系统聚类 系统聚类，即层次聚类法。先计算样本之间的距离，每次将距离最近的点合并到同一个类。然后，再计算类与类之间的距离，将距离最近的类合并为一个大类。最终经过不停的合并，直到合成了一个类。 正如样本之间的距离可以有不同的定义方法一样（欧氏距离、曼哈顿距离、马氏距离等），类与类之间的距离也有各种定义。例如可以定义类与类之间的距离为两类之间最近样本的距离，或者定义为两类之间最远样本的距离，
# 学习使用R语言在医学研究中的应用
## 简介
R语言因其强大的数据分析和可视化能力，广泛应用于医学统计和生物信息学等领域。本文将指导初学者如何在R语言中使用相关的医学统计包，帮助他们迅速上手。
## 流程概述
以下是实现“R语言医学用什么包”的整个流程：
| 步骤 | 描述 | 所需包 |
| ---- | ---- | ------ |
| 1 | 安装R和RStudio | 无
作者：黄天元，复旦大学博士在读，目前研究涉及文本挖掘、社交网络分析和机器学习等。希望与大家分享学习经验，推广并加深R语言在业界的应
转载
2023-12-19 10:53:17
182阅读
# R语言中的VIF函数：了解和使用
在数据分析中，多重共线性是一个常见的问题，它会影响回归模型的稳定性和解释能力。为了检测多重共线性，我们通常使用方差膨胀因子（Variance Inflation Factor，简称VIF）。在R语言中，VIF函数非常便利，主要由`car`包提供。本文将介绍VIF的基本概念，如何使用`vif`函数以及一些示例代码来帮助你更好地理解这一工具。
## 什么是方差
R包概述R包是什么为什么学习R包R包的结构R包的工作流程R包的创建预先准备包的创建DESCRIPTION的编写数据文件R函数R文档测试R文件项目文档生成参考资料 R包概述R包是什么R包，类似C、Python中库的概念，指包含特定领域的函数、数据、文档等的集合。通过调用包，可以直接使用包中现成的数据、函数等，使开发方便快捷高效。为什么学习R包R的强大在于包含了各种各样的包，使用包非常有利于便捷开发
转载
2023-09-23 21:15:39
199阅读
本文最后会附上小编用R绘制的一些图。在R中，包 (package) 是函数、数据和预编译码等以一种定义完善的格式组成的集合。一般来说，一个包负责解决某个具体问题，比如：graphics包由一些基本绘图函数构成，为R提供基本绘图功能。R中有两类包：标准包 (standard packages) 和贡献包 (contributed packages)。标准包：在R安装过程中事先已经安装好了，不需要再安
转载
2024-04-18 13:39:31
46阅读
R本身虽然只能以单线程的方式运行与计算，但它有大量的包提供了方便而多样的并行计算方式，支持包括SOCKET、MPI、PVM、NWS等等多种线程沟通方式。最流行最成熟的当然是MPI了，Rmpi包也因此相当受欢迎，在它的基础上可以实现各种MPI支持的并行编程范式。但要论简单易用，支持协议的多样性，就得说说snow包及其简化包装版snowfall包了。snow支持上面提到的四种线程沟通协议，所以即使没有
转载
2023-12-09 16:39:28
87阅读
本章介绍什么是函数，MySQL支持何种函数，以及如何使用这些函数。函数与其他大多数计算机语言一样，SQL也支持利用函数来处理数据。函数一般是在数据上执行的，它给数据的转换和处理提供了方便。例如在前一章中用来去掉串尾空格的RTrim()就是一个函数的例子。特点函数没有SQL的可移植性强函数的类型：用于处理文本串（如删除或填充值，转换值为大写或小写）的文本函数。用于在数值数据上进行算术操作（如返回绝对
转载
2023-08-11 17:55:04
81阅读
数据挖掘常用的语言有R语言，python，SQL等，其中R语言最受欢迎。（注：SQL Server包含微软研究院开发的两种数据挖掘算法：Microsoft决策树和Microsoft聚集，此外还支持第三方开发的算法。）R语言是由统计学家开发的，一款开源免费的统计绘图语言，可以提供数学统计分析，允许用户开发的包进行扩展，同时可以进行数据可视化，兼容多种格式的输入输出。在CRAN（Comprehensi
转载
2023-06-30 17:50:33
472阅读
vif()干啥用的计算 方差膨胀（variance-inflation） 和 广义线性方差膨胀因子（generalized variance-inflation factors for linear）。方差膨胀因子越小，多重共线性程度越小，自变量之间越没关系。具体解释见文末，看不看都行。咋用vif(model, merge_coef = FALSE)参数啥意思mode
转载
2023-08-09 20:56:07
329阅读
R语言是一种用于统计分析和数据可视化的编程语言。它提供了广泛的功能和包，使其成为数据科学家和统计学家的首选工具。那么，R语言使用什么来实现这些功能呢？
### R语言的实现
R语言的实现基于GNU S语言，它是由新西兰奥克兰大学的Ross Ihaka和Robert Gentleman于1993年开发的。R语言是一种解释性语言，它提供了一种交互式的环境，使用户能够直接执行命令并查看结果。同时，它
原创
2024-01-18 12:17:50
32阅读
首先介绍一下 R 这个在数据分析和统计学中使用的非常广泛的一门语言：
R 是一个数据分析、统计建模和作图的软件，它包含一门计算机语言称为 R 语言，R 语言与通常的 C、C++、Java 等编程语言相比，支持更多的数据类型，如向量、矩阵，并提供了多种统计和数学计算方法。R 软件是一个开源软件，可以免费地从其网站http://www.r-project.org 提供的镜像网站下载安装。另外，R
转载
2023-10-22 21:02:17
216阅读
R入门R语言介绍相较于其他的所有软件，R 的优势之一在于，它是专为数据分析而设计的，它是主要用于统计分析、绘图的语言和操作环境。R 是属于GNU 系统的一个自由、免费、源代码开放的软件，它是一个用于统计计算和统计制图的优秀工具。R 语言有一系列的数据可视化包，包括ggplot21及ggplot2拓展包2、lattice、leaflet、playwith、ggvis、ggmaps。R语言安装R可以在
转载
2023-08-31 09:16:29
207阅读
R语言是单线程的，如果数据量比较大的情况下最好用并行计算来处理数据，这样会获得运行速度倍数的提升。这里介绍一个基于Unix系统的并行程序包：multicore. 我们用三种不同的方式来进行一个简单的数据处理： 我们从 1000 genome project 数据库下载了VCF文件，现在需要手动提取出每个allele的 allele frequency(AF)值（vcftools 可以很好的
转载
2023-12-21 23:13:06
32阅读
热图解释及pheatmap绘制热图一、热图绘制原理1.1 热图介绍1.2 热图绘制准备——均一化1.3 热图绘制方式1.4 热图数据查看示例二、pheatmap包简介2.1 pheatmap介绍2.2 pheatmap详细参数解释2.3 pheatmap安装及加载三、pheatmap包绘制热图示例3.1 数据准备3.2 数据导入及绘图3.2.1 数据导入及列名调整3.2.2 热图绘制3.2.2.
转载
2023-08-29 18:51:09
819阅读
## R语言用什么包做Wilcoxon rank test
### 引言
在统计学中，Wilcoxon rank test是一种非参数的假设检验方法，用于比较两个相关样本或配对样本的中位数是否有差异。与t检验相比，Wilcoxon rank test不需要对数据进行正态分布的假设，因此适用于非正态分布的数据分析。
在R语言中，有多个包可以用于进行Wilcoxon rank test，其中最常
原创
2023-08-30 15:43:01
302阅读
R语言最好的IDE——RStudio|原作者: rickey |
摘要: 看到很多的R语言教材，介绍的编辑器或者IDE都是很简陋的那些，就没有见到有人提到RStudio。对于不使用Emacs的人来说，RStudio真的是一个很好很好的IDE。 http://www.rstudio.org/ 在这里就可以下载了，还支持多平台 ...
http://www.rstu
转载
2023-09-15 23:24:13
144阅读
R 2.14.0版本以后，parallel包被作为核心包引入R，这个包主要建立在 multicore 和 snow 包的工作基础之上，包含了这两个包大部分功能函数，以及集成了随机数发生器。实际上对于R来说，并行化可以在不同的层级上实现：比如，在最底层，现在的多核CPU可以实现一些基础的数值运算（比如整数和浮点算数）； 高级一点的，一些扩展BLAS包使用多线程并行处理向量和矩阵的操作，甚至有些R扩展
转载
2024-06-22 15:35:46
58阅读
回归分析：相关分析：是否相关，相关方向，相关程度7.1 一元线性回归7.1.1 拟合模型回归分析是将相关的因素进行测定，确定其因果关系，并以数学模型来表现其具体关系式，从而进行的各类统计分析。其主要步骤有：建立回归模型、求解回归模型中的参数、对回归模型进行检验等最小二程法：例：用R做线性回归：一个人的最大心率和年龄的关系是由方程MaxRate=220-Age来决定的。假设这是符合经验数据的，有15
转载
2023-06-21 10:11:32
115阅读
医学和生信笔记，专注R语言在临床医学中的使用，R语言数据分析和可视化。 文章目录前言2 x 2 两因素析因设计资料的方差分析I x J 两因素析因设计资料的方差分析I x J x K 三因素析因设计资料的方差分析正交设计资料的方差分析 前言这是R语言和医学统计学的第5篇内容。主要是用R语言复现课本中的例子。我使用的课本是孙振球主编的《医学统计学》第4版，封面如下：2 x 2 两因素析因设计资料的方
转载
2023-10-19 09:38:12
64阅读
