一、转录组还是基因组？是基因组测序（DNA-seq）还是转录组测序(mRNA-seq)。其中的区别是对于真核生物而言，mRNA序列与DNA序列并不完全相同，在经历了后剪切之后，成熟的mRNA可能是原基因的一部分，甚至顺序及个别碱基会产生变化。如果是mRNA测序，那map工作就会在DNA测序map的基础上再多一步，map到转录组上去。所以最为流行的做法是，（使用BWA来进行ChIP-seq测序）使
转载
2024-08-06 09:07:03
23阅读
参考：https://nightlies.apache.org/flink/flink-docs-release-1.13/api/python/index.htmlpyflink是什么数据流处理的框架这个框架是同时运行在多台主机上通过某种方式这多台主机之间可以通信可以单机运行
pyflink只是对java的flink的一个调用工具，不能直接用python来对source、sink组件进行实现。A
转载
2023-11-16 12:49:12
0阅读
在 Apache Flink 1.9 版中，我们引入了 PyFlink 模块，支持了 Python Table API。Python 用户可以完成数据转换和数据分析的作业。但是，您可能会发现在 PyFlink 1.9 中还不支持定义 Python UDFs，对于想要扩展系统内置功能的 Python 用户来说，这可能有诸多不便。在刚刚发布的 ApacheFlink 1.10 中，PyFlink 添加
转载
2023-08-30 16:48:00
209阅读
# Flink 调用 Python：一种现代数据处理方式
Apache Flink 是一个开源的流处理框架，广泛应用于实时数据处理和事件驱动的应用程序。随着 Python 作为数据科学和机器学习领域的主要语言，人们期望能够将两者结合，实现更为丰富的数据处理应用。在本文中，我们将探讨如何在 Flink 中调用 Python，以及一些代码示例。
## Flink 和 Python 的结合
Fli
在网络服务中，快照是比较常用的一个容错机制，比如Redis中就有基于RDB进行数据恢复的策略，flink的快速容错机制也是基于快照的方式实现的。在单机环境下，保存快照比较简单，只需要在某个时间点暂停任务处理并将当前状态持久化即可，但在分布式系统中，由于没有一个全局时钟，想要同时对所有计算节点的状态进行保存是很难做到的(要详细了解可以参考附录：分布式系统中的时钟）。最简单的实现方式是通过类似2PC
转载
2024-06-15 10:09:16
35阅读
为元组定义keys最简单的情形是对一个数据集中的元组按照一个或多个域进行分组：reduced = data \
.group_by(0) \
.reduce_group(<do something>)数据集中的元组被按照第一个域分组。对于接下来的group-reduce函数，输入的数据组中，每个元组的第一个域都有相同的值。grouped = data \
.group_by
转载
2024-06-18 06:19:09
25阅读
# Flink 调用 Python 算法的实现指南
Apache Flink 是一个强大的流处理框架，而 Python 在数据科学和机器学习中被广泛应用。这篇文章将指导新手如何在 Flink 中调用 Python 算法，帮助你将 Flink 的强大数据处理能力与 Python 的丰富算法库结合起来。
## 流程概述
在开始之前，我们先对整个流程进行概述，下面是实现的步骤：
| 步骤 | 描
# 使用 Python 调用 Flink 集群的全流程指南
在大数据领域，Apache Flink 是一个强大的流处理和批处理框架，而 Python 是一种十分流行的编程语言。当你想要在 Python 中调用 Flink 集群时，需要遵循一定的步骤。本文将为你详细介绍如何实现这一目标。让我们从整体流程开始。
## 整体流程
下面的表格概述了使用 Python 调用 Flink 集群的主要步骤
# Python调用Flink执行的流程
## 介绍
Flink是一个流处理和批处理框架，可以处理大规模的数据集并提供高吞吐量、低延迟的计算能力。本文将介绍如何使用Python调用Flink执行任务。我们将分为以下几个步骤来完成这个任务，具体步骤如下图所示：
```mermaid
flowchart TD
A(准备开发环境) --> B(导入必要的库)
B --> C(创建一个
原创
2023-10-25 10:06:59
169阅读
urllib库是 Python的一个第三方库，它提供了丰富的功能和强大的性能。Python版本为2.11,提供了在不同平台上运行的选项，其中包括用于桌面和移动设备的应用程序。与 pycharm和 libc等库不同， urllib不是为了构建桌面应用程序而设计的，但是它可以用于移动设备上的应用程序。urllib库通过在移动设备上使用来实现移动设备应用程序，而不需要安装在桌面环境中。 为了
转载
2023-10-07 22:04:46
4阅读
Flink和Pyflink在linux的安装部署Python版本查询Pyflink的环境需求Flink的部署jdk8的安装JDK环境配置启动Flink Python版本在安装之前需要查询Python版本，打开终端查询Python版本。python --versionpython3 --version查询Pyflink的环境需求https://ci.apache.org/projects/fli
转载
2023-08-27 09:51:04
261阅读
一、PyFlink源码结构pyflink版本号： 1.10.1安装方法： pip install apache-flink==1.10.1python版本要求： 截止到2020年6月7号，官方要求至少为3.5，最高为3.7 找到你当前环境中的pyflink包，一般在你的python目录中的site-package里边找到pyflink1.1、结构说明截图说明： pyflink下的目录结构如下─➤
转载
2023-09-06 11:06:22
0阅读
Keyed DataStream如果你希望使用 keyed state，首先需要为DataStream指定 key（主键）。这个主键用于状态分区（也会给数据流中的记录本身分区）。 你可以使用 DataStream 中 Java/Scala API 的 keyBy(KeySelector) 或者是 Python API 的 key_by(KeySelector) 来指定 key。 它将生成 Keye
转载
2023-11-02 05:51:00
133阅读
Example Program 示例程序以下程序是一个完整的,单词统计from flink.plan.Environment import get_environment
from flink.functions.GroupReduceFunction import GroupReduceFunctionclass Adder(GroupReduceFunction):
def
转载
2023-08-21 18:21:36
76阅读
最近有个监控需求，需要远程执行集群每个节点上的脚本，并获取脚本执行结果，为了安全起见不需要账号密码登陆节点主机，要求只需要调用远程脚本模块的方法就能实现。总结下python进行远程调用脚本方法：登陆主机执行脚本，python模块支持如 pssh、pexpect、paramiko、ansible以远程方法调用（不需要登陆主机），python模块 rpyc，支持分布式socket 方式，稍显复杂，需
转载
2023-09-05 16:44:37
116阅读
常用:StreamExecutionEnvironment env = StreamExecutionEnvironment.getExecutionEnvironment();
env.setParallelism(1);
// 开启 Checkpoint,间隔为 3 分钟
env.enableCheckpointing(TimeU
转载
2024-04-28 15:12:51
41阅读
# Flink调用Python算法模型的实践与应用
Apache Flink是一种流处理框架，它提供了高吞吐量和低延迟的数据处理能力。结合Python的高效算法实现，Fliek可以更好地满足数据科学家在实时数据处理场景中的需求。本文将介绍如何在Flink中调用Python算法模型，并通过代码示例展示具体实现。
## Flink与Python的结合
Flink原生支持Java和Scala，但通
## 使用Java Flink 调用 Python 脚本
在实际的数据处理工作中，有时候我们需要利用不同语言的优势进行数据处理。比如Java是一种高性能的语言，而Python则有丰富的数据处理库。本文将介绍如何使用Java Flink调用Python脚本进行数据处理。
### 流程图
```mermaid
flowchart TD
A(Java Flink程序) --> B{调用Py
原创
2024-05-20 04:10:59
153阅读
Parallelismparallelism 是并行的意思，在 Flink 里面代表每个算子的并行度，适当的提高并行度可以大大提高 Job 的执行效率，比如你的 Job 消费 Kafka 数据过慢，适当调大可能就消费正常了。 parallelism的设置有三个地方：flink-conf.yaml 配置文件中 parallelism.default: 1代码中设置全局的并行度env.setParal
转载
2023-10-19 08:53:26
158阅读
有时候网站需要中英文导航，而又想保留导航的hover中的样式，那么就需要进行织梦栏目的二次开发了。网上搜索了很多方法，基本都是负责人家的方法，残缺不全的。今天我整理，并亲自操作和修改，给大家完整奉献代码。一、方法步骤：涉及到文件如下（注意备份）：dede/catalog_add.php dede/catalog_edit.phpdede/templets/catalog_add.htmdede/t
