这一次，我们来聊聊基因组注释。首先问自己一个问题，为什么要进行基因注释。 就我目前而言，它用来解决如下问题：在mapping-by-sequencing的时候，我找到了一些可能的突变位点，我需要知道这些突变分别是那些基因发生突变，这些突变基因有哪些功能？差异表达分析之后会得到许多的基因，这些基因有什么样的特征？如果要进行基因富集分析，不可避免就需要知道他们的GO,KEGG等注释信息。如果一个基因没
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2023-08-24 11:20:26
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# Python TCGA处理基因注释
## 介绍
基因注释是对基因及其功能进行解释和注解的过程。在TCGA（The Cancer Genome Atlas）项目中，基因注释是非常重要的一步，它可以帮助研究人员理解基因在癌症中的角色和功能。Python是一种强大的编程语言，它可以用于处理TCGA数据并进行基因注释。本文将介绍如何使用Python处理TCGA数据并进行基因注释的方法。
## 安
原创
2023-09-29 05:36:55
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叶绿体基因组注释基因组注释和基因组组装是叶绿体分析中十分重要的两个工作，是所有后续分析的基础。所以一定要拿到正确的注释文件之后再开始做分析。 目前常用的软件有Geseq、PGA、CPGAVAS2，没使用过CPGAVAS2，因此本篇文章先主要讨论一下Geseq，后续在讨论下PGA注释。Geseq
需要准备的文件有上一步组装得到的fasta文件，和下载的参考文件。 然后点击Submit 等待两分钟即可
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2024-07-09 21:48:42
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1. ncRNA 非编码RNA(Non-coding RNA, ncRNA) 包括rRNA，tRNA，snRNA，snoRNA 和microRNA 等不编码蛋白质的RNA，它们转录后直接在RNA 水平上就能行使各自的生物学功能，并不需要翻译成蛋白质。 2. 软件 tRNA注释 一般用tRNAscan
原创
2022-09-01 09:35:37
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基因组组装完后需要对基因组序列进行注释。注释前首先得构建基因模型，有三种策略： 同源预测(homology-based prediction)：有一些基因蛋白在相近物种间的保守型高，所以可以使用已有的高质量近缘物种注释信息通过序列联配的方式确定外显子边界和剪切位点基于转录组预测(transcriptome-based prediction)：通过物种的RNA-seq数据辅助注
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2023-08-07 12:12:43
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大家好，我是邓飞。今天，有老师问我一个问题，如果从一个区间匹配到另一
原创
2022-11-12 18:37:09
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叶绿体基因组分析须要注意的地方（注释篇） 上期我们讲了组装问题，在组装完成后，就需要对序列进行注释了，叶绿体基因组的注释通常是经过同源比对注释的，同源注释的软件比较多，针对叶绿体基因组注释的软件也有很多，但是目前还没有一款可以得到完美注释结果的软件，所以学会自己检查注释的正确与否很重要。由于基于的是同源比对，那么参考的选择十分的重要，这里要注意一点，不是已经发表的叶绿体基因组
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2024-04-20 10:47:26
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TCGA数据库下载数据 (2014-12-11 21:40:40)转载▼标签： tcga数据库分类： biologyTCGA数据库是癌症基因图集（Cancer Genome Atlas，TCGA）计划，将针对不同癌症的所有基因变异进行系统分析。网址：http://cancergenome.nih.gov/ 点击“lauch
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2024-01-23 10:37:08
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今天来说说单细胞转录组数据的细胞轨迹分析，学会这些分析结果，距离发文章就只差样本的选择了，有创新性的样本将成为文章的亮点，并不是分析内容了！这期继续介绍 Monocle 3 软件包用于研究细胞拟时性分析也就是细胞的生长发育轨迹分析。前 言单细胞转录组测序(scRNA-seq)实验使我们能够发现新的细胞类型，并帮助我们了解它们是如何在发育过程中产生的。Monocle 3包提供了一个分析单细胞基因表达
annotation_2019_exercises1_v2 (cornell.edu)[https://biohpc.cornell.edu/d...
原创
2022-03-17 14:04:12
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# 小鼠基因注释的R语言实战指南
基因组注释是生物信息学中的重要环节，它涉及到生物体的基因及其功能的识别和注释。对于小鼠基因的注释，R语言是一个强大的工具。本文将为刚入行的小白详细介绍如何使用R实现小鼠基因注释，包括关键步骤和必要的代码示例。
## 流程概述
在进行小鼠基因注释时，可以将操作步骤分为以下几部分：
| 步骤编号 | 步骤名称 | 具体操作说明
原创
2024-09-25 07:58:08
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之前我们介绍过一些用来预测基因在肿瘤当中表达情况的数据库。例如，GEPIA、UALCAN这些的。这些的数据库主要是通过输入目标基因，同时点击想要进行分析的模块就可以返回相关的结果。如果厌倦了点点点的话，那可以了解一下今天介绍的这个工具，这个工具可以通过对话框进行聊天就可以把分析做了的网站：DrBioRight(https://drbioright.org/landing/)。image背景数据库这
目前的从头预测软件大多是基于HMM(隐马尔科夫链)和贝叶斯理论，通过已有物种的注释信息对软件进行训练，从训练结果中去推断一段基因序列中可能的结构，在这方面做的最好的工具是AUGUSTUS它可以仅使用序列信息进行预测，也可以整合EST, cDNA, RNA-seq数据作为先验模型进行预测。安装安装较为复杂，可选用conda进行安装使用（1）若存在已经被训练的物种（augustus --s
1. 高通量测序是探索宏基因组学研究的一个工具1.1与参考基因组进行Mapping来重构宏基因组Reads许多微生物未被分离，数据库中无相关信息； 利用宏基因组Reads与当前已知数据库进行比较分析，可以对数据产生新的理解； 已测序的基因组是宏基因组Reads来源确定最可靠的基础，探索与先前基因组密切相关的生物体基因组结构； 从独立测序转变成从环境中直接测序感兴趣的生物体的开始； 已分
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2024-06-18 06:12:59
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软件github地址：https://github.com/arq5x/bedtools2/比较好的介绍文档：https://w
原创
2022-11-06 01:27:13
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GFF和GTF是两种最常用的数据库注释格式，在信息分析中建库时除了需要fasta文件一般还会需要这两种文件，提取需要的信息进行注释。Cufflinks/Tophat 软件需要 GTF文件作为基因注释文件。 GFF全称为general feature format，这种格式主要是用来注释基因组。 GTF全称为gene transfer format，主要是用来对基因进行注释。目前两种文
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2024-06-24 05:28:03
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参考基因组和基因注释文件获取通常测序生成的reads要与参考基因组或参考转录组进行比对，F格式的基因组注释。...
原创
2023-05-02 22:00:47
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Liftoff 是一个可以准确根据同一物种或近缘物种基因组进行基因注释映射的工具（与liftOver进行不同基因组版本的染色体位置转换有
原创
2024-09-18 13:54:07
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基因表达谱热图的绘制1.数据的获取–从NCBI数据库下载基因表达谱数据 2.数据整理–将所有下载的基因表达谱数据放在一个Excel里，如下再转成文本文档（grain2.txt)。 3.R语言绘制热图（直接复制>后的代码）getwd() 查看当前工作目录 setwd("D:/1-R/myfile/file4")将工作目录设为grain2文本所在文件夹
install.packages(‘ph
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2023-06-20 14:47:20
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以下均来自百度百科1.什么是基因组？ 基因组是指细胞内所有的遗传信息，以核苷酸序列形式存储，细胞或者生物体中，一套完整单体的遗传物质的总和即为基因组。基因是DNA分子上具有遗传效应的特定核苷酸序列的总称，即具有遗传效应的DNA分子片段。人类基因组由 30亿个碱基对组成。 真核生物基因组较大，每个染色体有一个线形的DNA分子，每个DNA分子有多个复制起点。 原核生物基因
