R语言|12. 森林图-1: 多因素Cox回归模型森林图 (基于forestplot包)本期开始介绍Cox回归模型可视化。 之前学习过的的临床回归模型可视化方法主要是森林图和列线图 (Nomogram)。 计划是介绍一下单因素、多因素、亚组分析、其他类型森林图绘制；列线图部分介绍下基本的变量筛选方法、绘制过程、验证方法（ROC/DCA/校准图/分组比较等）、网页版列线图。本期介绍for
Cox比例风险模型(cox proportional-hazards model)，简称Cox模型是由英国统计学家D.R.Cox(1972)年提出的一种半参数回归模型。该模型以生存结局和生存时间为应变量，可同时分析众多因素对生存期的影响，能分析带有截尾生存时间的资料，且不要求估计资料的生存分布类型Cox模型的基本假设为：在任意一个时间点，两组人群发生时间的风险比例是恒定的；或者说其危险曲线应该是成
转载
2023-08-27 19:34:52
816阅读
因为R的rmda包做不了COX回归临床决策曲线，很多朋友都是通过ggdca包来绘制COX回归临床决策曲线，最近很多粉丝使用ggdca包来绘制COX回归临床决策曲线出现问题过来问我，我绘制的时候没发现什么问题，所以也回答不了，但是我看了一些别的博主说是因为ggdca和survival包冲突，不能从R下载ggdca包，要从作者主页下载才可以，大家可以试一下。 好了，废话不多说，今天介绍R的dcu
转载
2023-06-25 10:50:27
497阅读
基因组规模上的聚合数据类型的相似性网络融合（本文是对similarity network fusion for aggregating data types on a genomic scale 整体文章的翻译，对于后面理论公式部分可以参照该朋友的笔记）摘要近期的技术已经使收集不同类型的全基因组数据十分划算，结合这些数据去创建一个给定的疾病或生物过程的一个全面视图的计算方法是有必要的。相似网络融合
转载
2024-06-18 05:53:42
154阅读
回归是用已知的数据集来预测另一个数据集，如保险精算师也许想在已知人们吸烟习惯的基础上预测其寿命。回归模型的输出是数字。 1、基准模型 如果我们要在不使用其他任何信息的情况下，尽可能做出接近事实的预测，那么平均输出作为结果是我们可以做的最好预测。在保险精算师的例子中，我们可以完全忽略一个人的健康记录并且预测其寿命等于人类平均寿命。 在讨论如何做出最好的合理预测之前，假如我们有一组虚构的保险统计数据
转载
2023-08-03 22:07:18
143阅读
# R语言cox回归预测代码实现
## 简介
本文将介绍如何使用R语言实现Cox回归模型进行预测。Cox回归是一种用于生存分析的统计模型，用于研究影响时间到达某一事件的因素。在本文中，我们将介绍整个实现过程，并提供相应的代码示例。
## 流程概述
下表展示了实现Cox回归预测代码的整个流程。
| 步骤 | 描述 |
|---|---|
| 步骤1 | 数据准备 |
| 步骤2 | 模型拟合
原创
2023-11-14 11:20:13
340阅读
基于Logistic回归的列线图1. 引用R包1 #install.packages("rms")2 library(rms) #引用rms包2. 读取文件1 setwd("C:\Users\000\Desktop\09_Nomogram") #设置工作目录2 rt 3 head(rt) #查看数据集rt▲ 在该数据集中，主要包含了年龄(Age)，性别(Gender)，BMI值，教育水平(Educ
转载
2023-09-14 13:26:51
221阅读
我们既往已经在文章《手把手教你使用R语言制作临床决策曲线》介绍了怎么使用rmda包制作了临床决策曲线，但是rmda包只能制作logistic回归模型的临床决策曲线，原来制作COX回归模型的stdca包R上下载不到。有粉丝留言向我推荐了ggDCA包，今天来演示一下怎么使用ggDCA包制作COX回归模型临床决策曲线。 ggDCA包由我们R语言大神，南方医科大学的博导Y叔制作，使用ggDCA包可以制作l
转载
2023-07-31 10:49:03
282阅读
0X01 前言变量之间关系可以分为两类：函数关系：反映了事务之间某种确定性关系相关关系：两个变量之间存在某种依存关系，但二者并不是一一对应的；反映了事务间不完全确定关系；相关系数(r)可以衡量这种相关关系。r的取值范围是[-1,1]，r=1表示完全正相关！r=-1表示完全负相关！r=0表示完全不相关。为什么要对相关系数进行显著性检验？1)实际上完全没有关系的变量，在利用样本数据进行计算时也可能得到
转载
2023-11-08 19:42:15
179阅读
# 用R语言进行Cox回归预测
Cox回归是一种用于生存分析的统计模型，用于研究影响事件发生时间的因素。在R语言中，我们可以利用`survival`包来实现Cox回归分析。下面将通过一个代码示例来展示如何使用R语言进行Cox回归预测。
## 数据准备
首先，我们需要准备一些生存分析的数据。这里我们使用`lung`数据集作为示例数据。`lung`数据集包含了用于研究肺癌患者生存时间的数据。
原创
2024-06-12 06:04:06
46阅读
#简单线性回归：
##常用绘图：
fit<-lm(weight~height,data=women)
summary(fit)
plot(women$height,women$weight,xlab="Height (in inches)",ylab="Weight (in pounds)")
abline(fit)
fit2<-lm(mpg~wt+I(wt^2),data
转载
2024-01-21 08:08:49
131阅读
# R语言 Cox回归分析预测值实现教程
## 介绍
在这篇文章中，我将指导你如何使用R语言进行Cox回归分析的预测值计算。作为一名经验丰富的开发者，我将帮助你了解整个流程，并提供每一个步骤所需的代码和注释。
## 流程
首先让我们来看一下整个流程的步骤：
```mermaid
stateDiagram
[*] --> 开始
开始 --> 数据准备
数据准备 -->
原创
2024-07-07 03:36:19
98阅读
比例风险回归模型（Proportional hazards model），又称为Cox模型（一种半参数模型），模型用于描述不随时间变化的多个特征对于在某一时刻死亡率的影响，Cox模型是生存分析中的一个常用模型；首先考虑Cox模型的产生动机，假如我们现在要研究一个人从出生开始，到时刻死亡的概率为多大，直观来看：一方面，受到时间推移影响，一个健康的人，随着年龄增大，死亡的概率也会逐渐增大；另一方面，生
转载
2023-11-12 08:05:08
661阅读
在Cox比例风险模型（考克斯，1972年）基本上是常用的统计在医学研究调查的患者和一个或多个预测变量的存活时间之间的关联回归模型。在本文中，我们将描述Cox回归模型，并提供使用R软件的实例。需要进行多元统计建模在临床研究中，有许多情况下，几个已知量（称为协变量）可能影响患者。统计模型是一个经常使用的工具，可以同时分析多个因素的生存情况。另外，统计模型提供了每个因素的效应大小。Cox比例风险模型的基
转载
2023-07-04 20:58:49
4151阅读
各位芝士好友，今天我们来聊一聊lasso回归算法。与预后有关的文章，传统的做法一般会选择多变量cox回归，高级做法自然就是我们今天的lasso分析。 首先我们先来几篇文献，看一下lasso最近发的两篇文章，如下：
&nbs
转载
2024-02-05 16:01:55
344阅读
# R语言Cox回归模型构建及验证
## 引言
在生存分析领域，Cox回归模型是一种重要的统计工具。它可以用于预测个体在给定时间点发生事件的风险。R语言作为一种强大的数据分析工具，提供了丰富的包和函数来构建和验证Cox回归模型。本文将介绍如何使用R语言构建和验证Cox回归模型，并提供相应的代码示例。
## Cox回归模型简介
Cox回归模型是一种半参数模型，它可以考虑多个预测因素对个体生存时间
原创
2024-01-10 04:44:19
1004阅读
# R语言 cox回归IDI
## 介绍
Cox回归是一种广泛应用于生存分析的统计模型。它可以用于估计危险比例（Hazard Ratio），评估某个变量对生存时间的影响。而IDI（Integrated Discrimination Improvement）是一种用于评估模型性能改进的指标。本文将介绍如何使用R语言进行Cox回归分析，并计算IDI指标。
## 数据准备
我们首先需要准备一个包含生
原创
2023-09-07 05:44:02
208阅读
在生存分析中，探究生存时间的影响因素是一个重要的研究内容，通过KM和log-rank test检验的方法，只能够处理单个二分类因素的生存数据。当想探究多个因素或者离散型变量对生存时间的影响时，我们就需要借助于cox回归方法。cox回归的全称如下cox proportional hazards regression model称之为cox等比例风险回归模型， 对应的公式如下将上述公式进行log转换，
转载
2023-08-25 16:40:43
527阅读
上次介绍了生存分析中的寿命表、K-M曲线、logrank检验、最佳切点的寻找等，本次主要介绍Cox回归。本推文不涉及理论，只有实操，想要了解生存分析的理论的请自行学习。Cox回归使用survival包中的lung数据集用于演示，这是一份关于肺癌患者的生存数据。time是生存时间，以天为单位，status是生存状态，1代表删失，2代表死亡。rm(list = ls())
library(surviv
转载
2024-03-05 11:01:10
200阅读
# R语言lasso回归cox
## 简介
Lasso回归（Least Absolute Shrinkage and Selection Operator regression）是一种用于模型选择和参数估计的统计方法。Lasso回归通过对回归系数进行惩罚来实现变量选择，使得部分回归系数变为0，从而实现特征选择和模型简化。
Cox回归是一种用于生存分析的方法，可以用于预测事件发生的概率。Cox
原创
2023-09-22 14:21:37
239阅读
