基因家族树构建最常用的方法是 NJ 法和 ML 方法，构建进化树之前，需要进行多序列比对。多序列比对多序列比对的作用是将核酸或者氨基酸序列对齐，使得相同残基的位点位于同一列，这样以便于发现不同的序列之间的相似部分。这里使用 muscle 进行多序列比对。准备文件：构建进化树的蛋白文件# 使用muscle进行多序列比对
muscle -in pep.fasta -out pep.mfa
# 结果转
今天小白带大家来看一篇发表在SCI分区Q2区【BMC Genomics】杂志的基因家族文献：菠萝WRKY基因家族的全基因组研究：发育和逆境中的进化和表达谱。作者从背景介绍说明了WRKY蛋白是一个转录因子大家族，在许多生理过程和环境适应中发挥重要作用。然而，关于重要的热带水果菠萝(Ananas Comosus)的WRKY基因的信息却很少。公布的菠萝全基因组序列使我们能够对菠萝WRKY基因的组织和表达
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2023-08-30 22:44:43
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# 基因差异表达分析：Python实现
基因差异表达分析是生物信息学中的一个重要研究方向，广泛应用于基因组学、转录组学等领域。通过对不同样本或条件下的基因表达数据进行比较，研究人员能够识别出哪些基因在特定情况下表现出显著的表达差异，从而推测其生物学意义和潜在的疾病机制。
本文将介绍基因差异表达分析的基本流程，并提供一个简单的Python代码示例，帮助大家理解如何在实际操作中应用这一技术。
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论文https://bmcgenomics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12864-022-0845...
原创
2022-03-28 10:09:56
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# Python 基因分析入门指南
基因分析是生物信息学的一个重要领域，Python 提供了强大的工具和库，使得这一过程变得相对简单。本文将指导您完成基本的基因分析。我们将介绍整个流程，并提供详细的代码示例，最终帮助您了解如何应用 Python 进行基因分析。
## 基因分析流程
在开始之前，我们需要了解基因分析的一般步骤。以下是基因分析的基本流程：
| 步骤 | 描述
欢迎关注”生信修炼手册”!在众多评测融合基因软件的文章中，EricScript这款软件还是名列前茅的，值得一
原创
2022-06-21 06:21:12
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欢迎关注”生信修炼手册”!在某篇评估转录组各个分析流程所用软件的文章中，fusioncatcher 被评为分
原创
2022-06-21 06:20:24
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欢迎关注”生信修炼手册”!SOAPfuse是华大开发的一款，专门针对human的融合基因进行分析的工具，项目
原创
2022-06-21 06:21:48
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# Python在基因组数据分析中的应用
基因组数据分析是现代生物信息学的核心内容之一。随着高通量测序技术的发展，产生了大量的基因组数据，如何有效地分析这些数据成为了一个重要的研究方向。Python，作为一种强大的编程语言，因其简洁易用以及丰富的生物信息学库，而成为研究人员的首选工具之一。
## 基因组数据分析的基本流程
基因组数据分析的基本流程一般包括以下几个步骤：
1. 数据获取：获取
以下内容来自官网教程DEAP Basic tutorials：进化计算框架，提供了多种算法所需模块(GA, GP, DE, PSO…) gplearn Welcome to gplearn’s documentation：python GP库，提供了符号回归，分类等方法1.gplearn1.1 Introduction(介绍)gplearn用python实现Genetic Programming，
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2024-05-14 10:17:52
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目录基因表达式编程 GEP Python 代码实现【★★★★】1. 运行环境1.1. Python 需要的库2. Python实现生成数据3. Python 实现初始化3.1 Genome 类 定义函数、终结符3.2 初始突变参数、染色体3.2.1. Environment：3.2.2. Chromosome ：3.2.1. Gene：3.3 打印染色体4. 初始化输出测试5. 代码实现整合：
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2023-11-29 07:47:50
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文章目录前言一、什么是数据分析二、数据分析类型三、数据分析基本流程四、Pandas统计分析五、一些基础代码关于Python技术储备一、Python所有方向的学习路线二、Python基础学习视频三、精品Python学习书籍四、Python工具包+项目源码合集①Python工具包②Python实战案例③Python小游戏源码五、面试资料六、Python兼职渠道 一、什么是数据分析数据分析是利用数学、统
基因表达差异的显著性分析简称表达差异分析，其目的是比较两个条件(包括种属、表型等)下的基因表达差异，通过一定的统计学方法，从中识别出与条件相关的特异性基因，然后进一步分析这些特异性基因的生物学意义。基因表达差异分析的第一步是要识别在两个条件下有显著性表达差异的基因，简称差异表达基因。那么怎样才能称得上显著性表达差异？通常是指一个基因在两个条件中表达水平的检测值差异具有统计学意义，往往基于一定的统计
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2023-12-13 12:30:26
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前言在生物信息学数据分析中，许多分析软件都是基于R开发的。这里介绍一个可以在Python 中进行基因富集分析的Python 软件 GSEAPY (Gene Set Enrichment Analysis in Python)GSEApy is a python wrapper for GESA and Enrichr.
It’s used for convenient
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2023-09-13 17:28:38
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在RNA-seq中，主成分分析（PCA）是最常见的多元数据分析类型之一，这期主要介绍一下利用已有的表达差异数据如何分析，别着急，见下文。1. 前言1. 相关背景在RNA-seq中，主成分分析（PCA）是最常见的多元数据分析类型之一。基因表达定量后获得了各样本中所有基因的表达值信息，随后我们通常会期望比较样本之间在基因表达值的整体相似性或者差异程度。基因数量成千上万，肯定不能对每个基因的表达都作个比
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2024-08-21 11:00:34
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首先，做这个相关性分析，在这里需要安装几个R包。 使用场景 1.已经确定研究的基因，但是想探索他潜在的功能，可以通过跟这个基因表达最相关的基因来反推他的功能，这种方法在英语中称为guilt of association，协同犯罪。2.我们的注释方法依赖于TCGA大样本，既然他可以注释基因，那么任何跟肿瘤相关的基因都可以被注释，包括长链非编码RNABiocManager::install
## 机器学习在基因组分析中的应用
### 步骤流程图
```mermaid
flowchart TD
A(收集基因组数据) --> B(数据预处理)
B --> C(特征工程)
C --> D(选择模型)
D --> E(训练模型)
E --> F(评估模型)
F --> G(优化模型)
```
### 步骤详解
1. **收集基因组数据*
原创
2024-05-25 05:40:46
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重复的详细研究中，通常观察到50,000到250,000个核苷酸对的重复，其中大多数是。，平均重复大小约为50,000个核苷酸
x的最低实验条件AndroidStudio 3.2.0+gradle：gradle-4.6以上本次实验条件：AndroidStudio 3.3 (AS3.3强制要求最低gradle版本为gradle-4.10-all)gradle：gradle-4.10-all使用AndroidX如果要在新项目中使用AndroidX，则需要将compile SDK设置为Android 9.0（API级别28）或更
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2024-09-29 15:25:33
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# 使用Python进行基因ID转换
在生物信息学领域，基因ID转换是一个常见且重要的任务。随着基因组学的快速发展，研究人员不断生成大量的数据，而这些数据往往使用不同的基因标识符，例如Ensembl、NCBI和UniProt等。因此，了解如何使用Python进行基因ID转换，可以有效地帮助科学家统一数据，提高分析的效率。
## 基因ID转换的必要性
基因ID转换的需求主要来源于以下几点：
