摘要：本文主要研究一种新的可以选择性抑制JAK2治疗骨髓增殖性肿瘤的天然产物ZT55。JAK2-STAT信号通路是引起骨髓增殖性肿瘤的关键通路，而获得性突变体JAK2（V617F）成为引起真性红细胞增多症，原发性血小板增多症，原发性骨髓纤维化的主要原因，抑制JAK2活性可以达到治疗这些疾病的目的。第一代JAK蛋白抑制剂具有很好的治疗效果，但是不能选择性的抑制JAK2，造成很大的副作用，因此第二代J
特征选择的方法有两种：1）过滤方法，应用变量的统计特征来选择最终的特征集合应用的例子为，12625行特征，94列样本。目前要处理的问题是，对于样本来说特征太多了，这种大维度的数据，大多数的建模技术很难获得有意义的结果，所以首先要降低变量的数量，得到每个特征在所有样本上的总体分布情况。第一种方法：用中位数和四分位距（IQR）表示这些特征的分布，R包中Biobase科技计算矩阵中每行向量的中位数，ro
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2024-04-25 16:07:01
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人类基因组DNA有30亿个碱基（bp），其中10%是串联重复序列，称为卫星DNA。按重复单位的长短，又可分为大卫星、中卫星、小卫星和微卫星。STR: 短串联重复序列（short tandem repeats，STR）也称微卫星DNA（microsatellite DNA）, 通常是基因组中由1~6个碱基单元组成的一段DNA重复序列。STR序列符合孟德尔遗传定律，个体间存在相同的短串联重复序列，但重
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2023-12-20 21:31:29
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问 1：
在没有重复实验的情况下，用 RPKM 要怎么做检验呢？
答：
如果要用泊松分布做差异分析模型的话，必须要用 reads count 的。只有 RPKM值的话，可以用 RPKM 的公式反推 reads count 数，再做检验。
问 2：
Deseq 是怎么控制 reads 多重比对的？
答：
Deseq 只是一个差异分析的软件，多重比对的分配是在 Deseq 之前的。 De
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2024-06-18 10:28:24
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欢迎关注”生信修炼手册”!融合基因是指两个或者多个基因联合起来，共同转录形成一个转录本，融合基因可以作为某些
原创
2022-06-21 06:12:35
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×××是什麽？×××是一种基因病，×××的发生是多种基因突变长期累积的结果，从基因突变到演变为×××，需要几年那到十几年的时间；正常细胞生长基因突变累积至一癌细胞不断生长，导致恶性×××发病率和死亡率节节攀升基因突变逐渐累积定程度引发×××肿瘤甚至转移到其他器官；目前×××越来越年轻化；年轻×××患者于中国死亡人数占全球近1/4；80%以上的×××病人被确诊时已是中晚期，而早期发现的肿瘤患者有90%以上可以获得五年
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2018-12-30 15:00:21
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癌症的发生受到多种环境和生活方式因素的影响，其中吸烟为最知名的致癌因素之一。烟草中存在的重金属元素，包括砷（As）、铬（Cr）和镉（Cd），已被分类为Ⅰ类致癌物。此外，其他的重金属元素，如汞（Hg）和铅（Pb），也与癌症风险升高相关。然而，这些有毒重金属元素如何促进癌症的发生和进展的机制尚不明晰，需要进一步研究。既往研究表明，暴露于这些有毒元素可能导致基因组不稳定性。与此同时，高通量测
全外显子(Whole-exome sequencing)：（摘自http://www.sohu.com/a/135797054_419916）首先外显子组（Exome）是指真核生物基因组中全部外显子区域的总和，包含了蛋白质合成最直接的信息。外显子 组测序（Exome-seq）是利用设计好的探针试剂盒将坐标已知的全基因组外显子区域的DNA捕捉并富集后，进行高通量测序的基因组分析方法。 对
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2023-08-11 17:35:24
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如果AI是一种基因，那么在你的身体里，AI基因的占比有多少呢？
原创
2021-07-27 11:39:48
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TMB计算为什么要去除驱动突变1、什么是TMB2、TMB测序方法2.1 panel大小、测序深度2.2 影响TMB结果因素2.3 TMB阈值分析3、TMB计算规则3.1 WES3.2 Panel4、为什么要去除驱动突变4.1 “驱动突变”的定义4.2 驱动突变来源4.3 去除驱动突变原因5、为什么要纳入同义突变 1、什么是TMB 在WES和Panel中的定义不同。WES： TMB是指肿瘤基
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2024-09-24 16:12:54
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转基因、基因敲入/敲除动物技术已经成为现代生命科学基础研究和药物研发领域不可或缺的重要技术，该技术从上世纪七八十年代诞生以来，至今已有近四十年的历史，经典技术如DNA原核显微注射、胚胎干细胞显微注射技术一直以来经久不衰，在小鼠模型构建方面日趋完善，并且如同剪切酶和抗体等常规分子生物学试剂的制备技术一样，逐渐从基础研究实验室转向商业模式，成为一项高度标准化的新兴产业，催生了数以百计的创新药物和数以
文章目录Breeding Theory and Genetic Testing介绍循环选择原则一个典型繁殖周期的活动和种群基地的种群选择和育种部
原创
2022-12-17 11:22:19
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前言 早发现，早治疗：2020统计中国每年新发恶性肿瘤392万例，死亡233.8万例，平均每分钟4.5人死亡 肿瘤检测发展：临床——病理——分子——精准 肿瘤十大特征 持续增殖：EGFR，Ras，Raf，P13K，mTOR 细胞能量代谢重编程 抵抗细胞死亡：P53，Bcl2家族，caspase家族
原创
2022-06-01 09:42:47
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2025年2月7日，华大基因发布了一份投资者关系活动记录表，其中不仅对2024年的经营成果进行了全面总结，还对2025
基因组组装完后需要对基因组序列进行注释。注释前首先得构建基因模型，有三种策略： 同源预测(homology-based prediction)：有一些基因蛋白在相近物种间的保守型高，所以可以使用已有的高质量近缘物种注释信息通过序列联配的方式确定外显子边界和剪切位点基于转录组预测(transcriptome-based prediction)：通过物种的RNA-seq数据辅助注
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2023-08-07 12:12:43
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单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism，SNP),主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。它是人类可遗传的变异中最常见的一种。占所有已知多态性的90%以上。SNP在人类基因组中广泛存在，平均每500～1000个碱基对中就有1个，估计其总数可达300万个甚至更多。
SNP所表
N7-甲基鸟苷（N7-methylguanosine，m7G）是真核生物tRNA、rRNA和mRNA 5'cap中最丰富的修饰之一。作为一种重要的表观遗传修饰，m7G RNA甲基化在基因表达、加工代谢、蛋白质合成、转录稳定等方面发挥着重要的作用，参与疾病发生发展等多种生命过程。对于m7G RNA甲基化修饰的检测，易基因采用基于抗体富集的m7G-MeRIP-seq，利用m7G特异性抗体富集发生m7G
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2024-05-20 17:25:08
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# 基因法与Java
## 1. 介绍
基因法（Genetic Programming）是一种通过模拟自然进化过程来解决问题的方法。它模仿了生物进化中的遗传、突变和适应性等过程，通过不断迭代和优化，找到最优解决方案。在计算机领域，基因法被广泛应用于解决优化问题、机器学习、人工智能等领域。
Java作为一种广泛应用于软件开发的编程语言，也可以用于实现基因法。本文将介绍如何使用Java编写基因法
原创
2024-06-12 05:46:47
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一、安装PRSice（mac版）经试验我觉得直接从git hub中下载对应的安装包是最快的：https://github.com/choishingwan/PRSice，下载之后解压，解压文件如图所示PRSice_mac为软件的运行脚本PRSice.R是执行脚本的封装TOY开头的是数据集，分为BASE和TARGET两部分 *接下来可以先用这个数据集测试一下跟plink的安装一样，打开termina
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2024-01-22 05:43:01
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文章目录一、实验目的1、（学会）收集特定癌种特定药物的包含药物响应与否相关的基因表达谱数据（TCGA/GEO）2、（掌握）根据响应信息将样本划分为耐药或者敏感两类3、（掌握）构建分类器4、（学会）利用构建的分类器实现个体化耐药预测二、实验流程（1）搜集数据【数据使用的是平时研究的癌型】（2）根据响应信息将样本划分为耐药或者敏感两类（3）构建分类器【以下使用的分类器是weka软件中所构建的】①筛选
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2023-10-07 12:35:03
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