具有遗传性疾病和性状的遗传位点分析研究背景模型假设问题一：将碱基编码转换为数值编码问题二：找出疾病 A 最有可能的致病位点第二题的曼哈顿图问题三：找出与疾病 A 最有可能相关的基因第三题的曼哈顿图问题四：与 10 个性状有关联的位点写在最后 在正式参加研究僧数学建模比赛之前，想先做做题目练练手，因为是一名统计学的研究僧，所以选择了一道统计题，欢迎大家交流指正。实现的代码基本用的python，最后
摘要2019年12月爆发的新冠疫情之后，中国在世界层面表现出该有的大国担当，为人类健康提供全球性治疗帮助。SARS-CoV-2具有很高的传染性，其致病性和致死率都随着年龄的增长而增加，并具有很强的个体差异，为此深入了解其生物学特性的尤为重要。结构分析已经阐明了病毒结合区、突变和宿主中的特异性蛋白，如受体血管紧张素转换酶2(ACE2)和跨膜蛋白酶丝氨酸2(TMPRSS2)，它们与病毒进入细胞并形成感
文章目录MemAE原文地址论文阅读方法初识相知回顾代码 初识深度自编码器被广泛地用于无监督异常检测领域，但它存在一个问题：对于一些异常区域往往也能重构得很好，从而导致错误的检测结果。 本文给AE新增了一个Memory模块，构建MemAE：给定输入，将编码结果作为query去检索Mem模块中最相似的一项进行重构。在训练阶段，更新Mem模块中的内容构建正常样本的原型元素(prototypical e
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2024-08-05 21:13:43
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MEME 是一款用于研究 Motif 的 组合工具套。Motif 是指在一组序列中重复出现的相似的序列模式（pattern）。MEME包含多个小工具，如 MEME、STREME、 CentriMo、 AME、 FIMO、 Tomtom 等等。MEME 工具套的功能全面，包括 挖掘 Motif（Motif Discovery）、富集 Motif（Motif Enrichment）、查询 Motif（
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2024-04-29 20:12:56
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2021年国家自然科学基金结果出炉在即，首先预祝各位老师申请的本子都中标。回顾过往十年，RNA甲基化修饰一直是国家自然科学基金表观遗传学研究的热门领域，其中m6A更是占据其中大半江山。那么究竟什么是RNA甲基化，RNA甲基化又有哪些测序技术呢？m6A国家自然科学基因项目数量及资助金额 什么是RNA甲基化测序？在真核生物中，5’ 端的Cap以及3’ 的ployA修饰在转录调控中起到了十分重
文章目录Modeling biological sequences with HMMSParsing longer sequences.举例子Our frst HMM: Detecting GC-rich regionsRunning the model: Probability of a sequence维特比算法 Viterbi一个摸球例子回到课堂求解参数 来自Manolis Kellis教
研究背景大豆是重要的含油作物，水涝已导致全球大豆产量大幅下降。与宿主相关的微生物已显示出促进植物生长、营养吸收和非生物抗性的能力。基于NGS的高通量测序是分析微生物群落最常用的方法。然而，16S rRNA的部分区域测序并不能在属水平以下提供正确的分类信息，这极大地限制了对微生物生态学的研究。本研究利用二代测序单V4区和PacBio 16S rRNA全长测序，探讨了水涝对两种土壤类型大豆
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2024-10-24 16:42:18
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课程笔记第八周第一课第二课第9周非编码RNA相关背景长非编码RNA鉴定差异表达与聚类分析 第八周第一课利用深度测序技术研究转录组背景：转录组就是指细胞特定时刻基因表达谱的快照转录组通过定性定量研究，如实时荧光定量分析，对起始模板定量分析，可以检测目标转录组的表达水平。然而一次只能测定一个转录本，还要知道待检测转录本序列，因此难以用来检测未知序列基因芯片Micro array。但仍然需要知道待检测
MESI缓存一致性协议一、CPU高速缓存（Cache Memory）1、CPU为何高速缓存带高速缓存的CPU执行流程目前流行的多级缓存结构2、多核CPU缓存一致性协议MESI缓存行为分享3、MESI引入的问题1、CPU切换状态阻塞解决-存储缓存（Store - Bufferes）Store BUfferes：Store bufferes 的风险硬件内存模型 一、CPU高速缓存（Cache Mem
一、Memcached 1.1、memcached简介 Memcached 是一个高性能的分布式内存对象缓存系统，用于动态Web应用以减轻数据库负载。它通过在内存中缓存数据和对象来减少读取数据库的次数，从而提供动态、数据库驱动网站的速度。Memcached基于一个存储键/值对的hashmap。其守护进程（daemon ）是用C写的，但是客户端可以用任何语言来编写，并通过memcached协议与守
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2024-10-15 22:56:44
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前提看视频得来的内容，只知道不止4个区，但主要是这4个区。 四区 静态区
用于存放所有的全局变量和静态变量。
int a=10; //静态区
int main(){
static int b=20; //静态区
return 0;
} 代码区
就是存放程序的执行代码，运行时该区内容不可修改。 栈区
用于存放所有的局部auto变量（非static，非register等
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2024-05-17 13:16:51
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Memcached是danga.com（运营LiveJournal的技术团队）开发的一套分布式内存对象缓存系统，用于在动态系统中减少数据库负载，提升性能。关于这个东西，相信很多人都用过，本文意在通过对memcached的实现及代码分析，获得对这个出色的开源软件更深入的了解，并可以根据我们的需要对其进行更进一步的优化。末了将通过对BSM_Memcache扩展的分析，加深对memcached的使用方
第7章 配置STA环境 本章节描述了如何建立静态时序分析的环境。在分析STA结果时，正确的约束规范非常重要。正确的指定设计环境，STA才能找出设计中的所有时序问题。STA的准备工作包括，设置时钟、指定IO时序特性，设定伪路径和多周期路径。在进行下一章的时序验证之前，完全理解本章内容是非常重要的。7.1 什么是STA环境？（What is the STA Environment?） 大部分数
全面分析了三篇10+文章的思路和高端的作图方式，除了这些，文章中还出现了一个比较常见的图，那就是蛋白位点保守性分析图(是不是很熟悉)。 这种图经常出现在文章中，不知道大家是否会做这种图，今天笔者给大家分享几个在线小工具，保证你轻松搞定保守性分析。以下都以第三篇文章的stat3作为范例进行讲述。1. Clustal Omega进入该网站，网址为https://www.ebi.ac.uk/T
功能性状的谱系保守性分析是架起进化历程与生态过程的重要桥梁，是很多高阶分析的基础。谱系保守性是很多基于谱系的预测模型的基本前提，比如生态位模型、达尔文归化假说、预适应假说。去除谱系保守性的影响，是跨物种进行性状相关性分析的前提（侧重于适应性的协同进化分析，而非系统发育分析）。本次分享于2021年4月1日18:30在N2-146进行。示例数据Species H_N0 H_N2 H_N5 H_N10
BGP-----
边界网关协议 AS----
自治系统 AS
定义：由一个单一的机构或组织所管理的一系列
IP
网络及其设备所构成的集合
。 AS
划分的原因 整个网络规模较大，伴随的是路由表中的路由数量进一步增加，路由表规模变大，路由收敛速度变 慢，设备性能消耗加大。
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范围太大。 AS
之间可能是由不同的机构、公司，相互之间无法完全
NBS-LRR 基因家族是一种常见的抗病基因家族，该基因家族在所有抗病基因中占比超过 60％。一般被子植物的基因组中包含数百个 NBS-LRR 基因家族的基因。NBS-LRR 基因家族编码的蛋白可以分成 3 个结构域，TIR/CC/RPW8 + NBS + LRR，根据蛋白 N 端的结构域可以将 NBS-LRR 分为三类：T (TIR) NL、C (CC) NL 和 R (RPW8) NL。本文通
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2024-07-08 21:55:23
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1.引物最好在模板cDNA的保守区内设计。DNA序列的保守区是通过物种间相似序列的比较确定的。在NCBI上搜索不同物种的同一基因，通过序列分析软件（比如DNAman）比对（Alignment），各基因相同的序列就是该基因的保守区。2.引物长度一般在15~30碱基之间。引物长度（primer length）常用的是18-27 bp，但不应大于38，因为过长会导致其延伸温度大于74℃，不
生物信息学的首要任务之一就是从数据库中搜索同源序列，寻找保守的序列模式。而序列比对是最常用的方法，对于发现生物序列中的功能、结构和进化的信息具有非常重要的意义。下面给出序列比对的定义：定义:序列比对问题可以表示为一个五元组 MSA = ( , S , A , F) ,其中:(1) = ∑∪{ - } 为序列比对的符号集; “- ”表示空位( gap
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2024-07-01 21:19:23
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在上一篇文章中留下了个尾巴是关于EM算法在HMM隐马尔可夫模型的参数估计拓展上的应用.在学习EM算法以后,我们再去学习HMM的Baum-Weich算法就会相对的非常容易,Baum-Weich不过是EM算法的一种特例而已,这个算法是1972年提出的,Baum-Weich的出现甚至是早于EM算法的,这两者的关系有兴趣的同学.可以看看Satistical Methodsfor Speech Recogn
