反相蛋白阵列（RPPA） 文章目录反相蛋白阵列（RPPA）RPPARPPA数据的形式level 1level 2level 3（较常用到）level 4数据下载TCGA蛋白质数据可视化网站TCPARPPA数据分析示例（以GBM癌型为例） RPPA基本原理：通过特异性抗体对凝胶电泳处理过的细胞或者生物组织样品进行着色。通过分析着色的位置和着色深度获得特定蛋白质在所分析的细胞或组织中表达情况的信息。基
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2024-10-28 12:22:19
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图像分析工具，用于采集和分析凝胶电泳和印迹膜的数字图像和数据。是一款功能强的灰度分析工具，拥有自动化的工作流程，个性化的数据表、报告和视图，可自动或手动进行所有图像和数据的分析，用户无需具备任何成像经验就可得到优化的凝胶和印迹膜图像1、自动工作流程只需单击鼠标就开始执行预设的和用户自编的程序，完成从图像采集到分析再到打印输出的整个实验流程使创建程序变得十分容易简化并优化了成像和分析，同时节约时间确
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2023-11-14 07:53:00
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# Java 电泳图的生成与分析
## 引言
电泳图是一种重要的实验结果，广泛应用于生物学、化学及相关领域，尤其是在分析DNA、RNA和蛋白质等生物大分子时。通过电泳实验，研究人员可以将样品中的分子分离，从而获得所需的信息。本文将以Java语言为基础，介绍如何生成与分析电泳图。
## 什么是电泳？
电泳是利用电场对带电粒子进行分离的一种物理方法。带负电的分子在电场作用下会向阳极移动，而带正
原创
2024-09-14 06:23:26
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blast基本介绍BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较。BLAST结果中的得分是对一种对相似性的统计说明。blastp是蛋白序列到蛋白库中的一种查询。库中存在的每条已知序列将逐一地同每条所查序列作一对一的序列比对。blastx是核酸序列到蛋白
氢氘交换质谱（hydrogen deuterium exchange mass spectrometry, HDX MS）是一项研究蛋白质空间构象的质谱技术。这项技术的主要原理是将蛋白质置于重水溶液中，蛋白质表面的氢原子与重水里的氘原子发生互换，发生互换后的蛋白质经过酶切产生多肽片段，质谱鉴定肽段的质量：位于蛋白表面的多肽相比位于蛋白内部
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2024-01-25 18:47:59
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简介蛋白质是生物体最终的功能执行着，其含量随着生物体的生长、环境应激反应、疾病发生发展的过程不断变化，因此，对蛋白质的解析意义重大。转录组是连接基因组和蛋白质组的中间模块，从DNA转录成mRNA，再翻译成蛋白质的过程中，涉及到一整套精细的表达调控机制，如转录调控，转录后调控，翻译调控，翻译后调控等。研究表明转录组和蛋白质组的相关系数并不高，表明在这个过程中，翻译和翻译后调控对蛋白质的表达具有非常重
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2023-11-27 00:42:33
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----------------------------------------------------集线器
我的笔记本在连接鼠标和键盘时经常出现无法识别USB现象，然后每次出现问题都用在通用串行总线控制器里卸载重装的笨方法来解决，今天突然出现集线器端口上出现电涌的问题- -、所以问了度娘。以下是度娘出来的结果。 集线器端口上出现电涌是怎么回
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2023-07-03 19:47:52
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蛋白质组学研究：就是要把一个基因组表达的全部蛋白质或一个复杂的混合体系中所有蛋白质进行精确的定量和鉴定。
蛋白组学研究方向分为：
蛋白质表达差异和表达量的变化。
定量蛋白质组学
是蛋白质研究的前沿学科，目前常用的定量蛋白质组学研究技术有荧光差异凝胶电泳（DIGE）、同位素亲和标记（ICAT）等，同位素标记相对和绝对定量（iTRAQ）技术是近年来最新开发的一种基于非胶体系运用质谱进行定量
在现代遥感技术中，处理大规模影像数据的需求日益增长。Java 语言凭借其强大的生态系统和多样化的库，成为研发遥感影像处理应用的热门选择。特别是在应用“Java电泳BigMap”作为数据存储和处理模型的过程中，有一系列的兼容性、性能和工具链支持问题需要解决。本文将以倒叙的形式记录下如何有效解决“Java电泳BigMap遥感影像”的相关问题。
### 版本对比
在研究“Java电泳BigMap”的
基于shotgun蛋白质组学的MaxQuant质谱计算平台MaxQuant是基于质谱（Ms）的蛋白质组学数据分析最常用的平台之一。自2008年首次发布以来，它在功能上有了很大的发展，可以与更多的Ms平台结合使用。在这里，我们提出了一个更新的协议，涵盖了最重要的基本计算工作流程，包括那些设计用于定量无标记蛋白质组学，Ms1水平标记和等压标记技术。该协议提供了MaxQuant中使用的参数的完整描述，以
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2024-01-23 09:17:08
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一、检测服务简介通过纳流液相—超高分辨率质谱联用技术，对目的蛋白进行鉴定，得到样品所含有的蛋白信息。二、样品类型免疫共沉淀(Co-IP)后续实验蛋白液、SDS-PAGE蛋白胶条带（COIP，SDS-PAGE蛋白胶我司可以提供服务）、未知分泌蛋白、市场产品蛋白粉等等三、实验基本流程 1.蛋白溶解到裂解液中 2.加入还原剂，使蛋白打开二硫键，再通过烷基化试剂封闭 3.加入胰酶，酶切过夜，使蛋白变成多肽
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2024-01-15 07:35:32
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说明：此篇笔记系2016-2017年由克里克学院与康昱盛主办的蛋白质组学网络大课堂整理而成，侵删。该课程由中国农业大学生物学院的李溱老师所授。主要知识点：
--质谱仪的使用与维护
--纳升液相系统的使用与维护
--液质联用系统的检查和保养
--质谱运行状态的评估质谱仪的使用与维护之前我们讲到了质谱仪主要分为以下五个部分，那么我们就分别针对这些部分来讨论一下使用中可能遇到的问题。image质量分析器
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2024-01-23 09:05:09
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与经验性方法相似的另一种办法是结构规律提取方法，这是更一般的方法。该方法从蛋白质结构数据库中提取关于蛋白质结构形成的一般性规则，指导建立未知结构的蛋白质的模型。有许多提取结构规律的方法，如通过视觉观察的方法，基于统计分析和序列多重比对的方法，利用人工神经网络提取规律的方法。同源模型化方法通过同源序列分析或者模式匹配预测蛋白质的空间结构或者结构单元(如锌指结构、螺旋-转角-螺旋结构、DNA结合区域等
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2024-02-04 09:16:06
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# Python计算蛋白大小的科普文章
蛋白质是生命的基本构件之一，它们在生物体中发挥着重要的作用。蛋白质的大小和结构直接影响其功能。今天，我们将探讨如何使用Python编程语言来计算蛋白质的大小（分子量）以及其他相关知识。
## 1. 蛋白质的基本知识
蛋白质由氨基酸通过肽键连接而成。在人体内，常见的氨基酸大约有20种。每种氨基酸都有不同的分子量，通常用道尔顿（Da）或千道尔顿（kDa）来
一、功能分类： 多序列比对二、软件官网：http://www.drive5.com/muscle/三、软件介绍： MUSCLE(Multiple Protein Sequence Alignment)。它是一款非常简单好用的软件，muscle也是肌肉的意思，也寓意此款软件功能强劲有力。 muscle是在2004年公布的一款蛋白质水平多序列比对的开源软件，在速度和精度上都优于Clustal
摘要反相蛋白阵列（RPPA）代表了一种功能强大的功能性蛋白质组学方法，可以以经济有效，灵敏和高通量的方式在许多样本中评估相当数量的选定蛋白质标记。这种基于定量抗体的检测方法已被广泛用于研究驱动肿瘤起始/进展的分子事件，并评估生物标志物和机制。并且当前的RPPA平台包含大约300个蛋白质标记物，涵盖所有主要的癌症信号传导途径。癌症蛋白质组图谱（TCPA，http://tcpaportal.org）是
原创
2021-03-27 07:21:38
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# DIA蛋白组数据分析：从基础到实践
### 引言
在生物医学研究领域，蛋白质的研究对于理解生物体内的各种机制是至关重要的。随着蛋白质组学技术的不断进步，特别是数据独立采集（DIA）这一技术的应用，为蛋白质分析提供了更加高效和全面的方法。本文将深入探讨DIA蛋白组数据分析，并提供代码示例，帮助读者理解相关的分析流程。
### DIA蛋白组数据简介
数据独立采集（DIA, Data Ind
# 蛋白质组学数据分析指南
蛋白组学数据分析是研究蛋白质功能、相互作用及表达的关键过程。对于刚入行的小白来说，以下是完成蛋白质组学数据分析的基本流程。
## 蛋白质组学数据分析流程
| 步骤 | 描述 |
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# 蛋白差异分析t检验在R语言中的实现指南
蛋白质组学研究通常需要评估在不同条件下样品间蛋白质表达量的差异。t检验是进行这种差异分析常采用的方法之一。本文将指导你如何在R中实现蛋白差异分析t检验。
## 流程概述
以下是进行蛋白差异分析t检验的主要步骤：
| 步骤 | 描述 |
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原核蛋白表达是指利用原核生物（主要是大肠杆菌 （Escherichia coli），也包括枯草芽孢杆菌等）作为宿主，将外源目标基因导入并在其细胞内进行转录和翻译，从而合成重组蛋白的过程。该系统因培养快速、成本低廉、表达量高而广泛应用于科研与工业，但其缺乏真核生物的复杂后翻译修饰，且部分蛋白易形成包涵体，需要通过优化表达条件和纯化策略来获得功能性蛋白。原核蛋白表达宿主菌株与表达载体的选择1. 宿主菌
