# Python计算蛋白大小的科普文章
蛋白质是生命的基本构件之一，它们在生物体中发挥着重要的作用。蛋白质的大小和结构直接影响其功能。今天，我们将探讨如何使用Python编程语言来计算蛋白质的大小（分子量）以及其他相关知识。
## 1. 蛋白质的基本知识
蛋白质由氨基酸通过肽键连接而成。在人体内，常见的氨基酸大约有20种。每种氨基酸都有不同的分子量，通常用道尔顿（Da）或千道尔顿（kDa）来
丢鸡蛋 [Python3]'丢鸡蛋’是 LintCode(详见 LintCode介绍)所提供的一道 简单 级别的面试题，现在我对Python3的实现做以简单分析，如有不妥之处，欢迎指正。题目描述楼有 n 层高，鸡蛋若从 k 层或以上扔，就会碎。从 k 层以下扔，就不会碎。 现在给两个鸡蛋，用最少的扔的次数找到 k。返回最坏情况下次数。说明这个题目真的不好搞懂。用最少的次数就是要用最好的判断方法，最
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2023-11-03 09:11:19
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说明：此篇笔记系2016-2017年由克里克学院与康昱盛主办的蛋白质组学网络大课堂整理而成，侵删。主要知识点：
--同位素对质谱分析的影响
--原始谱图的处理
--什么是b-y离子回顾image在接着讲今天的关键问题之前，我们先来列一下质谱中相应的一些单位（见下图），可以帮助大家进行更好的理解与记忆。image这其中应用最多的是原子质量单位-道尔顿（Dalton or amu），其中的平均质量数是
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2024-01-31 18:22:27
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强烈安利这款分析功能强大的蛋白质结构预测软件，用它！确定一种蛋白质的结构和功能是现代生物学许多研究的基础。在过去的几十年里，人们开发了许多用于结构预测的计算工具，其中 Phyre2 因其强大的分析能力与简单的操作被生物科研人员广泛使用，据统计每天都有约 1000 个任务提交到 Phyre2 服务器上。 Phyre2 分析能力强大，结果界面丰富直观，可以预测和分析蛋白质的结构、功能和突变。相比之前的
与经验性方法相似的另一种办法是结构规律提取方法，这是更一般的方法。该方法从蛋白质结构数据库中提取关于蛋白质结构形成的一般性规则，指导建立未知结构的蛋白质的模型。有许多提取结构规律的方法，如通过视觉观察的方法，基于统计分析和序列多重比对的方法，利用人工神经网络提取规律的方法。同源模型化方法通过同源序列分析或者模式匹配预测蛋白质的空间结构或者结构单元(如锌指结构、螺旋-转角-螺旋结构、DNA结合区域等
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2024-02-04 09:16:06
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一、功能分类： 多序列比对二、软件官网：http://www.drive5.com/muscle/三、软件介绍： MUSCLE(Multiple Protein Sequence Alignment)。它是一款非常简单好用的软件，muscle也是肌肉的意思，也寓意此款软件功能强劲有力。 muscle是在2004年公布的一款蛋白质水平多序列比对的开源软件，在速度和精度上都优于Clustal
# Python计算bytes大小
## 引言
在Python中，计算bytes的大小可以使用内置的`sys.getsizeof()`函数来实现。这个函数可以返回一个对象的大小，包括其所占用的内存空间。本文将向你展示如何使用`sys.getsizeof()`来计算bytes的大小，并提供详细的步骤和示例代码。
## 流程图
```mermaid
flowchart TD
A[开始] -
原创
2023-11-14 06:52:11
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## 如何使用Python计算JSON大小
### 流程概述
在这个任务中，我们将教会一位刚入行的小白如何使用Python计算JSON的大小。计算JSON大小可以帮助我们了解JSON对象在存储和传输中所占用的空间。
下面是整个流程的步骤概述：
| 步骤 | 描述 |
| --- | --- |
| 1 | 导入所需的Python库 |
| 2 | 准备JSON对象 |
| 3 | 使用`j
原创
2023-10-29 03:30:10
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# 如何在Python中计算模型大小
在数据科学和机器学习的领域中，理解模型的大小是非常重要的。模型大小不仅影响模型的存储和加载速度，还与推理时的计算效率息息相关。本文将一步步教你如何在Python中计算模型的大小。
## 流程概述
为了计算Python模型的大小，我们将遵循以下步骤：
| 步骤 | 描述 |
|------|-----------
1．有关蛋白质结构的计算规律(1)假设氨基酸的平均相对分子质量为a，由n个氨基酸分别形成1条链状多肽或m条链状多肽：肽键数=脱去水分子数=氨基酸数-肽链数蛋白质相对分子质量的计算按照反应前后质量守恒定律计算形成肽链数形成肽键数脱去水分子数蛋白质相对分子质量1n－1n－1na－18(n－1)mn－mn－mna－18(n－m)[特别提醒]①计算多肽的相对分子质量时，除了考虑水的减少外，还要考虑其他化学
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2024-10-04 11:22:12
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# 如何实现Python中Json数组的大小计算
作为一名经验丰富的开发者，我将会指导你如何在Python中计算Json数组的大小。首先，让我们来看整个过程的步骤：
| 步骤 | 描述 |
| -------- | ------- |
| 1 | 导入json模块 |
| 2 | 读取Json数据 |
| 3 | 计算Json数组的大小 |
现在让我们一步步来完成这个任务：
### 步骤1
原创
2024-05-30 06:38:05
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a byte of python第四章 运算符与表达式运算符运算符优先级（运算符通常由左向右结合，即具有相同优先级的运算符按照从左向右的顺序计算。例如， 2 + 3 + 4 被计算成 (2 + 3) + 4 。一些如赋值运算符那样的运算符是由右向左结合的，即 a = b = c 被处理为 a = (b = c) 。）表达式第五章 控制流if语句:
if(): ...
if(): .
原核蛋白表达是指利用原核生物（主要是大肠杆菌 （Escherichia coli），也包括枯草芽孢杆菌等）作为宿主，将外源目标基因导入并在其细胞内进行转录和翻译，从而合成重组蛋白的过程。该系统因培养快速、成本低廉、表达量高而广泛应用于科研与工业，但其缺乏真核生物的复杂后翻译修饰，且部分蛋白易形成包涵体，需要通过优化表达条件和纯化策略来获得功能性蛋白。原核蛋白表达宿主菌株与表达载体的选择1. 宿主菌
# Python计算蛋白质二类二面角的科普指南
在生物化学和分子生物学领域，蛋白质的三维结构对于其功能至关重要。蛋白质的构象是通过氨基酸序列中的二类二面角（dihedral angles）来描述的。本文将介绍如何利用Python计算这些二面角，并提供代码示例。
## 什么是二类二面角
二类二面角是由四个原子形成的角度，通常用于描述蛋白质中相邻氨基酸的空间关系。通过计算这些二面角，可以深入了解
原创
2024-09-08 04:01:29
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# install by brew 一般是mac系统默认的，当然mac就是linux系统，所以其他linux系统也可以自己安装配置brew工具
brew install mmseqs2
# install via conda，这个大家都能用，估计做生信的都有了，直接命令安装
conda install -c conda-forge -c bioconda mmseqs2
# install d
# Python 蛋白质处理入门指南
在生物信息学领域，蛋白质序列的处理是一个重要而复杂的任务。对于刚入门的开发者而言，下面的步骤可以帮助你理解并实现简单的蛋白质处理流程。本文将以表格的形式展示处理的步骤，并详细介绍每一步的代码实现。
## 蛋白质处理流程
| 步骤 | 描述 |
|------|------------------------
本文是看中国慕课山东大学生物信息学课程总结出来的 分子进化的研究对象是核酸和蛋白质序列。研究某个基因的进化，是用它的DNA序列，还是翻译后的蛋白质序列呢？序列的选取要遵循以下原则：1）如果DNA序列的两两间的一致度≥70%，选用DNA序列。因为，如果DNA序列都如此相似，它的蛋白质会相似到看不出区别，这对构建系统发生树是不利的。所以这种情况下应该选用DNA序列，而不选蛋白质序列。2）如果DNA序列
大家好，本文基于Numpy模块讲解数组之间的的四则运算和数组元素之间的统计运算。一、数组之间的四则运算对于多个形状一致的数组，我们可以进行加减乘除等运算，为了方便大家理解，代码演示如下：import numpy as qw
a= qw.array([[1,2,3,4],[5,6,7,8]])
a1= qw.array([[9,10,11,12],[13,14,15,16]])
q1=a+a1
q2
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2023-06-08 20:24:32
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蛋白质是生命的基石，由氨基酸链组成，并折叠成复杂的形状。由于蛋白质的形状与其功能密切相关，因此，了解蛋白质的结构可以更好地了解其作用和工作原理，这也是解决许多生命科学问题的关键，例如为疾病设计新的疗法或疫苗，或解决粮食安全问题和环境污染问题等。DeepMind公司与欧洲生物信息研究所的合作团队公布了生物学领域的一项重大飞跃。他们利用人工智能（AI）系统AlphaFold预测出超过100
反相蛋白阵列（RPPA） 文章目录反相蛋白阵列（RPPA）RPPARPPA数据的形式level 1level 2level 3（较常用到）level 4数据下载TCGA蛋白质数据可视化网站TCPARPPA数据分析示例（以GBM癌型为例） RPPA基本原理：通过特异性抗体对凝胶电泳处理过的细胞或者生物组织样品进行着色。通过分析着色的位置和着色深度获得特定蛋白质在所分析的细胞或组织中表达情况的信息。基
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2024-10-28 12:22:19
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