介绍OrthoFinder 是一个快速、准确和全面的比较基因组学平台。 它找到正交群(orthogroups)和直系同源(orthologs)，推断所有正交群的有根基因树，并识别这些基因树中的所有基因复制事件。它还为被分析的物种推断出一个有根的物种树，并将基因复制事件从基因树映射到物种树的分支。 OrthoFinder 还为比较基因组分析提供全面的统计数据。 OrthoFinder 使用简单，运行
# Python 基因分析入门指南
基因分析是生物信息学的一个重要领域，Python 提供了强大的工具和库，使得这一过程变得相对简单。本文将指导您完成基本的基因分析。我们将介绍整个流程，并提供详细的代码示例，最终帮助您了解如何应用 Python 进行基因分析。
## 基因分析流程
在开始之前，我们需要了解基因分析的一般步骤。以下是基因分析的基本流程：
| 步骤 | 描述
方法1： https://portal.gdc.cancer.gov/https://portal.gdc.cancer.gov/选择RNA-Seq找TSV格式open的文件加入购物车 进入到购物车点download --cart打开下载后的tsv格式文件方法2：方法3： 下载后的数据如下图所示，横轴表示585个LUAD病例，纵轴表示基因60000+，内容表示基因表达
以下内容来自官网教程DEAP Basic tutorials：进化计算框架，提供了多种算法所需模块(GA, GP, DE, PSO…) gplearn Welcome to gplearn’s documentation：python GP库，提供了符号回归，分类等方法1.gplearn1.1 Introduction(介绍)gplearn用python实现Genetic Programming，
转载
2024-05-14 10:17:52
77阅读
基因表达差异的显著性分析简称表达差异分析，其目的是比较两个条件(包括种属、表型等)下的基因表达差异，通过一定的统计学方法，从中识别出与条件相关的特异性基因，然后进一步分析这些特异性基因的生物学意义。基因表达差异分析的第一步是要识别在两个条件下有显著性表达差异的基因，简称差异表达基因。那么怎样才能称得上显著性表达差异？通常是指一个基因在两个条件中表达水平的检测值差异具有统计学意义，往往基于一定的统计
转载
2023-12-13 12:30:26
293阅读
前言在生物信息学数据分析中，许多分析软件都是基于R开发的。这里介绍一个可以在Python 中进行基因富集分析的Python 软件 GSEAPY (Gene Set Enrichment Analysis in Python)GSEApy is a python wrapper for GESA and Enrichr.
It’s used for convenient
转载
2023-09-13 17:28:38
230阅读
目录一、引言二、富集分析2.1 富集分析的概念2.2 富集分析的原理2.3 富集分析的作用2.4 富集分析的步骤2.5 富集分析的类型2.5.1 GO term功能富集2.5.2 KEGG pathway通路富集2.5.3 MSigDB基因集富集2.5.4 单基因富集三、富集分析中涉及的基本概念3.1 细胞组分3.2 分子功能3.3 生物过程3.4
转载
2024-01-19 10:21:33
95阅读
在这篇博文中，我将探讨如何使用Python进行基因差异分析的全过程。基因差异分析的目的是寻找到在特定条件下，基因表达水平发生显著变化的基因，以此帮助我们理解疾病机制、药物作用等生物学问题。近年来，生物信息学技术不断演进，其应用领域不断扩大，而Python因其强大的数据处理和分析能力，被广泛应用于这一领域。
### 背景定位
基因差异分析的技术起源可以追溯到基因组学的初期，随着高通量测序技术的发展
基因网络分析是生物信息学中的一个重要研究领域，通过分析基因之间的相互作用关系，可以揭示生物体内复杂的生物学过程。在这个过程中，Python作为一种强大的编程语言，可以帮助我们实现基因网络分析的各种功能。下面，我将介绍基因网络分析的流程，并给出具体的代码实现步骤。
### 基因网络分析流程
首先，我们需要明确整个基因网络分析的流程，并将其分为几个步骤：
| 步骤 | 描述
原创
2024-06-15 03:58:50
72阅读
# Python基因组分析教程
## 概述
在这篇教程中，我将向你介绍如何使用Python进行基因组分析。基因组分析是研究基因组序列中的基因和其他有意义的DNA片段的过程。我们将使用Python的一些常见生物信息学库，如Biopython和Pandas，来完成这个任务。
## 整体流程
下面是实现基因组分析的整个流程：
| 步骤 | 描述 |
| --- | --- |
| 1 | 下载基因
原创
2023-07-15 11:30:26
515阅读
# 用于基因分析的Python
基因分析是生物信息学中一项重要的任务，涉及从基因组数据中提取有价值的信息。随着高通量测序技术的发展，大量的基因组数据被生成，如何有效分析这些数据成为了一个重要课题。Python因其易于使用的语法和丰富的科学计算库，成为基因分析领域中的一种热门编程语言。本文将介绍一些用于基因分析的Python库及其基本应用。
## 常见的Python库
几种常见的Python库
# Python 基因组分析入门指南
## 一、引言
基因组分析是生物信息学中的重要领域，涉及对DNA序列的分析与处理。随着生物技术的发展，基因组数据日渐丰富，如何有效地对这些数据进行分析成为了一个紧迫的问题。在这篇文章中，我将向你详细解释如何使用Python进行基因组分析，包括所需的技术栈、步骤以及具体的代码实现。
## 二、流程概述
为了让你更好地理解整个基因组分析的过程，我们将其分为
# Python分析NCBI基因序列
在生物信息学领域，基因序列分析是一个重要的研究方向。NCBI（国家生物技术信息中心）提供了丰富的基因序列数据，成为研究者们获取和分析基因数据的重要资源。本文将介绍如何使用Python对NCBI的基因序列进行分析，并提供相关代码示例，帮助你更深入地理解这一过程。
## 基础知识
在开始之前，我们需要了解一些基础知识。基因序列通常由一系列的核苷酸（A、T、C
原创
2024-08-27 07:38:51
111阅读
问 1：
在没有重复实验的情况下，用 RPKM 要怎么做检验呢？
答：
如果要用泊松分布做差异分析模型的话，必须要用 reads count 的。只有 RPKM值的话，可以用 RPKM 的公式反推 reads count 数，再做检验。
问 2：
Deseq 是怎么控制 reads 多重比对的？
答：
Deseq 只是一个差异分析的软件，多重比对的分配是在 Deseq 之前的。 De
转载
2024-06-18 10:28:24
47阅读
5.6基于外显子的保守性鉴定真核生物编码蛋白质的基因鉴定功能性基因的流程是：1.连锁分析找到该基因的染色体的特定区域；2.在这段序列中选择一条短序列，寻找满足两个条件的基因（条件一：因为功能性基因是可以编码出蛋白质的基因，所以它必须有可读框；条件二：因为功能性基因是保守的，所以它必须是种间同源的。）；3.使用zoo blot（动物基因组印记杂交），将待测序列作为探针，与种属基因组中的生物基因进行杂
转载
2023-12-01 11:13:59
128阅读
描述MetaPhlAn是分析从物种水平分辨率宏基因组鸟枪法测序数据的微生物群落（细菌，古细菌，真核细胞和病毒）的组成的计算工具。从版本2.0，MetaPhlAn还能够确定具体的菌株（在将样品含有先前测序的菌株的不那么频繁的情况下），并跟踪跨越样品菌株的所有物种。MetaPhlAn 2依靠〜1M唯一的特定分支，标记基因（标记信息文件可以在SRC / utils的/ markers_info.txt.
转载
2024-05-27 18:22:19
17阅读
文章目录所做工作收获宏基因组分析流程Step1.去除宿主污染Step2.去除接头序列Step3.对序列进行进一步质控Step4.对read进行进一步拼接(contig)Step5.对contig进行orf预测Step6.查找orf区翻译出来的氨基酸序列对应的蛋白质家族 所做工作Step1.去除宿主污染Step2.去除接头序列Step3.对序列进⾏进⼀步质控Step4.对read进⾏进⼀步拼接(c
转载
2023-10-26 16:40:00
181阅读
5、 Python 程序的运行conda install python=3.3.0名词： 自然语言，解释器chmod u+x python.py 赋予可执行权限
#!/usr/bin/pyhon 表示系统默认bin下的python
#!/usr/bin/env python 表示从自己的环境变量中调取python来运行，就不要指定解释器就可以运行
python python.py 会覆盖脚本里面指
转载
2024-01-05 18:35:26
7阅读
文章目录引言安装并导入DESeq2包数据要求制作dds对象，进行差异分析筛选差异基因完整代码其他问题 引言对于组学分析来说，常常会寻找组间的差异，例如差异基因（转录组）、差异菌（宏基因组）以及差异通路（宏基因组），而转录组分析上最为经典的DESeq2包对于以上分析也都适用 DESeq最早在2010年发表在Genome Biology上，2014年上更新版本DESeq2。DESeq2是基于负二项广
转载
2023-10-11 06:44:33
533阅读
基因芯片(genechip)（又称DNA芯片、生物芯片）的原型是80年代中期提出的。基因芯片的测序原理是杂交测序方法，即通过与一组已知序列的核酸探针杂交进行核酸序列测定的方法，在一块基片表面固定了序列已知的靶核苷酸的探针。当溶液中带有荧光标记的核酸序列TATGCAATCTAG，与基因芯片上对应位置的核酸探针产生互补匹配时，通过确定荧光强度最强的探针位置，获得一组序列完全互补的探针序列。据此可重组出
转载
2024-02-27 13:45:20
96阅读
