一级蛋白质和核酸数据库在分子生物学界是如此的司空见惯，以致于我们很少会去考虑这些普遍存在的工具是如何建立的。但是如果我们能够了解这些序列是如何汇集到一起的，这将有助于我们加深对生物学的理解，并且能够更加充分地发掘这些记录中蕴藏的信息。GenBank是美国国立卫生研究院维护的基因序列数据库，汇集并注释了所有公开的核酸以及蛋白质序列。每个记录代表了一个单独的、连续的、带有注释的DNA或RNA片段。这些...
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2010-07-26 19:33:00
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.tbl文件格式介绍 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Sequin/table.html 方法一：转换格式的perl脚...
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2022-03-09 10:42:38
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Genbank库包含了所有已知的核酸序列和蛋白质序列，以及与它们相关的文献著作和生物学注释。它是由美国国立生物技术信息中心(NCBI)建立和维护的。它的数据直接来源于测序工作者提交的序列；由测序中心提交的大量EST序列和其它测序数据；以及与其它数据机构协作交换数据而来。Genbank每天都会与欧洲分子生物学实验室(EMBL)的数据库，和日本的DNA数据库(DDBJ)交换数据，使这三个数据库的数据同
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2024-04-28 13:18:37
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教 程 目 录在本章中，我们将讨论Biopython提供的一些高级序列特征.补体和反向补体核苷酸序列可以是反向补充以获得新的序列.此外，补充序列可以反向补充以获得原始序列. Biopython提供了两种方法来实现这一功能 : 补充和反向补充.这个代码在下面和下面给出;>>> from Bio.Alphabet import IU
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2024-01-26 12:26:49
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NCBI的线粒体基因组数据库 ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/release/mitochondrion/ ...
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2022-03-18 11:16:19
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第一部分 自习室网络出奇的差，有时想打开NCBI网页下载文件时会一直在那里转圈圈，本来很简单的一件事有时却要浪费好长时间；恰好最近在学习 Bio...
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2022-03-09 10:43:29
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最近一直在看和植物叶绿体基因组有关的知识，其中有一项内容是分析叶绿体基因组的密码子偏向性，这就要求我们首先要拿到基因的CDS序列，在NCBI的o...
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2022-03-09 10:28:29
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序列解包任何的可迭代对象（iterable）都可以通过一个简单的赋值语句（或者说序列解包功能）同时赋值给多个变量，但前提是变量个数可可迭代对象中的元素个数要一致，否则会抛出异常。使用序列解包功能对多个变量同时赋值：>>>x,y,z=1,2,3
>>>x,y,z=range(3) #使用range对象进行序列解包
>>>tuple=(1,2
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2024-01-02 12:19:18
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1 介绍在基因结构分析或其他生物功能分析中会时常用到 CDS 序列，以及其他诸如 mRNA 序列，misc_RNA序列等具有生物意义的序列片段。而NCBI 的基因库中已经包含有这些的信息，但是只有一部分是整理可下载的。而剩下的一部分可以通过 genbank给出的位点信息来提取，个人能力有限，这里只做抛转之用。下面以提取 CDS 为例，记录提取序列过程，其他特征序列类似。2 结构目录3 Py...
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2022-03-08 14:14:37
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sms sampled from their native ...
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2023-05-02 23:16:10
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# 项目方案：使用Python批量提取GenBank文件中的mat_peptide区序列
## 一. 引言
在基因组学和生物信息学研究中，GenBank文件是记录基因组和相关生物数据的重要数据库。对于关注蛋白质序列的研究人员来说，提取mat_peptide区域的序列是进一步分析的关键一步。本文将介绍如何使用Python编写脚本，批量提取GenBank文件中的mat_peptide序列，并提供相
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2024-08-13 03:23:03
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找论文的时候偶然发现的这本参考书，个人感觉内容还挺丰富的，在这里推荐给大家 书名是 《Plant Bioinformatics Methods and Protocols》third edition我看了下是2022年出的 是最新的一版，全书总共28章第一章 Using GenBank and SRA
介绍了genbank和sra数据库的一些内容第二章 Scripting An
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2022-03-09 10:16:34
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一，背景与目标： 随着测序技术的快速发展，GenBank等数据库中存储了大量基因、蛋白序列信息，其中大部分尚无标注，如何充分利用GenBank等数据库现有数据资源，挖掘数据信息，为精准医疗、药物研发等生物大健康领域提供有价值的信息具有重要意义。目前这方面已有BLAST等生物信息技术可用，这里希望尝试机器学习技术在这方面的应用。 二，数据清洗与处理 数据来源于Kaggle竞赛（https://www
NCBI的检索软件ENtrez及两大数据库：GenBank和RefSeqEBI的核酸序列数据库EMBL及其它服务上面这两个主要是针对核酸的Swiss-Prot蛋白序列数据库(蛋白质服务用)PDB生物大分子三维结构数据库.SCOP蛋白质结构分类数据库。 Entrez及两大数据库:GenBank和RefSeqNCBI:美国国家生物技术信息中心(National Center for Biot
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2023-10-13 21:36:58
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NCBI的检索软件ENtrez及两大数据库：GenBank和RefSeqEBI的核酸序列数据库EMBL及其它服务上面这两个主要是针对核酸的Swiss-Prot蛋白序列数据库(蛋白质服务用)PDB生物大分子三维结构数据库.SCOP蛋白质结构分类数据库。 Entrez及两大数据库:GenBank和RefSeqNCBI:美国国家生物技术信息中心(National Center for Biot
NCBI（National Center for Biotechnology Information，美国国家生物技术信息中心）除了维护GenBank核酸序列数据库外，还提供数据分析和检索资源。NCBI资源包括Entrez、Entrez编程组件、MyNCBI、PubMed、PudMed Central、PubReader、Gene、the NCBI Taxonomy Browser、B
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2024-04-16 22:25:33
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数据下载 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_000006.12?report=genbank&from=31164337&to=31170682&strand=true1 读取常见的序列文件格式（fasta，gb）2 浏览 fasta 序列文件内容from Bio import SeqIO
# 读取包含单个
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2024-05-17 02:53:56
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from Bio import Entrez,SeqIO
import csv
# 参数设置
Entrez.email = "example@163.com"
Entrez.tool = "exampleScript"
def get_gbk(csv_file):
"""
从csv文件中获取GenBank Accessions，返回基因组登记号列表（gbk_List）
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2023-10-05 09:17:40
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【生物信息学学习】第一天：生物数据库使用生物数据库一、文献搜索（PubMed）1. 什么是PubMed2. PubMed存在的问题二、一级核酸数据库1. GenBank解读GenBank2. ENA3. DDBJ4. INSDC5. 基因组数据库Ensemble6. 微生物宏基因组数据库JCVI三、二级核酸数据库 本文内容均来自山东大学生物信息学课程生物数据库这一篇文章主要介绍生物信息学需要用到
1、taxonomy之简介生物分类学是研究生物系统的一种强有力的组织原则。遗传、共同遗传的同源性以及在确定功能时保护序列和结构，这些都是生物学的中心思想，直接关系到任何一组生物体的进化史。因此，分类法在许多NCBI工具和数据库中扮演着重要的交联角色。NCBI分类法数据库是对GenBank中表示的所有生物体的名称和分类进行整理的集合。当向GenBank提交新的序列时，将检查提交的序列中是否有新的生物
