KEGG PATHWAY Database KEGG PATHWAY 数据库是一个手工画的代谢通路的集合，包含以下几方面的分子间相互作用和反应网络： 1.新陈代谢 2.遗传信息加工 3.环境信息加工 4.细胞过程 5.生物体系统 6.人类疾病 7.药物开发 PATHWAY的五种类型 仅仅第一种参考通
原创
2023-11-06 12:23:41
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系列文章目录文章目录 单细胞测序流程（一）简介与数据下载单细胞测序流程（二）数据整理单细胞测序流程（三）质控和数据过滤——Seurat包分析，小提琴图和基因离差散点图单细胞测序流程（四）主成分分析——PCA单细胞测序流程（五）t-sne聚类分析和寻找marker基因单细胞测序流程（六）单细胞的细胞类型的注释单细胞测序流程（七）单细胞的细胞类型轨迹分析单细胞测序流程（八）单细胞的marker基因转化
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2023-11-09 00:56:29
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# 使用R语言进行KEGG分析
## 介绍
在生物信息学领域，KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）是一个非常重要的数据库和工具，用于对基因组、基因、蛋白质和代谢途径进行注释和分析。本文旨在向新手开发者介绍如何使用R语言实现KEGG分析。
## 流程图
```mermaid
flowchart TD
start(开始)
step1[下载KE
原创
2024-01-21 09:22:54
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# 使用 R 语言展示 KEGG 的完整流程
在生物信息学中，KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）数据库是一个重要的资源，用于揭示基因组和代谢网络的功能。对于刚入行的小白来说，理解如何使用 R 语言展示 KEGG 通常涉及几个步骤。本文将详细讲解整个流程，并附上具体代码示例。
## 整体流程
以下是使用 R 展示 KEGG 的基本步骤：
简要概述抓取数据代码import json
import time
import requests
import csv
# 1. 创建文件对象
f = open('lgposition_hz_shenduxuexi_4.7.1.。1.1.csv', 'w', encoding='utf-8', newline='') #文件名记得每爬取一个职业修改一次~
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2024-10-17 19:23:03
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Kegg通路或者GO本体论富集分析是基因功能注释最常见的分析，结果可以以多种形式展示，最常用的包括：条形图/bar图，气泡图/dot图等，其中气泡图输入数据一般包括以下4个维度的信息：名字，富集倍数（或者gene ratio），P值，基因count。例如：pathwayenrichmentpvaluecountRNA transport4.8072586411.56E-0515Epstein-Ba
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2023-09-10 22:22:53
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# Python爬虫KEGG代码实现指南
## 一、整体流程
首先，让我们看一下实现Python爬虫KEGG代码的整体流程：
| 步骤 | 描述 |
| ---- | ---- |
| 1 | 安装必要的库和工具 |
| 2 | 获取KEGG网站上的数据 |
| 3 | 解析数据 |
| 4 | 保存数据到本地文件 |
## 二、具体步骤及代码实现
### 步骤1：安装必要的库和工具
原创
2024-04-11 05:49:46
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作者 biobin
前言 关于 clusterProfiler这个 R 包就不介绍了，网红教授宣传得很成功，功能也比较强大，主要是做 GO 和 KEGG 的功能富集及其可视化。简单总结下用法，以后用时可直接找来用。 首先考虑一个问题： clusterProfiler做 GO 和 KEGG 富集分析的注释信息来自哪里？ GO 的注释信息来自 Bioconductor，
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2024-05-19 16:07:54
454阅读
1评论
这一节画的图是比较新的，图中我用红色箭头标出的是pathway一级注释信息(big annotation，自己想的，非专有名词)，纵轴花花绿绿的标注是pathway的二级注释(small annotation)。「如何获取注释」算一个难点，我上一讲也已经讲过：KEGG通路的从属/注释信息如何获取。整个图反映的是有多少基因落到了对应的分类里面。「辩证地看」，整张图都是pathway注释，没有具体的
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2024-05-18 13:18:18
868阅读
手把手教你看KEGG通路图！亲爱的小伙伴们，是不是正关注代谢通路研究？或者你正面对数据，绞尽脑汁？小编当然不能让亲们这么辛苦，今天就跟大家分享KEGG代谢通路图的正确解读方法，还在迷糊中的小伙伴赶紧mark起来吧~ 怎么看KEGG中代谢通路图?KEGG，Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes，京都基因和基因组百科全书，是系统分析基因功能，联系基因组
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2023-10-12 23:27:59
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## 如何在R中实现KEGG通路图
KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）数据库为生物信息学提供了丰富的生物通路、基因组数据和药物信息。在生物数据分析中，通路图的可视化能帮助我们理解生物过程。本文将带领你一步步实现R语言中的KEGG通路图。
### 实现流程
以下是实现KEGG通路图的基本流程：
| 步骤 | 描述
原创
2024-08-07 11:57:38
472阅读
# R语言KEGG富集分类
KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）是一个基因功能注释和基因组学研究的重要数据库。它提供了生物学和化学相关的基因和蛋白质的大量信息，包括基因的分类、功能注释、代谢途径等。在生物信息学研究中，我们经常需要对一组基因进行功能富集分析，以了解这些基因的功能特征。R语言提供了丰富的生物信息学库，其中包括用于KEGG富集分类
原创
2023-10-19 05:39:12
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文章目录（零）AlexNet前言知识0.1 常用公式0.2 深度学习的宏观框架0.3 ImageNet数据集AlexNet的历史意义AlexNet完整结构图论文中重点章节摘要论文小标题AlexNet结构特点ReluLRN 局部响应归一化训练技巧（一）alexnet_inference.py 分析1.1 transforms.Compose()1.2 unsqueeze_()1.3 AlexNet
kegg compound 数据库存储了在生命活动中发挥作用的各种小分子，生物大分子和其他类型的化学物质，采用C number 进行标识，比如C00047, 代表L-赖氨酸。除了名称等信息外，还存储了该物质的化学结构和其他相关信息；对于所有compound 的分类详见 Brite 数据库http://www.genome.jp/kegg-bin/get_htext?br08
原创
2022-06-21 05:21:53
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