NCBI（National Center for Biotechnology Information，美国国家生物技术信息中心）除了维护GenBank核酸序列数据库外，还提供数据分析和检索资源。NCBI资源包括Entrez、Entrez编程组件、MyNCBI、PubMed、PudMed Central、PubReader、Gene、the NCBI Taxonomy Browser、B
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2024-04-16 22:25:33
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简介SRA数据库是美国国立卫生研究院（NIH）的高通量测序数据的主要归档，是国际核苷酸序列数据库协作（INSDC）的一部分，其中包括NCBI序列读取存档（SRA），欧洲生物信息学研究所（EBI）和DNA数据库 日本（DDBJ）。 提交给三个组织中的任何一个的数据都是共享的。SRA数据库数据来自高通量测序平台（Roche 454 GSSystem®，Illumina GenomeAnal
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2023-07-29 20:33:32
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文章目录介绍查询某个物种的全部核酸序列和蛋白序列查看某个物种的其他信息（蛋白结构，基因，测序数据，相关文献等）Taxonomy 的相关数据下载**gi_taxid 标识的数据****taxcat 标识的数据**以尼安德特人（taxid：63221）为例介绍Taxonomy : NCBI公共序列数据库中所有生物的策划分类和命名法。目前
原创
2022-03-08 14:13:42
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NCBI网站是最常用的生物信息数据库之一，集成了pubmed,genebank等子
原创
2022-06-21 09:23:23
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O.Sativa选用MSU或者RAPDB这两个数据库的genome和gtf文件，介绍一下MSU的ID，RAPDB的同理。The Rice Annotation Project (RAP)（https://rapdb.dna.affrc.go.jp/index.html）和Rice Genome Annotation Project （RGAP7，MSU）（http://rice.plantbiol
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2024-08-12 11:03:50
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因为很多原因需要备份/导出手机QQ的聊天记录。最近因为腾讯推出了TIM，大部分用户转用TIM，在手机上几年的聊天记录很难转移，因为腾讯不开放聊天记录转移的方案。 最近在酷安网看到一个 “QQ聊天记录导出” 和“微信聊天记录导出”的软件，看了一下他备份的包就是普通的zip备份了QQ应用数据的databases文件夹。(/data/data/com.tencent.mobileqq/data
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2011-04-14 14:10:00
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本篇文章把上传数据（扩增子测序）的步骤尽可能详细的整理出来，希望能对各位科研工作者有所帮助。其它类型数据上传讲解将依次在后续推文中奉上，大家持续关注哦！1.注册及登录账号1）注册一个NCBI（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/）网页：按照提示填写账号、密码、邮箱等信息。2）登录账号，点击左上角的NCBI大图标回到NCBI的主页，然后点击图中Submit按钮进入提交数据页面。
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2024-03-27 15:09:15
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前几天数据库服务器，突然掉了，造成其提供数据的两个web也中断服务。现象： 1、电脑运行缓慢，几乎不能操纵 2、此数据源支持的web程序已down，暴露出来的Error：获得连接超时。 3、本地连接数据库没有问题，但是本地的Web程序居然获得不了数据连接 4、CPU利用率、内存占用并不高系统出现当机的可能性很多，造成了确定原因很困难。只能地毯式搜索。 1、系统已经进行了全面的
速来围观！——三种NCBI常见数据库在微生物测序分析中，常常需要对未知的核酸或蛋白序列进行物种,功能或类别注释。注释方法种类较多，其中最常用的是与一些标准数据库进行相似性搜索，也就是序列比对。因此，数据库的优劣对注释结果至关重要。本期小编为大家带来的是NCBI上的三个重要的数据库—NR/NT，Taxonomy和RefSeq。NR/NT 数据库NR(Non-Redundant Prote
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2023-09-26 11:00:30
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今天打开网站时，突然报这个错误，平时都好好的 Cannot open database "JMECC" requested by the login. The login failed. Login failed for user 'NT AUTHORITY\IUSR'. 我的连接字符串是这样的，用
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2016-01-27 15:53:00
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1、taxonomy之简介生物分类学是研究生物系统的一种强有力的组织原则。遗传、共同遗传的同源性以及在确定功能时保护序列和结构，这些都是生物学的中心思想，直接关系到任何一组生物体的进化史。因此，分类法在许多NCBI工具和数据库中扮演着重要的交联角色。NCBI分类法数据库是对GenBank中表示的所有生物体的名称和分类进行整理的集合。当向GenBank提交新的序列时，将检查提交的序列中是否有新的生物
安装Anaconda，Anaconda是一个集成环境（基于机器学习和数据分析的开发环境）jupyter notebook基于浏览器的一种可视化开发工具安装Anaconda并配置环境变量后在工作目录进入终端中，输入jupyter notebook即可启动服务，并在浏览器中打开。浏览器中的根目录即工作目录。new python3 后可得一个以.ipynb为后缀名文件，是ipython notebook
引用网址：http://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=toolkit_doc&f=prefetchhttp://blog.csdn.net/likelet/article/details/8226368http://liuwei441005.blog.163.com/blog/static/135705811201449350
原创
2016-01-14 14:30:29
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sra数据的下载 1、打开ncbi官网，（测试的数据连接： https://genome.cshlp.org/content/24/8/1308.long） 2、 3、 4、依次点击 5、选择下载工具下载即可
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2021-07-31 11:40:00
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作者 | 罗贵林1.问题描述2018年9月13日一大早接到客户电话说核心数据库RAC两主机CPU使用很高，90%以上，系统操作缓慢，需要马上紧急处理。2.把问题想清楚CPU使用高一般有几种原因？可以从哪些方面入手分析？客户系统情况，故障是高峰期累积的还是突发的？一般CPU占用高是由排序、SQL解析、执行计划突变、全表扫描、会话阻塞等，可能的原因较多，需要抽丝剥茧，逐步定位根因；分析方法主要由主机t
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2023-11-28 13:25:18
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激活环境 运行 ascp如果安装好也可以用
原创
2022-03-18 09:57:27
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我是使用conda安装的这个软件，首先激活虚拟环境 下载 默认是保存在 ncbi 文件夹下 这样是sra格式的数据，还需要借助 fasterq...
原创
2022-03-18 10:31:37
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近日依旧收到不少老师的邮件，咨询如何将数据上传NCBI数据库的。今天小美就老话再谈，各位老师跟着小美再乘坐一次极速上传SRA的高铁，准备好了吗？Let's go!!!
老规矩，先注册一个“12306”的账号（已有账号的请跳过，*号标记必填，非*号标记可不填，下同）： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/account/register/然
当我们用Debug模式运行Discuz!NT项目的时候，我们会发现在页面的最下方有一个数据查询分析工具，非常的方便。当我们运行一个页面的时候，对sql的操作可以一目了然。当然，有些还是无法显示在页面上的，比如多个跳转的时候，最终显示的就只有一个页面的sql。不过也挺方便了。 如图： 这个数据库查询分
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2013-05-10 00:21:00
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