(1)报错:
通过pymol:interfaceresidue.py 运行时候出现报错:
pymol not running: entering library mode(experienment)
(2)分析原因:
- 确认Pymol的安装目录是否正确:你需要检查Pymol的安装位置,确保其安装在正确的位置。可以从Pymol的官方网站或其他可靠的来源上下载Pymol的安装程序,并且确保在安装Pymol时,选择正确的安装路径。
- 检查Pymol的资源文件是否存在:如果Pymol无法找到必要的资源文件,例如pypovray等库文件,就会出现“entering library mode(experienment)”错误。你可以在Pymol的安装目录中查找这些缺失的库文件,并将它们拷贝到Pymol的安装目录中。
- 检查环境变量是否设置:Pymol需要一些环境变量来支持其正常运行,例如PYTHONPATH和PYMOL_PATH。这些环境变量需要设置正确,以便Pymol能够正确加载所需的库文件和资源文件。你可以使用命令行的set命令来检查这些环境变量是否设置正确。
- 更新Pymol版本:如果你的Pymol版本过旧,可能会导致“entering library mode(experienment)”错误。在这种情况下,你需要更新到最新版本的Pymol,或者选择一个经过验证的稳定版本。
- 检查pymol的许可证是否过期
(3)解决:
一pymol许可证获取:
【学习】:PyMOL免费下载及安装教程【Win版】 - 简书 (jianshu.com)
- 官网:https://pymol.org/2/
- 打开官网,点击DOWNLOAD NOW,选择需要的版本
- 选择保存地址,一路点击next安装
- 经过1,2步骤安装的PyMOL是没有灵魂的试用版本
此时你需要先有一个邮箱【不限定学校邮箱,亲测163也可以用】
还是官网,点击右侧按钮“BUY LICENSE” - 点击“Student/Teacher”
- 填入各项信息【只要邮箱是真实的就可以,其他都可以随便填填】
- 填入验证码,等待激活邮件【验证码是下面的图片:
- 邮件本件,根据网址下载你的注册文件
-
- 打开连接之后会让输入账号和密码:对应的就是username,password
- 下载许可证文件
- 打开你的PyMOL,在弹出窗口上找到注册licence点击导入上面下载的注册文件即可
二、获得许可证之后发现依旧行不通:
interfaceresidue.py 函数进行修改,增加一个文件workdir参数,运行成功
ps:
conda install -c shrodinger pymol-bundle