# Newick格式和R语言数据分析
**摘要**
在现代生物学研究中，尤其是在系统分类和谱系分析领域，Newick格式作为一种广泛应用的树状结构表示方法，受到了研究者的广泛关注。本文将介绍Newick格式的基本概念，并通过R语言进行相关数据分析以及可视化展示。同时，我们还将展示一些简单的甘特图和饼状图。
## 什么是Newick格式？
Newick格式是一种用于表示树状结构（如系统发育
（二）牛顿迭代法 牛顿迭代法（Newton's method）又称为牛顿-拉夫逊方法（Newton-Raphson method），它是牛顿在17世纪提出的一种在实数域和复数域上近似求解方程的方法。多数方程不存在求根公式，因此求精确根非常困难，甚至不可能，从而寻找方程的近似根就显得特别重要。方法使用函数f(x)的泰勒级数的前面几项来寻找方程f(x) = 0的根。牛顿迭代法是求方程根的重要
转载
2023-06-21 19:43:40
211阅读
欢迎关注”生信修炼手册”!Newick 是最常见的进化树文件格式，了解这种格式之前，有必要先掌握树状结构的构
原创
2022-06-21 05:53:02
1257阅读
注： 本文是R语言sf包的核心开发者和维护者——来自德国明斯特大学的地理信息学教授：
Edzer Pebesma 的一篇关于sf包的简介，发表于2018年7月的R语言期刊，主要讲述了sf的定位、功能、开发现状及现存问题和今后展望，sf包是一个非常了不起的工具，在R语言中引入了空间数量分析领域通用的标准规范（simple feature），结合tidyverse工具箱组合
转载
2023-06-30 18:38:28
422阅读
1.单因素方差分析：适用于单因素A有两个水平或以上，研究个水平对因变量的影响正态假设条件：W检验shapiro.test():原假设为数据来自正态分布方差齐性条件：Bartlett检验（主要用于正态分布的数据） bartlett.test(x, g, ...)x是数据向量或列表（list）；g是因子向量，如果x是列表则忽略g。 当使用数据集时，也可以通过formula调用函数&
转载
2023-06-25 20:40:28
273阅读
R语言数据分析 听课笔记第三部分搏术目录R语言数据分析 听课笔记第三部分搏术观数以形：一维数据作图茎叶图直方图小提琴图箱线图小提琴图 + 箱线图观数以形：二维数据作图观数以形：高维数据作图三维散点图脸谱图平行坐标图11章 相随相伴，谓之关联关联规则 I关联规则 II关联规则 III分类：既是世间法，自当有分别近邻法， k-最近邻分类算法R语言实现树模型（决策树） CART算法R语言实现随机森林算法
转载
2023-09-14 13:22:06
115阅读
简介R语言主要用于数据可视化与统计分析，当然现在也可以通过扩展包实现数据挖掘等算法。与Python相比，R语言相当于天生就加载了NumPy,SciPy,Pandas的大多数功能。现在来介绍一些R语言的基本知识。正文一，入门操作1, 包（1）下载包install.packages(
c("xts", "zoo"),
lib = "some/other/folder/to/install/to",
转载
2023-08-15 21:49:10
143阅读
R语言是一种利基语言，除了研究学者和数据科学家，大部分的开发者对于这种动态语言都持欣赏的态度。当然，对于一个1993年首次开发的编程语言来说，R语言用户通过三百多万其实也没有太了不起。没错儿，R的年龄确实不算太小，但是由于缺乏JIT，所以R通常会很慢。R也是内存占用者，这是因为它有较大的对象，大量分配，并且有一个不移动的垃圾收集器。此外，R具有复杂的语义，这使得本科生和研究生很难在数据科学实验室中
转载
2023-09-07 21:18:28
117阅读
R语言使用dplyr包的groupby函数和summarise函数计算dataframe中不同分组的均值（分组为离散变量、被统计列为连续变量）目录R语言使用dplyr包的groupby函数和summarise函数计算dataframe中不同分组的均值（分组为离散变量、被统计列为连续变量）#导入包和库仿真数据1仿真数据2仿真数据3仿真数据4仿真数据5 R语言使用dplyr包的groupby
转载
2024-01-04 06:00:42
345阅读
R语言是进行统计分析和可视化的优秀语言(其实机器学习和网页制作也可以用R，小声说~|ω`)) R语言 相信大家在利用R语言进行数据分析的时候可能会有大数据分析需求。所谓大数据，很好理解，就是大样本高维度数据，这样的数据在当今信息爆炸时代，很是常见。比如医学数据，数据量大，维度极高，因为医学的检测指标多，而且随着基因测序特别是二代测序等高通量测序(High-throughput sequen
转载
2023-05-28 15:09:11
210阅读
安装R和Rstuido软件 R语言是用于统计分析，图形表示和报告的编程语言和软件环境；Rstudio是编辑、运行R语言的最为理想的工具之一。1、官网下载R安装包 下载地址为：https://cran.r-project.org 进入链接，如下图所示，在页面顶部提供了三个下载链接，分别对应三种操作系统：Windows、Mac和Linux。请选择自己操作系统对应的链接，接下来我将以windows为例给
转载
2023-08-10 13:02:35
214阅读
本节我们来学习如何在各个平台上安装和配置R语言开发环境。Windows安装您可以从R-3.4.1 for Windows(32/64位)下载Windows的Windows安装程序版本，并将其保存在本地目录中。打开下载页面如下所示 -因为它是Windows安装程序(.exe)，下载的名称为“R-3.4.1-win.exe”。只需双击并运行接受默认设置的安装程序即可。 如果您的Windows是32位版
转载
2023-08-10 17:18:21
645阅读
统计检验是将抽样结果和抽样分布相对照而作出判断的工作。主要分5个步骤：建立假设求抽样分布选择显著性水平和否定域计算检验统计量判定 —— 百度百科
假设检验(hypothesis test)亦称显著性检验(significant test)，是统计推断的另一重要内容，其目的是比较总体参数之间有无差别。假设检验的实质是判断观察到的“差别”是由抽样误差引起还是总体上的不同，目的是评价两种不同处理引起效应
转载
2023-10-07 22:38:46
236阅读
openNLP是NLP中比较好的开源工具，R语言中有openNLP packages，但是呢，貌似对中文的支持并不好，笔者试了试，发现结果并不如意。但是也算认识了一番，就来介绍一下。一些内容转载于白宁超老师：OpenNLP：驾驭文本，分词那些事————————————————————————————————————————一、openNLP简介维基百科：Apache OpenNLP库是一
转载
2023-11-21 14:41:26
67阅读
R操作关系型数据库基本要求： R语言基础，懂得一定SQL语法， 懂得使用搜索引擎目标： 学会使用DBI操作SQLite数据库简介R本身不具备数据库操作能力，需要额外的扩展包--DBI(database interface)。DBI将数据库管理分为前端和后端。用户在前端使用对应的API, 经由DBI转换成相应的底层操作.DBI分为三个部分：数据库驱动， 负责与数据库进行交互，比如说与SQLite数据
转载
2024-04-26 09:20:49
91阅读
在R语言编译器中，设置当前工作文件夹可以用setwd()函数。> setwd("e://桌面//")> setwd("e:\桌面\")> setwd("e:/桌面/")这三种结构都是可以编译通过的，但是在VS C#中却不行，只有一种能运行成功。（PS：R语言在VS中运行要先配置环境，还没配置的童鞋先要配置好，才可运行，如有问题可看我前面的随笔。）就是这种结构，engine.Eva
转载
2023-05-26 08:50:28
281阅读
R语言中有关绘图的包：base、grid、lattice及ggplot21.lattice包可生成栅栏图形 [plain] view plaincopy
1. library(lattice)
2. histogram(~height|voice.part,data=singer,
3. main="Distribution of He
转载
2024-02-05 14:41:39
127阅读
R语言如何计算矩阵的行均值？目录R语言如何计算矩阵的行均值？R语言是解决什么问题的？R语言如何计算矩阵的行均值？R语言是解决什么问题的？R 是一个有着统计分析功能及强大作图功能的软件系统，是由奥克兰大学统计学系的Ross Ihaka 和 Robert Gentleman 共同创立。由于R 受Becker, Chambers & Wilks 创立的S 和Sussman 的Scheme 两种语
转载
2023-08-07 10:38:41
50阅读
Nomogram，中文常称为诺莫图或者列线图，简单的说是将Logistic回归或Cox回归的结果进行可视化呈现。它根据所有自变量回归系数的大小来制定评分标准，给每个自变量的每种取值水平一个评分，对每个患者，就可计算得到一个总分，再通过得分与结局发生概率之间的转换函数来计算每个患者的结局时间发生的概率。 下图显示的 logisitc
回归的诺曼图。比如想知道年龄
70
岁的男性的患病风险，
转载
2023-09-10 15:14:22
183阅读
R语言入门学习笔记
从2018年秋季（大二上学期）开始接触R语言，曾在2019年寒假读过一遍本书的第一版，感觉受益匪浅，之后遇到问题也曾回头来查阅这本书，前几天刚学习过Simulink，趁现在有空再来温习这本书，回顾一下代码和各种命令，简单记录。虽然感觉R的功能和用途不如MATLAB广泛，但是需要派上用场的时候如果能熟练地运用真的是很好的体验。R用方括号
转载
2023-06-25 11:56:37
312阅读
