Pacbio三代基因组组装简介 转载 生物信息与育种 2022-09-01 11:35:58 博主文章分类:基因组学 文章标签 微信公众号 javascript html 文章分类 虚拟化 云计算 参考: 视频PPT来自欧易生物讲座:如何开启一个动植物基因组三代de novo项目?作者:Bioinfarmer若要及时了解动态信息,请关注同名微信公众号:Bioinfarmer。 赞 收藏 评论 分享 举报 上一篇:微生物组与代谢组关联分析 下一篇:【数据库】本地KEGG数据库如何拆分子库? 提问和评论都可以,用心的回复会被更多人看到 评论 发布评论 全部评论 () 最热 最新 相关文章 AI for Genomics丨空间转录组数据表征算法 SPACE,基因组学的人工智能应用 在「Meet AI4S」系列直播第二期中,我们有幸邀请到了清华大学生命科学学院张强锋实验室博士后李雨哲, 他所在的张强锋实验室属于清华大学生命科学学院,同时也是清华-北大生命科学联合中心、北京结构生物学高精尖创新中心的重要组成部分。实验室的研究侧重于生命科学和人工智能算法交叉领域、RNA 结构组技术及算法开发、单细胞的基因组测序技术及算法开发、基于冷冻电镜数据的蛋白质结构建模、以及相关人工智能算法 数据 基因组学 肿瘤 清华大学 人工智能 vscode简介 联系作者:私信 或者 个人主页1. vscode是什么vscode是微软推出的免费编辑器,依靠插件市场,vscode已经成长为各方面都在及格线以上的全能型编辑器,甚至可以被称为IDE。2. vscode下载官网下载地址vscode download。其中包含了免安装版本下载。3. 免安装版本对于没有网络的环境,如果需要使用vscode,真的需要手动打包插件、打包配置吗?其实使用免 免安装 服务器 Code IP模块组装网络包及转发网络包链路 引言之前协议栈系列的文章讲解了 连接,收发网络包,断开连接这些操作协议栈模块的处理,但是协议栈是上层 接下来会 委托ip模块进行真正的处理。网络包网络包的组成网络包由头部的控制信息和头部后面的传输数据组成。控制信息代表了包要发往的目的地,传输数据就是要发送的数据网络包的转发ip模块会将包发送到最近的一个转发设备中,转发设备会根据头部的控制信息找到下一个要发送的转发设备:转发设备内 ip地址 mac地址 IP spades基因组组装软件简介 欢迎关注"生信修炼手册"!spades这款de novo基因组组装软件, 适用于细菌/真菌等小型基因组的组装 数据 linux 后缀 叶绿体基因组组装软件NOVOPlasty使用简介 NOVOPlasty 是一个perl脚本,没有依赖任何其他软件,下载好以后直接可以使用。 sed perl 公众号 薏苡基因组的三代组装和重测序 PacBio+BioNano+Hi-C+遗传图谱薏苡,又称薏米或薏苡仁,起源于亚洲,是远古乃至中国夏商时代最重要的作物之一。据文献记载及考古学发现互相印证,薏苡在中国有~7000年的栽培和驯化历史[1]。薏苡除了作为我国原产的传统药、食两用经济作物之外,还兼具很高的饲用和观赏价值[2-4]。然而目前为止,关于其农艺性状的遗传基础、系统进化和驯化的基因组位点都知之甚少。为了解决上述问题,中国农业大学 数据 微信公众号 html ALLPATHS-LG基因组组装软件简介 欢迎关注"生信修炼手册"!ALLPATHS-LG 是由Broad Institiute研究所发明的一款基因组 段长度 数据 方差 hi-c辅助基因组组装简介 欢迎关注”生信修炼手册”!hi-c一次建库可以获取全基因组范围内的染色质互作信息,从而去研究染色质三维结构的 数据 聚类 图论 植物基因组组装综述 目录基因组特征评估Survey简单植物基因组组装高杂合基因组组装高重复基因组组装高倍性基因组组装植物泛基因组组 数据 CLR 迭代 velvet软件进行基因组组装 欢迎关注"生信修炼手册"!velvet是由EMBL-EBI开发的一款基因组组装工具,官网如下https:// 数据 安装过程 官网 QUAST:评估基因组组装效果 欢迎关注"生信修炼手册"!对于不同kmer或者不同软件的基因组组装结果,我们通常会通过N50等指标来进行评估 html sed python 单倍型基因组组装方法 1. 什么是单倍型? 同源染色体:同源染色体,一个来自母本,一个来自于父本。 单倍型:单倍体基因型的简称。遗传学上 数据 程序集 应用领域 基因组组装数据分析专题 欢迎关注”生信修炼手册”!得到一个物种的参考基因组是开展后续结构和功能基因挖掘的前提,通过高通量测序可以快速 数据库 数据 数据分析 soapdenovo2进行基因组组装 欢迎关注"生信修炼手册"!基因组的的大小,杂合程度等因素都影响基因组组装的难易程度,目前市场上主流的有以下两 数据 默认值 配置文件 动植物基因组组装要点小结 组装策略 二代测序平台如Illumina、BGI,稳定可靠,数据质量高,成本低,读长短。 三代测序平台如PacBio、N= 聚类 微信公众号 html 【基因组组装】HiC挂载Juicebox纠错补充 1. 主要纠错类型 上篇HiC挂载软件以及如何用Juice_box手工纠错?我吐槽了Juicebox操作麻烦,且没有详细文档。今天在3d-dna流程3D de novo assembly (3D-DNA) pipeline中,终于找到Juicebox的官方文档了:http://aidenlab.or 3d 微信公众号 数据 GAGE:基因组组装评估的金标准 欢迎关注"生信修炼手册"!GAGE全称Genome Assembly Gold-Standard Evalu 官网 html ide 基因组组装项目的十二步建议 1. 建立项目团体 多机构合作,数据和利益共享。 2. 收集目标基因组信息 考虑的因素: 基因组大小、倍性、杂合性、G 数据 数据库 fish 文献笔记三十三:结合二代三代测序数据组装叶绿体基因组 文章 Assembly of chloroplast genomes with long- and short-read data: a com... 数据 github 数据过滤 spark 实现基因组装 基因组组装 导读 本文将介绍T2T基因组,并提供一份基因组组装的资料,其中包含:基因组组装数据和组装策略介绍;染 导读本文将介绍T2T基因组,并提供一份基因组组装的资料,其中包含:基因组组装数据和组装策略介绍;染色体水平基因组组装;基因组补洞;着丝粒和端粒分析等,获取方式见文末。简介随着物种基因组研究的不断发展,测序技术的不断提升,物种基因组的连续性和完整性也都得到 spark 实现基因组装 数据 ci mysql8支持中文路径 mysql5.1 中文 乱码 mysql 5.1 中文字符集问题终极解决方案今天安装了一个mysql 5.1.40,刷刷刷几下安装完成后,建立一个数据库、一个表,然后,向表中插入数据,数据中包含中文,结果死活插入不了,总是报错: Incorrect string value: '\xD0\xD0\xD0\xC7\xB3\xDD...' for column 'kind_nm' at row 1。然 mysql8支持中文路径 mysql5.1不支持中文 mysql 数据库 MySQL pytorch Transformer回归预测 线性回归主要内容包括:线性回归的基本要素线性回归模型从零开始的实现线性回归模型使用pytorch的简洁实现线性回归的基本要素模型为了简单起见,这里我们假设价格只取决于房屋状况的两个因素,即面积(平方米)和房龄(年)。接下来我们希望探索价格与这两个因素的具体关系。线性回归假设输出与各个输入之间是线性关系:数据集我们通常收集一系列的真实数据,例如多栋房屋的真实售出价格和它们对应的面积和房龄。我们希望在 深度学习 python 线性回归 迭代 数据集 swift 人民币转大写 由于SWIFT是服务于金融机构的,因此必须在确保安全与可靠和稳定的情况下,才会向客户推出。风靡IT、金融甚至能源领域的区块链技术,真的会颠覆现有的全球跨境支付体系吗?起码目前全球大多数国家、大多数银行在跨境结算中绕不过的SWIFT(环球金融同业电讯协会),对此有所保留。“从SWIFT的角度来说,区块链这一分账式账本技术,理念是不错的,但现实中有很多难题需要解决,比如网络安全问题,区块链的运算能力问 swift 人民币转大写 swift 区块链 区块链技术 基础设施 android 网络请求框架 kotlin 虽然市面上有很多优秀的开源网络框架,例如volley,Okhttp。为啥还要自己来手写一个呢?主要是为了加深一下自己的记忆,还有把自己的技术点串联起来。代码并不难,都挺简单的,有详细的注释。可以优化的地方很多,但是写文的时候状态不是特别好,所以就懒得去改了。再者,大部分情况下我也是会去用OKHttp的!写下来是对自己花费时间的认可。 我相信大部 android java ide 字节流 json yolo目标检测 本书源代码 目录第一步:推理 第二步:训练1.数据集制作 2.模型训练YOLOv6 是美团视觉智能部研发的一款目标检测框架,致力于工业应用。本框架同时专注于检测的精度和推理效率,在工业界常用的尺寸模型中:YOLOv6-nano 在 COCO 上精度可达 35.0% AP,在 T4 上推理速度可达 1242 FPS;YOLOv6-s 在 COCO 上精度可达 43.1% AP,在 T4 上推 yolo目标检测 本书源代码 人工智能 机器学习 yolov6 json