中运行，或在不同的处理器执行。 当系统有一个以上cpu时，则进程的操作有可能非并发。当一个CPU执行一个进程时
## Lammps调用Python的命令
在使用Lammps进行分子动力学模拟时，我们常常需要使用Python对模拟过程进行控制和分析。Lammps本身并不直接支持Python的调用，但我们可以通过一些方法实现Lammps调用Python的功能。本文将介绍如何在Lammps中调用Python，并给出一个简单的示例代码。
### Lammps调用Python的方法
要实现Lammps调用Pyt
原创
2024-03-14 03:18:19
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region命令用于定义一个空间几何区域。使用语法region ID style args keyword arg … ID = 待定义区域的ID style = delete / block / cone / cylinder / plane / prism / sphere / union / intersect delete = no args block args = xlo xhi yl
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2024-07-30 13:47:13
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大家都清楚，在用lammps进行模拟计算前，建模这个步骤是必不少的。总的来讲，我们可以通过两种方法来完成建模操作。一是通过lammps的命令建模；二是通过外部的程序建模，然后用lammps的read_data 命令将模型读入。lammps命令建模的主要步骤可以描述为：用units 命令定义单位lattice 命令定义单胞region以及create_box命令定义区域和创建盒子create_ato
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2024-05-03 11:30:42
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