DeepDiff: Deep-learning for predicting Differential gene expression from histone modifications. Arshdeep Sekhon, Ritambhara Singh, and Yanjun Qi. Bioinformatics. 2019.1.背景基因调控是控制基因表达的过程。人体包含大量的不同的细胞类型
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2024-11-01 15:19:22
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之前我们介绍过一些用来预测基因在肿瘤当中表达情况的数据库。例如，GEPIA、UALCAN这些的。这些的数据库主要是通过输入目标基因，同时点击想要进行分析的模块就可以返回相关的结果。如果厌倦了点点点的话，那可以了解一下今天介绍的这个工具，这个工具可以通过对话框进行聊天就可以把分析做了的网站：DrBioRight(https://drbioright.org/landing/)。image背景数据库这
# R语言在TCGA数据中换基因的应用
在生物信息学和癌症基因组学领域，R语言是一种广泛使用的工具。本文将介绍如何在TCGA（The Cancer Genome Atlas）数据中进行基因转换（换基因），帮助研究人员更好地分析与癌症相关的基因数据。
## TCGA数据概述
TCGA项目收集了多个癌症类型的大量基因组数据，包括基因表达、基因突变、一系列临床信息等。研究人员可以利用这些数据探索癌
# 用R语言筛选基因上调和下调的步骤指南
在生物信息学研究中，筛选基因表达变化是分析基因组数据的基本任务之一。本文将为你详细介绍如何使用R语言筛选出基因上调和下调的组。我们将以一个流程图和一个状态图来指导你完成这项任务。
## 整体流程
以下是实现基因上调和下调筛选的整体步骤：
| 步骤 | 内容 |
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TCGA 基因ID转换 R语言
在生物信息学领域，TCGA（癌症基因组图谱）提供了丰富的基因组数据，使用 R 语言进行基因 ID 的转换是一项常见且重要的任务。在本文中，我们将深入探讨如何进行 TCGA 基因 ID 转换的相关技术细节和实现步骤。
### 版本对比
在进行 TCGA 基因 ID 的转换时，不同版本的 R 包提供了不同的功能和支持。以下是关于一些主要版本的比较以及兼容性分析的时
OrgDb库enrichGO默认gene type是entrezID，但其他OrgDb支持的类型（ENSEMBLE，SYMBOL等）都可以通过参数keyType指定。gene的ID type不一样，富集的结果也会有稍微的差异。 原gene list是entrezID，直接通过bitr转换成ensembl和symbol，分别做enrichGO。 发现entrezedID可能对应多个ENSEMBL的。
我前面写过 单基因GSEA分析策略（数据分析免费做活动继续） ，然后马上就碰到了一个求助，复现下面的图表！发表在Cancer Management and Research的简单数据挖掘杂志：Apolipoprotein C1 (APOC1) promotes tumor progression via MAPK signaling pathways in colorectal cancer，仔细
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2024-08-05 09:26:07
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Genomes captured during tumour spread作者：Jillian F. Wise & Michael S. Lawrence更好地理解导致癌症扩散的基因变化至关重要。对转移性癌症全基因组序列的全面研究将有助于研究人员实现这一目标。 癌症相关死亡的主要原因是癌细胞从其原发部位扩散到身体其他部位[1]。这种扩散过程被称为转移，通常涉及细胞应激源和环境冲击
## 从tcga基因id转换为R语言代码
在生物信息学研究中，我们经常需要将TCGA（The Cancer Genome Atlas）数据库中的基因ID转换为R语言中使用的格式，以进行后续的数据分析和可视化。本文将介绍如何将TCGA基因ID转换为R语言代码。
### 什么是TCGA基因ID？
TCGA基因ID是指在TCGA数据库中使用的一种特定的基因标识符，用于标记基因在不同样本中的表达情况
原创
2024-06-22 03:59:57
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# 利用R语言进行TCGA基因ID转换的实用指南
## 引言
癌症基因组图谱（The Cancer Genome Atlas, TCGA）是一个广泛应用于癌症研究的公共数据库，包含大量关于基因变异、表达和临床信息的数据。TCGA中的基因ID通常采用不同于其他数据库的命名方式，因此在分析和整合数据时，我们需要将TCGA基因ID转换为其他常用基因ID（如Ensembl ID或Entrez ID）。
转载生信技能树 https://mp.weixin.qq.com/s/JB_329LCWqo5dY6MLawfEA TCGA数据源- R包RTCGA的简单介绍- 首先安装及加载包- 指定任意基因从任意癌症里面获取芯片表达数据- 绘制指定基因在不同癌症的表达量区别boxplot- 更多boxplot参数- 指定任意基因从任意癌症里面获取测序表达数据- 用全部的rnaseq的表达数
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2024-02-25 19:41:30
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今天给大家介绍拉什大学的Shinya Tasaki 等人在Nature Machine Intelligence上发表的文章“Deep learning decodes the principles of differential gene expression”。作者在文章中提出了一个系统生物学模型DEcode来预测差异表达，并挖掘影响预测基因表达的因素的生物学基础，以了解其如何产生。作者在模型
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2024-02-24 11:17:15
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目录一、TCGA数据集介绍1.1 数据集介绍1.2 File介绍1.2.1 Data Category（数据类别）1.2.2 Data Type（数据类型）1.2.3 Experimental Strategy（实验策略）1.2.4 Workflow Type（工作流类型）1.2.5 Data Format（数据格式）1.2.6 Platform（平台）1.2.7 Access1.3 Case
A、lncRNA和miRNA的区分筛选，最后将患者ID和临床信息进行配比，...
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2023-05-07 20:04:03
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在整个生信技能树的历史上，就分享过两次价值一千元的：第一次是：TCGA的28篇教程-风险因子关联图-一个价值1000但是迟到的答案第二次是：(重磅！价值一千元的R代码送给你)芯片探针序列的基因组注释其中第二个教程是纯粹的R代码技巧，怕粉丝看不懂，我还刻意花了一个星期做铺垫：1 把fasta序列读入到R里面去2 使用refGenome加上dplyr玩转gtf文件3 把bam文件读入R，并且转为gra
人类基因组DNA有30亿个碱基（bp），其中10%是串联重复序列，称为卫星DNA。按重复单位的长短，又可分为大卫星、中卫星、小卫星和微卫星。STR: 短串联重复序列（short tandem repeats，STR）也称微卫星DNA（microsatellite DNA）, 通常是基因组中由1~6个碱基单元组成的一段DNA重复序列。STR序列符合孟德尔遗传定律，个体间存在相同的短串联重复序列，但重
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2023-12-20 21:31:29
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TCGA数据库下载数据 (2014-12-11 21:40:40)转载▼标签： tcga数据库分类： biologyTCGA数据库是癌症基因图集（Cancer Genome Atlas，TCGA）计划，将针对不同癌症的所有基因变异进行系统分析。网址：http://cancergenome.nih.gov/ 点击“lauch
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2024-01-23 10:37:08
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# Python TCGA处理基因注释
## 介绍
基因注释是对基因及其功能进行解释和注解的过程。在TCGA（The Cancer Genome Atlas）项目中，基因注释是非常重要的一步，它可以帮助研究人员理解基因在癌症中的角色和功能。Python是一种强大的编程语言，它可以用于处理TCGA数据并进行基因注释。本文将介绍如何使用Python处理TCGA数据并进行基因注释的方法。
## 安
原创
2023-09-29 05:36:55
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# 如何在R语言中实现关联基因分析
## 概述
在生物信息学中，关联基因分析是一种用来探索基因与特定表型之间的关联性的方法。在R语言中，我们可以通过一系列的步骤来实现关联基因分析。在本文中，我将向你介绍如何利用R语言进行关联基因分析，并给出相应的代码示例。
## 流程
以下是实现关联基因分析的流程：
```mermaid
pie
title 关联基因分析流程
"数据准备" :
原创
2024-02-27 05:05:33
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机器人路径规划_遗传算法 原理 遗传算法（GeneticAlgorithm）是模拟达尔文生物进化论的自然选择和遗传学机理的生物进化过程的计算模型，是一种通过模拟自然进化过程搜索最优解的方法。遗传算法是从代表问题可能潜在的解集的一个种群（population）开始的，而一个种群则由经过基因（gene）编码的一定数目的个体(individual)组成。每个个体实际上是染
