大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑做组学科研服务的易基因。今天给大家介绍一种全新的检测DNA羟甲基化的技术：APOBEC-coupled epigenetic sequencing，简称【ACE-seq】。 前言DNA序列中胞嘧啶（C）5’ 碳位结合一个甲基基团而转变成5mC的现象称为DNA基甲基化。在5mC去甲基化的过程中，其会被氧化成5hmC，这种新的修饰称为DNA羟甲基化。如图
DNA甲基化与肿瘤发生： DNA甲基化水平和模式的改变是肿瘤发生的一个重要因素。这些变化包括CpG岛局部的高甲基化和基因组DNA低甲基化状态。如图1左所示，在正常细胞中，位于抑癌基因启动子区域的CpG岛处于低水平或未甲基化状态，此时抑癌基因处于正常的开放状态，抑癌基因不断表达抑制肿瘤的发生。而在肿瘤细胞
最近在系统性整理DNA甲基化相关文献，也顺便在生信技能树分享教程：甲基化的一些基础知识甲基化芯片的一般分析流程 有意思的是，甲基化分析其实和普通的mRNA表达矩阵分析有很多概念问题是无法迁移的，包括质量控制，WGCNA分析，哪怕是简单的差异分析都有区别。标准差异分析系列教程虽然说拿到甲基化信号值矩阵后，仍然是可以走标准分析流程，火山图，热图，GO/KEGG数据库注释等等。这些流程的视频教程都在B站
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2024-01-15 09:14:27
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甲基化是蛋白质和核酸的一种重要的修饰，调节基因的表达和关闭，与癌症、衰老、老年痴呆等许多疾病密切相关，是表观遗传
原创
2023-11-07 11:36:38
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导语DNA甲基化是当前研究最多的表观遗传修饰，对于促进胚胎发育，基因组印记和X染色体失活等重要生物过程至关重要。在甲基化研究的技术手段中，Illumina In finium HumanMethylation450（HM450K）芯片，在癌症甲基化组数据集中占主导地位。TCGA数据库中收录的也是450K芯片的数据，今天要介绍的MethSurv就是基于TCGA、 GDAC Firehose数据集中的
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2023-08-21 11:12:32
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甲基化数据挖掘是生物信息学和计算生物学中的一个重要领域，它涉及到从甲基化数据中提取有用的信息，以便于理解基因表达调控的机制及其在疾病形成中的作用。甲基化是DNA的化学修饰之一，它在调控基因表达、细胞分化等生物过程中扮演了重要角色。因此，掌握有效的甲基化数据挖掘技术对于转化医学和基础研究均有重要意义。
> *引用块：甲基化的权威定义*
>
> 甲基化是DNA分子上特定碱基的外部甲基基团的添加过程，
参考资料：
1.医学分子生物学 第六章 第一节 表观遗传学-甲基化
2.医学分子生物学 第六章 第二节 表观遗传学-组蛋白修饰
3.组蛋白修饰是个啥1.什么是表观遗传学？举个例子：同卵双生的双胞胎个体，从遗传学角度说他们的DNA序列是一致的，但多种表型存在一些差异。经典的孟德尔遗传定律和生物学表型之间还存在另外一层调控因素，即表观遗传。表观遗传（Epigenetics）是指DNA序列未发生变化，但
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2024-05-06 13:08:41
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桓峰基因的教程不但教您怎么使用，还会定期分析一些相关的文章，学会教程只是基础，但是如果把分析结果整合到文章里面才是目的，觉得我们这些教程还不错，并且您按照我们的教程分析出来不错的结果发了文章记得告知我们，并在文章中感谢一下我们哦！公司英文名称：Kyoho Gene Technology (Beijing) Co.,Ltd.这期介绍一下GEO数据库中的甲基化芯片，方便大家进行数据集的选择和下载，进一
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。2022年09月30日，《Clin Transl Med 》杂志发表了题为“Comprehensive methylome sequencing reveals prognostic epigenetic biomarkers for prostate cancer mortality”的研究文章，通过全基因组DNA甲基化测序技术（WG
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2023-10-30 20:18:29
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大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 CpG密度（CpG density）与各种组织中的DNA甲基化相关。基因组按CpG密度分为：CpG岛（CpG island，CGI）、CpG岛上下游2kb以内的区域（CpG shore ，CpG岛岸）、CpG岛岸上下游2kb以内的区域（CpG shelve，CpG大陆架），一共5个区域，分别统计各区域的甲基化水平。 
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2023-10-17 11:16:41
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EWAS甲基化数据挖掘是分析表观遗传学的重要方法之一，特别是在肿瘤研究、复杂疾病和环境与健康的关系探讨中。随着高通量测序技术的发展，EWAS（环境与表观遗传关联研究）越来越受到关注，帮助研究者揭示DNA甲基化对表型的影响。
### 背景定位
在现代生物医学研究中，EWAS甲基化数据挖掘为解析基因与表型之间的关系提供了新视角。主要适用场景包括：
- **复杂疾病研究**：通过比较健康与疾病组的
大家好，这是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 2021年07月10日，《Biomolecules》杂志上发表一篇关于单细胞表观测序的综述文章，详细介绍了单细胞DNA甲基化的实验策略、分析方法、数据分析以及相关科研应用并讨论了单细胞甲基化测序的未来发展前景。以下为原文总结分享：Introduction在这篇综述中，作者概述了测序单细胞DNA甲基化图谱的方法，介绍
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2023-08-01 17:49:13
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大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。关于DNA甲基化测序：随着高通量测序技术的发展，我们能够从全基因组水平来分析5'-甲基胞嘧啶及组蛋白修饰等事件，发现很多基因组学研究发现不了的东西，这就是 "DNA甲基化测序"！且近年来测序成本的不断下降及测序技术的迭代更新，DNA甲基化测序方法可选择性更多了。那么常用的DNA甲基化测序技术有哪些呢？易基因提供全面的DNA甲基化研究整体
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2023-08-01 23:43:39
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大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。近年来，RNA m6A甲基化作为国家自然科学基金表观遗传学研究的热门领域，相关研究产出呈爆炸式增长，高分文章不断。本期，易基因通过对什么是RNA甲基化、m6A甲基化是否可逆、m6A甲基化的识别、m6A甲基化修饰的功能、m6A甲基化的主要研究方向、m6A甲基化检测技术工具的选择、m6A甲基化数据挖掘思路、m6A甲基化下游实验设计等八大核心
甲基化基础知识基础知识甲基化是表观修饰的一种表观遗传修饰是指对基因组功能的相关修饰，通过一系列生物学修饰改变基因的活性而不是DNA的核苷酸序列影响基因的表达。对基因组功能的相关修饰主要包括对DNA、RNA、以及组蛋白等的修饰，这些修饰改变了染色质的局部电化学特性和构象，从而调节基因的转录活性。DNA甲基化是表观遗传学领域一个重要的研究方向，真核生物中最常见的DNA修饰非5-甲基胞嘧啶（5mC）莫属
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2024-06-15 13:29:33
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摘要DNA甲基化（5mC）在哺乳动物发育，肿瘤发生，治疗反应和对环境的反应中起重要作用。DNA羟甲基化（5hmC）也是一个信息性的表观遗传标记，在生物调节和癌症中具有不同的作用。广泛使用的金标准（亚硫酸氢盐转化，其次是深度测序）不能区分5mC和5hmC。因此，需要额外的实验来区分这两个标记，且需要硅胶的方法来分析、整合和解释这些数据。作者开发了MethylationINTegration（mint
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2021-03-27 07:26:31
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RRBS甲基化流程分析流程和普通的测序分析一致，首先fastqc质量检测，接着对序列进行修剪，修剪后再质量检测；如果质量检测通过，则进行序列回帖，然后去除重复，计算甲基化程度，以及一些后续分析，本次后续分析使用R包methlykit以及edmr，还有其他一些甲基化分析软件可以参见附录。流程命令比对流程首先进行fastqc质量鉴定，如果需要的话，再去除接头，PS：去除接头后需要重新进行质量鉴定 接下
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2024-07-04 17:32:44
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测序名解 高通量测序领域常用名词解释大全 看看这么多不会的知识降降温 Q啥是高通量测序技术啊？A
英文名叫High-throughput sequencing，简称HTS,就是一次对几十到几百万条核酸分子进行序列测定呗。外号叫 下一代测序，也有人叫它深度测序。 Q那Sanger法测序又是什么玩意儿？
高通量测序叫下
文章目录加载数据甲基化差异分析甲基化可视化甲基化旭日图 TCGAbiolinks可以进行甲基化分析，但是功能不如 ChAMP强大，甲基化分析还是首推 ChAMP包。 不过为了了解TCGAbiolinks包，里面关于甲基化分析的部分还是要学习一下。主要是甲基化差异分析，甲基化的一些可视化，甲基化和转录组数据的联合作图。加载数据我们还是使用之前下载好的TCGA-COAD的甲基化β值矩阵。数据下载见这
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2024-04-19 09:24:59
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参考：Yuan Tian&Tiffany J Morris& Amy P Webster&Zhen Yang&Stephan Beck&Andrew Feber& Andrew E Teschendorff. The Chip Analysis Methylation Pipeline. 2021-10-26生信技能树。 850K甲基化芯片数据分析&
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2023-11-22 21:25:34
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