文章目录Modeling biological sequences with HMMSParsing longer sequences.举例子Our frst HMM: Detecting GC-rich regionsRunning the model: Probability of a sequence维特比算法 Viterbi一个摸球例子回到课堂求解参数 来自Manolis Kellis教
摘要2019年12月爆发的新冠疫情之后，中国在世界层面表现出该有的大国担当，为人类健康提供全球性治疗帮助。SARS-CoV-2具有很高的传染性，其致病性和致死率都随着年龄的增长而增加，并具有很强的个体差异，为此深入了解其生物学特性的尤为重要。结构分析已经阐明了病毒结合区、突变和宿主中的特异性蛋白，如受体血管紧张素转换酶2(ACE2)和跨膜蛋白酶丝氨酸2(TMPRSS2)，它们与病毒进入细胞并形成感
MESI缓存一致性协议一、CPU高速缓存（Cache Memory）1、CPU为何高速缓存带高速缓存的CPU执行流程目前流行的多级缓存结构2、多核CPU缓存一致性协议MESI缓存行为分享3、MESI引入的问题1、CPU切换状态阻塞解决-存储缓存（Store - Bufferes）Store BUfferes：Store bufferes 的风险硬件内存模型 一、CPU高速缓存（Cache Mem
2021年国家自然科学基金结果出炉在即，首先预祝各位老师申请的本子都中标。回顾过往十年，RNA甲基化修饰一直是国家自然科学基金表观遗传学研究的热门领域，其中m6A更是占据其中大半江山。那么究竟什么是RNA甲基化，RNA甲基化又有哪些测序技术呢？m6A国家自然科学基因项目数量及资助金额 什么是RNA甲基化测序？在真核生物中，5’ 端的Cap以及3’ 的ployA修饰在转录调控中起到了十分重
研究背景大豆是重要的含油作物，水涝已导致全球大豆产量大幅下降。与宿主相关的微生物已显示出促进植物生长、营养吸收和非生物抗性的能力。基于NGS的高通量测序是分析微生物群落最常用的方法。然而，16S rRNA的部分区域测序并不能在属水平以下提供正确的分类信息，这极大地限制了对微生物生态学的研究。本研究利用二代测序单V4区和PacBio 16S rRNA全长测序，探讨了水涝对两种土壤类型大豆
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2024-10-24 16:42:18
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课程笔记第八周第一课第二课第9周非编码RNA相关背景长非编码RNA鉴定差异表达与聚类分析 第八周第一课利用深度测序技术研究转录组背景：转录组就是指细胞特定时刻基因表达谱的快照转录组通过定性定量研究，如实时荧光定量分析，对起始模板定量分析，可以检测目标转录组的表达水平。然而一次只能测定一个转录本，还要知道待检测转录本序列，因此难以用来检测未知序列基因芯片Micro array。但仍然需要知道待检测
第7章 配置STA环境 本章节描述了如何建立静态时序分析的环境。在分析STA结果时，正确的约束规范非常重要。正确的指定设计环境，STA才能找出设计中的所有时序问题。STA的准备工作包括，设置时钟、指定IO时序特性，设定伪路径和多周期路径。在进行下一章的时序验证之前，完全理解本章内容是非常重要的。7.1 什么是STA环境？（What is the STA Environment?） 大部分数
1.引物最好在模板cDNA的保守区内设计。DNA序列的保守区是通过物种间相似序列的比较确定的。在NCBI上搜索不同物种的同一基因，通过序列分析软件（比如DNAman）比对（Alignment），各基因相同的序列就是该基因的保守区。2.引物长度一般在15~30碱基之间。引物长度（primer length）常用的是18-27 bp，但不应大于38，因为过长会导致其延伸温度大于74℃，不
MEME 是一款用于研究 Motif 的 组合工具套。Motif 是指在一组序列中重复出现的相似的序列模式（pattern）。MEME包含多个小工具，如 MEME、STREME、 CentriMo、 AME、 FIMO、 Tomtom 等等。MEME 工具套的功能全面，包括 挖掘 Motif（Motif Discovery）、富集 Motif（Motif Enrichment）、查询 Motif（
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2024-04-29 20:12:56
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本文在上文Memory Network的基础上进行端到端的模型构建,减少生成答案时需要事实依据的监督项，在实际应用中应用意义更大。模型讲解及构建模型的结构如下图所示。图(a)是单层的模型，图(b)是多层模型（三层）。 以图（a）为例，输入有两个部分，使用输入集合表示上下文知识，使用输入向量q表示问题，使用输出向量表示预测答案。记忆网络模型通过对上下文集合S和问题向量q的数学变换，得到对应
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2024-07-02 08:11:03
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今天主要是分别使用和分析上篇中提到的客户端来分别说明各个客户端的不同.在使用这几个客户端这前先介绍memcached的一个管理及监控工具MemCacheD Manager.可以在http://allegiance.chi-town.com/MemCacheDManager.aspx下载后安装这个应用程序.通过此工具可以手动增加并本配置Memcached Server,并且可以监控每个Server的
N1-甲基腺苷（N1-methyladenosine，m1A）是一种普遍存在于真核生物tRNA、rRNA和mRNA且可逆的转录后RNA修饰。基于高通量测序技术最新研究揭示m1A RNA修饰在基因调控和生物过程中的关键作用：对RNA稳定性和翻译起始等过程有着重要调节作用，广泛参与多种疾病的发生和发展。m1A RNA修饰的检测，易基因采用基于抗体富集的甲基化RNA免疫沉淀测序方法（MeRIP-seq/
原文为《Sparc： a sparsitybased consensus algorithm for long erroneous sequencing reads》，鉴于PeerJ期刊2016年6月8日（影响因子为2.183，投稿命中率为52.22%，在各类SCI期刊中属于比较普通的水平）第三代测序(3GS
具有遗传性疾病和性状的遗传位点分析研究背景模型假设问题一：将碱基编码转换为数值编码问题二：找出疾病 A 最有可能的致病位点第二题的曼哈顿图问题三：找出与疾病 A 最有可能相关的基因第三题的曼哈顿图问题四：与 10 个性状有关联的位点写在最后 在正式参加研究僧数学建模比赛之前，想先做做题目练练手，因为是一名统计学的研究僧，所以选择了一道统计题，欢迎大家交流指正。实现的代码基本用的python，最后
+ `--threads <num_threads>`设置并行线程数。宿主去除和病毒序列提取：分析Centrifuge的输出报告，识别出被分类为宿主的reads并从原始数据中去除。提取被分类为病毒的reads，这些就是初步鉴定的病毒序列。病毒预测使用VirSorter进行嵌段式和整合式病毒的预测。首先，确保你已经安装了VirSorter和其依赖软件（如Python、BLAST+、Pro
实验目的熟悉蛋白质序列和结构的主要分析内容在实践中逐步理解蛋白质序列和结构的主要分析算法的基本原理实验内容综合使用多种在线工具，对蛋白质的一级、二级和三级结构进行分析和预测综合使用多种在线工具，对蛋白质的跨膜结构、翻译后修饰、亚细胞定位等进行分析和预测实验题目第一题：Nanog分析Nanog是2003年5月发现的一种转录因子，是一个有助于胚胎干细胞自我更新的关键因子，被认为在胚胎干细胞的全能性维持
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2024-07-18 20:29:54
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功能注释后如何做富集分析本文是为了回答知识一个提问，他为了用clusterProfiler做富集分析，打算构建一个OrgDb，也就是物种数据库。
提问
我之前写过用Bioconductor对基因组注释，用Bioconductor/AnnotationHub对模式植物的基因进行注释。昨天的推送，我讲过新物种的注释基本上都是基于同源相似性搜索数据库
问题是，如果一段DNA插入基因组某个或者某些位置了，但是我们不知道其具体位置，希望通过测序的方法来检测这些位置信息。最简单直接的办法当然是全基因组测序（最好还要是长度长的三代测序的），然后比对插入基因序列，找边缘序列（类似于嵌合体，一半是插入的基因序列，一半是基因组的序列）。但是这个办法相对来说成本比较高。那有没有相对简单的办法呢？答案当然是有的，就是Guide-seq。其基本原理如下图所示：图片
药物靶标的主要类型和结构特征1. 蛋白质2. 蛋白质作为药物靶标的几种常见类型2.1 酶2.2 受体2.3 离子通道3. 糖类4. 核酸参考文献 药物发挥药效，需要与生物体内具有特定功能的生物大分子结合，这个生物大分子就是药物靶标。药物可作用的靶标绝大多数是蛋白质，少量为核酸和糖。那么，它们有什么样的结构特征呢？ 1. 蛋白质蛋白质是构成生物体最基本的结构和功能物质，几乎参与了所有生命活动过程
文章目录MemAE原文地址论文阅读方法初识相知回顾代码 初识深度自编码器被广泛地用于无监督异常检测领域，但它存在一个问题：对于一些异常区域往往也能重构得很好，从而导致错误的检测结果。 本文给AE新增了一个Memory模块，构建MemAE：给定输入，将编码结果作为query去检索Mem模块中最相似的一项进行重构。在训练阶段，更新Mem模块中的内容构建正常样本的原型元素(prototypical e
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2024-08-05 21:13:43
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