欢迎关注”生信修炼手册”!OncodriveCLUST是一款驱动基因识别软件， 主要针对功能获得性突变，即g
原创
2022-06-21 10:10:27
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这篇文章是撸主要介绍人脸识别经典方法的第一篇，后续会有其他方法更新。特征脸方法基本是将人脸识别推向真正可用的第一种方法，了解一下还是很有必要的。特征脸用到的理论基础PCA在另一篇博客里：特征脸(Eigenface)理论基础-PCA(主成分分析法) 。本文的参考资料附在最后了^_^步骤一：获取包含M张人脸图像的集合S。在我们的例子里有25张人脸图像（虽然是25个不同人的人脸的图像，但是看着
今天给大家介绍拉什大学的Shinya Tasaki 等人在Nature Machine Intelligence上发表的文章“Deep learning decodes the principles of differential gene expression”。作者在文章中提出了一个系统生物学模型DEcode来预测差异表达，并挖掘影响预测基因表达的因素的生物学基础，以了解其如何产生。作者在模型
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2024-02-24 11:17:15
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转基因、基因敲入/敲除动物技术已经成为现代生命科学基础研究和药物研发领域不可或缺的重要技术，该技术从上世纪七八十年代诞生以来，至今已有近四十年的历史，经典技术如DNA原核显微注射、胚胎干细胞显微注射技术一直以来经久不衰，在小鼠模型构建方面日趋完善，并且如同剪切酶和抗体等常规分子生物学试剂的制备技术一样，逐渐从基础研究实验室转向商业模式，成为一项高度标准化的新兴产业，催生了数以百计的创新药物和数以
第一讲：三位一体的基因概念一、三位一体的基因概念基因确切存在基因呈线状排列在染色体上基因决定某一特定性状基因可以突变基因可交换三位一体：基因是功能单位基因是突变单位基因是重组单位二、基因在染色体上的证据染色体在有丝分裂中的行为染色体在减数分裂中的行为白眼性状伴性遗传染色体不分离现象第二讲：三位一体基因概念的修正一、基因是突变单位的修正利用不同突变纯合子杂交得到杂合子一代，根据子一代表型是突变型还是
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2023-12-27 14:04:04
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小伙伴们，今天给大家介绍的是生物信息学分析中最基础的差异表达基因的筛选。筛选差异表达基因作为分析中最基础也是非常重要的一个环节，自然而然有多种筛选方法啦。11、倍数法用倍数分析基因表达水平差异。S1和S2是基因在两类样本中的表达值。FC>1，表示基因上调FC对于倍数法确定阈值比较困难，分析中通常以2倍差异为阈值。倍数法通常用于初步筛选差异表达基因。12、t检验法t检验法可以判断基因在两种不同条件下
原创
2021-03-28 06:48:35
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用R获取芯片探针与基因的对应关系三部曲-bioconductor现有的基因芯片种类不要太多了！soft和miniml都是表示该platform的基础信息，比如GPL编号，上传日期等，soft文件的部分内容如下但是重要而且常用的芯片并不多！ 一般分析芯片数据都需要把探针的ID切换成基因的ID，我一般喜欢用基因的entrez ID。 一般有三种方法可以得到芯片探针与gene的对应关系。 金标准当然是去
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2024-02-27 15:09:39
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# Python代码：差异表达基因识别 SPARK方法
## 介绍
在这篇文章中，我将向你介绍如何使用SPARK方法来实现差异表达基因识别的Python代码。差异表达基因识别是一种重要的生物信息学任务，它可以帮助我们理解基因在不同条件下的表达差异，从而揭示基因调控的机制。SPARK是一种快速的数据处理框架，可以帮助我们处理大规模的数据集。下面是整个实现过程的步骤：
## 步骤
| 步骤 |
原创
2023-08-21 08:39:50
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基因组组装完后需要对基因组序列进行注释。注释前首先得构建基因模型，有三种策略： 同源预测(homology-based prediction)：有一些基因蛋白在相近物种间的保守型高，所以可以使用已有的高质量近缘物种注释信息通过序列联配的方式确定外显子边界和剪切位点基于转录组预测(transcriptome-based prediction)：通过物种的RNA-seq数据辅助注
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2023-08-07 12:12:43
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摘要：本文主要研究一种新的可以选择性抑制JAK2治疗骨髓增殖性肿瘤的天然产物ZT55。JAK2-STAT信号通路是引起骨髓增殖性肿瘤的关键通路，而获得性突变体JAK2（V617F）成为引起真性红细胞增多症，原发性血小板增多症，原发性骨髓纤维化的主要原因，抑制JAK2活性可以达到治疗这些疾病的目的。第一代JAK蛋白抑制剂具有很好的治疗效果，但是不能选择性的抑制JAK2，造成很大的副作用，因此第二代J
# 基因法与Java
## 1. 介绍
基因法（Genetic Programming）是一种通过模拟自然进化过程来解决问题的方法。它模仿了生物进化中的遗传、突变和适应性等过程，通过不断迭代和优化，找到最优解决方案。在计算机领域，基因法被广泛应用于解决优化问题、机器学习、人工智能等领域。
Java作为一种广泛应用于软件开发的编程语言，也可以用于实现基因法。本文将介绍如何使用Java编写基因法
原创
2024-06-12 05:46:47
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TWAS方法用于分析与疾病或者特定性状想关联的基因表达，TWAS hub利用该方法分析了数百个复杂性状，并将分析结果做成了数据库，方便检索和查看，数据库网址如下http://twas-hub.org/该数据库使用了FUSION这款软件进行TWAS分析，相关结果通过以下两种方式查看1. TRAITS以性状为单位进行查看， 点击右上角的TRAITS按钮，会列出所有性状的TWAS结果，
原创
2022-06-22 05:00:03
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WGS(Whole Genome Sequencing)指将物种细胞里面完整的基因组序列全部DNA，检测并排列，此技术几乎能够鉴定出基因组上任何类型的突变。对于人类来说，全基因组测序的价值是极大的，它的信息包含了所有基因和生命特征之间的内在关联性，当然也意味着更大的数据解读和更高的技术挑战。测序，简单来说就是将DNA化学信号转变为计算机可处理的数字信号。第一代测序技术——sanger法Sanger
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2024-01-30 23:28:30
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前两天我们对GEO数据库来了一个大致的
介绍GEO数据集详细介绍GEO数据库介绍 (一)
。
我们对于目标数据集，我们做的第一个事情就
是差异分析，来寻找有差异的结果。
所有的表达芯片做的差异表达分析都是基于limma的算法来的。
我们今天介绍的这个GEO2R也只是把这个算法更加方便使用了而已。
PS：GEO2R只
现在做生物和医学的，很多都可能会和各种组学数据打交道。其中表达谱数据总是最常用的，也是比较好测的。即使在工作中不去测序，也可以利用已有的数据库去做一些数据挖掘，找一找不同表型（比如癌症）对应的marker或者调控的通路。这里跟大家推荐一款分析表达谱数据的神器GENE-E，亲测比较好用，满足常用需求，可以做各种热图，聚类，箱图，相似分析和标记筛选等等，而且非常小巧。  
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2024-07-30 20:33:23
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什么是遗传算法遗传算法（Genetic Algorithm, GA）的灵感来自于达尔文生物进化论的生物进化过程——“物竞天择，适者生存”，是一种模拟自然界进化过程的蕴含遗传学机理的进化算法（Evolutianary Algorithm, EA），用于“高效解决困难的优化问题”，简单地说，就是用来搜索最优解的。遗传算法的一般过程 遗传算法是从代表问题可能潜在的解集的一个种群（population）开
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2024-06-28 12:48:28
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什么是基因？基因是控制性状的基本遗传单位，决定着人的生老病死，是健康、靓丽、长寿之因，是生命的操纵者和调控者。人类约有两万至两万五千个基因。首先，我们应该了解一下染色体，DNA，RNA，基因之间的关系。基因的定义基因是控制生物性状的基本遗传单位。基因（遗传因子）是产生一条多肽链或功能RNA所需的全部核苷酸序列。也就是说，基因只是DNA链中的一个个片段。 每一片段会控制不同的性状。 按照基因结构，可
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2024-04-09 13:19:26
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生命科学的核心是生物技术，他的显著特点就是能跨越生物种属之间的界限，将遗传信息进行重组和转移。 目的基因是核心对象第一步就是获取和制备目的基因。 基因工程载体包括：质粒、噬菌体、病毒、黏粒及人工微小染色体。 体外构建的重组DNA分子必须导入受体细胞才能扩增与表达。 转入细菌和酵母细胞：化学转化和电场转化方法； 转入植物细胞：基因枪法和Ti质粒法； 转入动物细胞：显微注射法、逆转录病毒法、ES细胞法
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2023-07-18 16:15:44
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介绍基因表达(gene expression) 是指将来自基因的遗传信息合成功能性基因产物的过程。基因表达产物通常是蛋白质，但是非蛋白质编码基因如转移RNA（tRNA）或小核RNA（snRNA）基因的表达产物是功能性RNA。所有已知的生命，无论是真核生物（包括多细胞生物）、原核生物（细菌和古细菌）或病毒，都利用基因表达来合成生命的大分子。基因编码并可用于合成蛋白质，这个过程称为基因表达。在像人类这
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2024-05-08 20:02:00
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一个试管中就可以装下1万亿台，运算速度每秒钟可以达到10亿次，而它所需要的能量仅仅是传统电脑的10亿分之一，DNA计算机到底是什么？ 为什么DNA能够进行计算？你听说过用DNA计算机来进行人工智能计算吗？你听说过用DNA计算机来检测癌症么？ ——新石器公园本篇博客内容来自一个试管中就可以装下1万亿台，运算速度每秒钟可以达到10亿次，而它所需要的能量仅仅是传统电脑的10亿
