参考： 视频PPT来自欧易生物讲座：如何开启一个动植物基因组三代de novo项目？
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2022-09-01 11:35:58
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介绍本文描述了使用Sentieon® DNAscope进行PacBio® HiFi数据胚系突变检测。PacBio® HiFi技术产⽣质量值超过Q20的高质量长读段，平均长度在10-25kb之间。准确的长读段可以对短读段和高噪音长读段方法无法检测的基因组重复区域进行精准的变异检测。Sentieon® DNAscope能利用PacBio® HiFi数据高质量、长读长的优势，使用经过校准的机器学习模型进
原创
2023-08-24 15:23:50
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文章题目 PacBio-Based Mitochondrial Genome Assembly of Leucaena trichandra (...
原创
2022-03-18 11:13:16
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组装策略 二代测序平台如Illumina、BGI，稳定可靠，数据质量高，成本低，读长短。 三代测序平台如PacBio、N=
原创
2022-09-01 09:48:47
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基本概念：
第三代基因测序技术又被为“Single Molecule Real Time (SMRT™) DNA Sequencing”（单分子实时DNA测序技术），该方法基于纳米孔的单分子读取技术，不需要扩增即可快速读取序列。目前，Pacific Biosciences公司已经成功推出了商业化的第三代测序仪PacBio RS平台和PacBio Sequel平台SMRT测序原理
步骤1
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2024-01-08 14:35:10
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SMRT 分析：读取校正 介绍由于实时测序的性质，PacBio 读数很长，但质量相当差。 由于 PacBio 文库制备会产生环状 DNA 分子，因此一些较短的分子会被聚合酶处理数次。 这导致同一分子的多次读取，然后该信息用于产生高质量的循环共有 (CCS) 读取。 然而，在基因组组装中，即使质量很差，长读取也是极其重要的。 因此，已经实现了多种纠错长（即非CCS）读取的方法。 这些方法的共同点是
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2024-07-24 17:46:50
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DNAscope LongRead在处理PacBio HiFi数据的胚系变异检测中实现了在精准性方面、鲁棒性方面，效能方面三大突破。
近几年来Pacific Biosciences (PacBio) 和 Oxford Nanopore Technologies (ONT) 等第三代长读长测序或单分子实时测序技术在读长
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2024-03-21 16:18:02
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关键词：长读长测序；基因测序；变异检测；文献简介标题（英文）：Sentieon DNAscope LongRead – A highly Accurate, Fast, and Efficient Pipeline for Germline Variant Calling from PacBio HiFi reads标题（中文）：Sentieon DNAscope LongRead - 从 Pac
原创
2024-10-28 14:04:39
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高质量的参考基因组是基因组学研究的基础，随着Nanopore长读长测序及PacBio HiFi高准确性测序技术的不断发展，端粒到端粒（telome技...
近日，中国农业科学院农业基因组所武志强课题组在《The Plant Journal》在线发表了题为“Long-read sequencing characterizes mitochondrial and plastid genome variants in Arabidopsis msh1 mutants”的研究论文，该研究通过高精度的长读长测序（PacBio HiFi）解释了拟南芥MSH1参与
今天分享DNA测序技术和原理，包括illumina和pacbio测序原理、基本介绍和优缺点对比。 Illumina测序技术
原理：边合成边测序
测序长度：150bp
通量：6TB
测序原理观看网址：https://www.youtube.com/watch?v=fCd6B5HRaZ8 文库构建DNA片段需要加接头修饰才能进行上机测序，这
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2024-01-10 18:44:21
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目前主流三代测序平台除了Oxford 家的 Nanopore，还有 Pacific Biosciences（简称 PacBio）公司的 Single Molecule Real-Time（SMRT）Sequencing。该平台的优势在于： 在不会影响吞吐量和准确性的前提下，提供目前最长的 25 kb 的 Reads 长度如果不含系统误差，准确度可达 99.999％，这样高质量的
目前，构建Graph的主流方法有3种，Overlap-Layout-Consensus（Celera Assembler、PBcR），de Bruijn Graph（SOAPdenovo ） 和 String Graph（Falcon）。 前言基因组组装的基本思路：无论是一代sanger、二代短reads、三代长Pacbio，我们得到的测序数据相较于整个基因组而言仍然是极小的；我们的任
哈佛大学医学院Dana-Farber癌症研究所李恒课题组重磅推出三代HiFi宏基因组组装软件——hifiasm-meta。研究论文“Metagenome assembly of high-fidelity long reads with hifiasm-meta”预印本在线发布。宏基因组样本的do novo组装是研究微生物群落的常用方法。与单个物种的组装相比，宏基因组组装存在PacBio HiFi
CentOS7 多硬盘合成卷组并创建LVM，挂载到同一目录下 一、需求场景将主机的2块数据盘（253T + 253T）"合并" 后挂载到 /pacbio 目录下，要求文件系统格式化为 xfs。数据盘/dev/sdb：256T/dev/sdc：256T文件系统：ext4挂载目录：/pacbioOS版本：CentOS 7.6lvm版本：lvm2二、实现方法使用 LVM 逻辑卷管理
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2024-03-15 09:46:32
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长读长组装发展 2012：三代组装、二代校正；耗资源，适合小基因组，如细菌，4-15%错误率 2013：三代组装、三代校正；仍然只适用小的 2014：华夏一号（中国人三代参考基因组） 2016：Falcon/Falcon-Unzip，三代Pacbio二倍体真核生物 2017：ONT UItralon
原创
2022-09-01 10:57:17
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研究者通过将PacBio 长读长数据进行组装后对基因组进行 repeat 和 gene 注释。然后，利用测序或者从公开发表文献中下载的棉花基因组数据进行比对、变异检测、联合基因分型对亚洲栽培棉和非洲亚种进行比较。此过程中，Sentieon DNAseq 模块被用于 illumina 数据的变异检测和联合基因分型。
原创
2024-05-27 15:32:49
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RNA-seq最新利器——全长转录组测序1.三代测序技术PacBio SMRT Sequencing2005年以来，转录组测序和研究的主流是基于NGS，即所谓的二代测序技术，虽然二代测序技术极大地提高了测序通量，且能够发现novel的转录本，但是由于其先天的缺陷，测序读长只能达到几百个碱基（MiSeq可以达到PE300），在转录组结构分析方面，往往效果不尽理想，譬如检测新转录本、寻找可变
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2024-10-18 15:27:27
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