TCGA 基因ID转换 R语言
在生物信息学领域，TCGA（癌症基因组图谱）提供了丰富的基因组数据，使用 R 语言进行基因 ID 的转换是一项常见且重要的任务。在本文中，我们将深入探讨如何进行 TCGA 基因 ID 转换的相关技术细节和实现步骤。
### 版本对比
在进行 TCGA 基因 ID 的转换时，不同版本的 R 包提供了不同的功能和支持。以下是关于一些主要版本的比较以及兼容性分析的时
OrgDb库enrichGO默认gene type是entrezID，但其他OrgDb支持的类型（ENSEMBLE，SYMBOL等）都可以通过参数keyType指定。gene的ID type不一样，富集的结果也会有稍微的差异。 原gene list是entrezID，直接通过bitr转换成ensembl和symbol，分别做enrichGO。 发现entrezedID可能对应多个ENSEMBL的。
## 从tcga基因id转换为R语言代码
在生物信息学研究中，我们经常需要将TCGA（The Cancer Genome Atlas）数据库中的基因ID转换为R语言中使用的格式，以进行后续的数据分析和可视化。本文将介绍如何将TCGA基因ID转换为R语言代码。
### 什么是TCGA基因ID？
TCGA基因ID是指在TCGA数据库中使用的一种特定的基因标识符，用于标记基因在不同样本中的表达情况
原创
2024-06-22 03:59:57
209阅读
# 利用R语言进行TCGA基因ID转换的实用指南
## 引言
癌症基因组图谱（The Cancer Genome Atlas, TCGA）是一个广泛应用于癌症研究的公共数据库，包含大量关于基因变异、表达和临床信息的数据。TCGA中的基因ID通常采用不同于其他数据库的命名方式，因此在分析和整合数据时，我们需要将TCGA基因ID转换为其他常用基因ID（如Ensembl ID或Entrez ID）。
之前我们介绍过一些用来预测基因在肿瘤当中表达情况的数据库。例如，GEPIA、UALCAN这些的。这些的数据库主要是通过输入目标基因，同时点击想要进行分析的模块就可以返回相关的结果。如果厌倦了点点点的话，那可以了解一下今天介绍的这个工具，这个工具可以通过对话框进行聊天就可以把分析做了的网站：DrBioRight(https://drbioright.org/landing/)。image背景数据库这
# R语言在TCGA数据中换基因的应用
在生物信息学和癌症基因组学领域，R语言是一种广泛使用的工具。本文将介绍如何在TCGA（The Cancer Genome Atlas）数据中进行基因转换（换基因），帮助研究人员更好地分析与癌症相关的基因数据。
## TCGA数据概述
TCGA项目收集了多个癌症类型的大量基因组数据，包括基因表达、基因突变、一系列临床信息等。研究人员可以利用这些数据探索癌
零基础入门转录组数据分析——数据处理（自测序数据） 目录零基础入门转录组数据分析——数据处理（自测序数据）1. 原始数据集2. 数据处理（Rstudio）3. 数据标准化（Rstudio） 通常有的小伙伴会选择将自己的样本送到不同的测序公司进行测序，会出现以下几种情况：有的公司返回来的数据文件中是已经注释好的count（行为基因symbol，列为样本名），这种情况的可以直接用于后续的分析。但是有的
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2024-10-08 12:37:13
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我前面写过 单基因GSEA分析策略（数据分析免费做活动继续） ，然后马上就碰到了一个求助，复现下面的图表！发表在Cancer Management and Research的简单数据挖掘杂志：Apolipoprotein C1 (APOC1) promotes tumor progression via MAPK signaling pathways in colorectal cancer，仔细
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2024-08-05 09:26:07
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DeepDiff: Deep-learning for predicting Differential gene expression from histone modifications. Arshdeep Sekhon, Ritambhara Singh, and Yanjun Qi. Bioinformatics. 2019.1.背景基因调控是控制基因表达的过程。人体包含大量的不同的细胞类型
基因id转换为基因名是基因组学研究中常见的任务之一。在生物学研究中，基因id通常以一系列数字或字母的组合形式表示，这使得基因的理解和分析变得困难。因此，将基因id转换为基因名可以更好地帮助研究人员理解和解释基因功能、相互作用等。
在R语言中，有许多工具和库可用于基因id转换为基因名。下面将介绍一种常用的方法，并给出相应的代码示例。
## 安装依赖库
在开始之前，我们需要安装两个R语言的依赖库
原创
2024-01-02 09:36:10
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基因名字是我们日常数据分析、阅读文献中最常见的一类术语，以下根据自己工作经验探讨下基因名在生物信息学数据分析中常见的坑！坑1：一个基因有两种名字基因的名字分成两种：一种是给计算机看的，也就是各种数据库中的基因ID，最常用的基因id数据库来源包括：Ensembl，NCBI，UCSC等；另一种是给人看的，就是我们常见的gene symbol，例如TP53。所以，根据名字来判断是哪个数据库中的id，是数
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2024-10-08 21:08:14
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转载生信技能树 https://mp.weixin.qq.com/s/JB_329LCWqo5dY6MLawfEA TCGA数据源- R包RTCGA的简单介绍- 首先安装及加载包- 指定任意基因从任意癌症里面获取芯片表达数据- 绘制指定基因在不同癌症的表达量区别boxplot- 更多boxplot参数- 指定任意基因从任意癌症里面获取测序表达数据- 用全部的rnaseq的表达数
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2024-02-25 19:41:30
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Genomes captured during tumour spread作者：Jillian F. Wise & Michael S. Lawrence更好地理解导致癌症扩散的基因变化至关重要。对转移性癌症全基因组序列的全面研究将有助于研究人员实现这一目标。 癌症相关死亡的主要原因是癌细胞从其原发部位扩散到身体其他部位[1]。这种扩散过程被称为转移，通常涉及细胞应激源和环境冲击
GEO芯片数据下载和探针ID转换（保姆级教程）一、问题描述探针ID转换数据是否预处理过二、Rstudio的安装（建议阅读，避免后续转换时出错）安装包的下载安装步骤三、（正文）芯片数据下载和ID转换相关设置和包的加载数据下载 本文章主要参考了： ①R 语言的安装（详细教程） ②GEO芯片数据下载和探针ID转换一、问题描述探针ID转换我们需要的基因表达量信息在NCBI的GEO数据库中对应的编号为GS
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2024-04-04 15:09:19
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常见的基因功能富集分析方法可以认为分两代。(1)第一代:基于目标基因集预筛选的功能富集分析方法基本步骤包括两步：(a)从背景基因集合，按照一定固定阈值(例如，是否差异显著)筛选目标基因集。这属于一个二分类的策略，例如将基因分为差异表达与无差异表达的。(b)通过一些统计方法(例如，超几何检验)证明目标基因集(例如差异表达基因)的基因更多集中在某些通路中。第一代富集分析方法，简单易懂，所以我们常见的结
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2023-06-20 14:46:06
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## Symbols 的出现是为了什么呢？
* Symbols 是 JavaScript 最新推出的一种基本类型，它被当做对象属性时特别有用，但是有什么是它能做而 String 不能做的呢？
* 在我们开始探索 Symbols 功能之前，我们先来看一下被很多开发者忽略 JavaScript 的特性。
### 背景：
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2024-08-19 15:19:55
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1.bioMart包的介绍bioMart包是一个连接bioMart数据库的R语言接口，能通过这个软件包自由连接到bioMart数据库，这个包可以做以下几个工作： 1.查找某个基因在染色体上的位置。反之，给定染色体每一区间，返回该区间的基因； 2.通过EntrezGene的ID查找到相关序列的GO注释。反之，给定相关的GO注释，获取相关的EntrezGene的ID； 3.通过EntrezGene的I
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2023-10-12 12:44:51
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目录一、TCGA数据集介绍1.1 数据集介绍1.2 File介绍1.2.1 Data Category（数据类别）1.2.2 Data Type（数据类型）1.2.3 Experimental Strategy（实验策略）1.2.4 Workflow Type（工作流类型）1.2.5 Data Format（数据格式）1.2.6 Platform（平台）1.2.7 Access1.3 Case
用R获取芯片探针与基因的对应关系三部曲-bioconductor现有的基因芯片种类不要太多了！soft和miniml都是表示该platform的基础信息，比如GPL编号，上传日期等，soft文件的部分内容如下但是重要而且常用的芯片并不多！ 一般分析芯片数据都需要把探针的ID切换成基因的ID，我一般喜欢用基因的entrez ID。 一般有三种方法可以得到芯片探针与gene的对应关系。 金标准当然是去
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2024-02-27 15:09:39
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easyTCGA：让初学者也能感受"征服"TCGA的喜悦为什么要写这个R包生信数据挖掘必不可少要学习TCGA数据库，但是对于新手，经常卡在第一步：下载和整理数据。第一步完成了，又会卡在第二步，第三步：差异分析，生存分析…对于R语言大神来说都不是问题，非常简单的R语言操作而已。但是对于初学者很难理解。这几步操作又是必不可少的，我自己也经常需要重新下载整理数据。为了简化这几个流程，同时也是让初学者也能
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2023-10-25 15:02:59
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