# R语言处理fastq测序数据到OTU table的完整指南
作为一名经验丰富的开发者，我深知刚入行的小白在面对复杂的生物信息学数据分析时可能会感到困惑。本文将详细介绍如何使用R语言从fastq测序数据生成OTU（Operational Taxonomic Unit）表。这个过程通常包括质量控制、序列去重、OTU聚类、分类学注释和生成OTU表等步骤。
## 步骤概览
以下是整个流程的步骤概
原创
2024-07-15 18:41:00
1238阅读
# Python中提取FASTQ文件中的测序质量
## 什么是FASTQ文件？
FASTQ（Fast-Sequence Quality）文件是一种常用的生物信息学格式，用于存储DNA或RNA测序数据。它包含了测序读取的序列信息和质量信息。在FASTQ文件中，每个测序读取通常由四行组成，分别表示序列标识符、序列、可选的描述信息和质量。
下面是一个FASTQ文件的示例：
```
@HWI-ST
原创
2023-08-01 02:55:11
351阅读
文章目录一、测试环境及工具二、Aspera 下载三、安装及配置1. 解压2. 安装3. 配置许可4. 配置程序环境变量5. 配置秘钥四、测试1. 一个例子2. 常用参数介绍3. 下载地址的构建4. EBI查询整个项目的资源文件6. 查看下载链接五、为什么这里要建议选EBI，而不用NCBI？一、测试环境及工具Linux（Ubuntu 18.04.1）
原创
2022-03-08 15:04:29
1822阅读
前面的课程中基本已带领大家将单细胞测序预处理部分打通了，这里给大家介绍的是单细胞测序中最让人头疼的细胞类型注释。第一个代码块中没有注释，看不懂的同学去看一下我们的第三讲 单样本分析，测试数据也与那里的相同。视频教程：手把手教你做单细胞测序数据分析（五）——细胞类型注释（B站同步播出，先看一遍视频再跟着代码一起操作，建议每个视频至少看三遍）准备工作先进行预处理，作到细胞注释前的步骤
if(T){rm
fastq格式 使用 seqkit这个工具 seqkit帮助文档的链接https://bioinf.shenwei.me/seqkit/usag...
原创
2022-03-18 09:36:27
839阅读
测序数据拿回来之后，会给一些数据。那么这些数据代表什么呢？1. 原始数据（Raw data）：一次测序产生的全部原始数据。理论上，它们应该是没有经过任何过滤的，无论好坏。2. PF数据（PF data）：在测序过程中，Illumina内置软件根据每个测序片段（read，通常每个片段长100个碱基）前25个碱基的质量决定该read是保留还是抛弃。如果没有达到质控标准，则该read的全部碱基都被抛弃；
转载
2023-07-06 16:16:22
0阅读
原理介绍篇前言最近正在学习如何处理高通量测序的数据，我认为要处理高通量测序数，那么对测序原理要有一个清晰的认识，本篇文章介绍了sanger测序，二代测序的测序原理1. sanger测序要了解二代测序的优势，以及进步在何处，我们需要认识旧的测序方式的缺陷，从而深刻理解二代测序。我们知道，在DNA合成时，是通过四个不同的碱基，按照模板链一一合成的， 而在sanger测序中，需要介绍一种特殊的碱基 ——
转载
2023-10-24 18:03:23
134阅读
每个测序样品的Raw Data包括两个FASTQ文件，分别包含所有cDNA片段两端测定的Reads。FASTQ格式文件示意图如下： FASTQ格式文件示意图注：FASTQ文件中通常每4行对应一个序列单元：第一行以@开头，后面接着序列标识（ID）以及其它可选的描述信息；第二行为碱基序列，即Reads；第三行以“+”开头，后面接着可选的描述信息；第四行为Reads每个碱基对应的质量打分编码，
转载
2024-04-15 13:20:43
300阅读
sra文件转换为fastq格式fastq-dump -h--split-3也就是说如果SRA文件中只有一个文件，那么这个参数就会被忽略。如果原文件中有两个文件，那么它就会把成对的文件按*_1.fastq，*_2.fastq这样分开。如果还出现了第三个文件，就意味着这个文件本身是未成配对的部分。可能是当初提交的时候因为事先过滤过了一下，所以有一部分数据被删除了。 --gzip输出文件压缩成
考虑这样一个问题，“如果要保证基因组上95%的区域其覆盖深度在30x以上的话，那么最低的平均测序深度应该是多少？”。 关于测序量的估计，对于做生物信息的人来讲应算是家常便饭了，多数时候我们都能直接根据以往项目的经验来获得，或是说的更具体些，在变异检测中一般要有25x以上的覆盖度才能得到一个比较靠谱的结果，于是以此为目的给出测序量的估计值；当然少数情况下也会有直接拍脑袋拍出一个值来的疯
转载
2023-11-01 23:25:39
162阅读
上周同事问了我集群存储大小、测序数据量之间的关系，我只是回复集群存储大小记录的是计算机的存储单位，测序数据量是碱基的测序个数。至于两者之间的换算逻辑，因果逻辑推算讲解的不是太明白，借用这篇文章给与捋顺。 1、计算机存储与测序数据量的关系 两者之间没有直接关系，但两者之间存在着因果关系。 测序数据量描述的是一个 巨大的 文本文件，这个文件里面含有若干个A、T、C、G字母组成。在
学习目标 了解从 RNA 提取到获取基因表达矩阵， 既RNA-seq 分析的整个流程。 1. wor
学习目标了解从 RNA 提取到获取基因表达矩阵， 既RNA-seq 分析的整个流程。1. workflow进行差异表达基因分析的前提是，获取代表基因表达水平的矩阵。因此在进行分析前，必须知道基因表达矩阵是如何产生的。在本教程中，将会简要的介绍从原始测序读
转载
2023-07-31 18:01:40
1314阅读
基因技术、纳米技术、机器人技术的新潘多拉之盒即将开启，你我却毫无查觉。我们不单受到大规模杀伤性武器的威胁，还有技术知识产生的大规模杀伤力。这一邪恶的力量，正由国家力量支持的大规模杀伤性武器，转向极端的个人。——Bill Joy，BSD操作系统，Vi编辑器，Sparc微处理器设计者，Sun联合创始人及前首席科学家难以抵挡的技术1978年5月25日清晨，芝加哥大学停车场，工作人员意外发现一个邮包，收件
# 使用Python读取双端测序数据
随着生物信息学的发展，双端测序（Paired-end Sequencing）技术在基因组学研究中变得越来越重要。对于刚入行的小白来说，读取和处理这些数据可能显得有些复杂。本文将为你介绍如何使用Python读取双端测序数据，并且附带代码示例。
## 整体流程
在开始之前，让我们先看一下实现的整体流程。我们可以将整个过程划分为以下几个步骤：
| 步骤
原创
2024-08-15 10:04:59
190阅读
【参考链接】http://127.0.0.1:10033/library/scater/doc/overview. https://bioconductor.o
目录0. 基础环境1. 质控trimmomaticfastqc2. 比对 & 比对后处理比对：bwa1）编译安装2）使用方法比对后：samtools/picard/gatk3. 变异识别（SNP/InDel）GATK4最佳实践_1：碱基质量分数校正（BQSR）GATK4最佳实践_2：Mutect2检测体细胞突变1）GATK最佳实践3_VQSR或hard-filtering4. 变异注释A
转载
2024-01-12 17:27:08
191阅读
宏基因组篇前言之前的一篇文章已经从生物实验的角度讲述了高通量测序的原理，这篇文章旨在介绍宏基因组二代测序数据的处理方式及其原理。在正文开始之前，我们先来认识一下什么是宏基因组。以我的理解，宏基因组就是某环境中所有生物的基因组的合集，这个环境可以是下水道，河流等自然环境，也可以是人体内肠道，口腔等体环境。而宏基因组中的生物往往指的是微生物，如真菌，细菌，病毒，古细菌。我们这里主要以肠道微生物为例，也
转载
2024-01-09 21:35:19
7阅读
1. 高通量测序(highthroughput sequencing, HTS)/下一代测序（next generation sequencing, NGS）前世今生 共有三代HTS方法，第一代：Sanger测序（已淘汰） 双脱氧核苷酸末端终止法。引物结合模板/sample, DNsae延伸引物，掺入ddNTP在每一个base位置终止链反应，拼接不同长度合成序列得到所有序列 缺点：慢
RNA测序（RNA-seq）已经成为分析基因差异表达和mRNAs差异剪接不可或缺的工具。随着下一代测序技术的发展，RNA-seq也在发展。目前，RNA-seq方法可用于研究RNA生物学的许多不同方面，包括单细胞基因表达、翻译和RNA结构。随着直接RNA-seq技术和更好的数据分析工具的出现，RNA-seq的发展有助于更全面地理解生物科学，本文解读一篇2019年发表在Nature的RNA-seque
论文https://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13059-020-02244-4Ratatosk: hybrid error correction of long reads enables accurate variant calling and assemblyhttps://github.com/Decod
原创
2022-03-28 10:09:37
1429阅读
