（1）报错：通过pymol：interfaceresidue.py 运行时候出现报错：pymol not running: entering library mode(experienment) （2）分析原因：确认Pymol的安装目录是否正确：你需要检查Pymol的安装位置，确保其安装在正确的位置。可以从Pymol的官方网站或其他可靠的来源上下载Pymol的安装程序，并且确保在安装Py
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2024-01-14 10:56:32
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PyMOL 是一个广泛使用的分子可视化工具，常用于生物化学和结构生物学领域。通过预编译的 whl 文件安装 PyMOL 可以简化安装过程，尤其是在编译时可能会遇到依赖问题的情况下。以下是详细的安装步骤：安装前准备：Python环境：确保已经安装了Python，并且Python版本与whl文件兼容。pip：确保已经安装了pip，这是Python的包管理器，用来安装外部库。下载whl文件：从可靠的来源
1. 下载pymol：PyMOL | pymol.org2. 完成安装3. 找到下图所示的Prompt， 并运行pymol -R命令打开pymol server 4. 可以使用如下的简单代码运行pymolfrom rdkit.Chem import PyMol
from rdkit impor
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2023-06-20 16:07:36
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1.进入官网下载：https://www.python.org/downloads/ 进入后，如下图所示操作，点击Downloads，我的电脑是Windows系统的，这里直接点击下载最新版本。 如果想下载其他版本可以在当前页面往下拉，找到“Looking for a specific release?”，我这里以下载Python 3.8.1为例点击Download后会出现对应版本的详细信息下拉页面
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2023-07-05 13:04:40
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在做分子对接前，需要对蛋白质和分子进行预处理。对蛋白质进行：去水，去配体，加氢，处理；小分子需要加氢，做能量优化。 关于数据库：DUDE数据库上有蛋白质受体和配套的阳性、阴性配体。从DUDE数据库上下载的蛋白质和PDB数据库上下载的有所差异，但是对接使用的是蛋白质口袋，外圈的其实影响不大，DU
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2023-10-17 22:53:34
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Win10（64位）系统下安装Pymol（1.8.6）Linux（CentOS 7）（64位）系统下安装Pymol（1.8.6）Pymol（1.8.6）作图技巧之cartoon和surface镶嵌模型Pymol（1.8.6）作图技巧之创建质心Pymol | Pymol绘制GridBox图PyMOLPyMOL软件以Py+MOL命名：“Py”表示它是由一种计算机语言Python所衍生出来的，“MOL”
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2023-09-26 18:16:46
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一、欧氏距离（Euclidean distance）指m维中两点之间的真实距离，缺点：对某些量纲不同的变量（如“身高”和“体重”）赋予同等重要程度，没有进行标准化处理。计算公式 点P1(x11,x12,…,x1n)与P2(x21,x22,…,x2n)之间的欧式距离为：用Jupyter Notebook编写代码：import numpy as np
x = np.array([1,1])
y = n
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2023-11-28 10:03:30
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pymol.desktop[Desktop Entry]Name = PyMOLExec = /home/tqc/software/pymol/pymolIcon=/home/tqc/software/pymol/share/pymol/data/pymol/icons/icon2_128x128.pngTerminal=falseStartupNotify=trueType=A...
原创
2021-08-04 10:33:18
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Step 1:将文件下载到桌面。通过查看别的博主，进入链接下载pymol-版本号-cpPthon号-cpPthon号-win_amd64.whl的版本。pip insall
PyMOL是一个Python增强的分子图形工具。它擅长蛋白质、小分子、密度、表面和轨迹的3D可视化。它还包括分子编辑、射线追踪和动画。
# 如何实现“pymol页面显示python停止使用”
## 引言
欢迎来到这篇文章！如果你是一名刚入行的开发者，正在寻找如何在pymol页面上显示python停止使用的方法，那么你来对地方了。我将为你提供一份详细的步骤指南，以帮助你完成这个任务。
作为一名经验丰富的开发者，我知道学习编程中常常会遇到问题，特别是对于新手来说。但是，不要担心，我将会尽我所能来帮助你。在这篇文章中，我将以简单明了
原创
2023-11-15 15:13:40
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在介绍之前，先简单介绍一下这个软件，虽然前面我们简单的使用，但没有过多介绍，这里就简单介绍一下，具体细节上的东西，需要你不断使用，才能熟悉。下面是软件界面。1.设定工作目录，打开文件打开PyMOL软件，设置我们的工作目录。或者通过命令cd F:\AutoDock来实现，这与window的dos命令行和Linux系统的cd(Change Directory)命令一样。导入刚才下载的复合物PDB文件（
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2024-08-29 19:30:51
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摘要本文将带大家使用免费开源的PyMOL软件绘制D715-2441蛋白与与PB2cap配体分子的结合模式图。我们先来看一张成品图：研究背景根据分析结果，我们获得以下相互作用：1、化合物D715-2441的芳环夹在氨基酸残基H357和F404之间并形成π-π堆积作用，还与F404形成疏水作用；2、化合物苯环上的羟基与E361的羧基和K376的N+原子形成氢键作用，另一个羟基与F404的O原子形成氢
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2024-08-24 09:33:46
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PyMOL是一款领先的三维分子建模与可视化软件，适用于生物化学、药物研发等领域。该软件以其精细的图形渲染、灵活的分子操作与动画制作闻名，可实现蛋白质、核酸及其他生物分子结构的高质量呈现与深入分析。用户可通过直观界面或Python脚本对分子进行旋转、缩放、添加标记，执行结构比对、表面展示、电荷分布分析等功能，助力科研人员直观解读复杂的生物结构信息。文内提供PyMOL2.5.7下载，亲测可激活成功。支
原创
2024-06-18 09:43:20
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PyMol安装教程(Windows10)pymol的使用需要基于python环境，本教程从python环境配置开始，基于python2.7进行安装。如果您曾经安装过python，可以直接进入pymol安装步骤，但是要留意下载对应版本的whl文件。本次使用到的文件：链接：https://pan.baidu.com/s/1aPQggII3HvvTM6X3j-wlhA 提取码：1234&nb
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2023-12-21 11:03:37
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提供了丰富的功能，包括高质量的3D渲染、多种分子表示方式（如球棒模型、卡通模型、表面表示等）、灵活的动画制作以及测量和
原创
2024-10-13 12:49:29
703阅读
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基础pymol命令Pymol是区分大小写的，不过目前为止Pymol还是只用小写，所以记住，所有的命令都是使用小写字母的。 当你开始用Pymol来完成一个项目时，你也许想会让Pymol 自动保存你所有输入过的命令，以方便日后你再次读取并修改。这个可以通过创建一个log文件来达到，该文件的后缀名应为.pml，记住，Pymol像Linux一样支持Tab键命令补全：Pymol> log_open l
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2023-10-04 10:30:44
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接上一篇介绍Linux下安装和使用免费版本的PyMol之后，这里再介绍一下Windows系统下的安装方法。同时在本
原创
2024-07-29 12:16:31
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PyMol堪称分子展示神器了，关键是开源。 文章目录安装与初步认识目录与文件下载分子绘图操作 安装与初步认识下载pyMol的whl文件，这里选择pymol-2.5.0-cp39-cp39-win_amd64.whl，需要python3.9的环境。如果用的是python其他版本，可以自行选择可以适配的文件。在安装pyMol之前，需要安装numpy, mkl, pwm依赖，然后把下载的pymol复制到
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2024-05-24 11:58:23
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-壹-下载Anaconda利刃君为大家提供的是适用于Windows 64系统的安装程序，如需其他系统的，可以自行至下面网址下载：https://www.anaconda.com/download/下面为网站截图，大家可根据自己电脑系统选择下载。 新手建议选择Python 3.6 Version，如果你电脑中还有需使用Pyhon 2.7的软件，建议选用Python
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2023-11-01 22:56:55
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