前两篇文章我们介绍了 Jupyter Notebook 的一些基础用法，今天我们来介绍一下如何使用 conda 和 Jupyter 在 R 中开始一个数据科学项目。在开始之前我们先要明确一个概念：Kernel，即内核。内核是以特定的编程语言运行交互式代码并将输出返回给用户的进程，基于 Kernel，Jupyter Notebook 可以支持包括 R、Python 在内的多种编程语言。由于 Jupy
## 如何在R中实现KEGG通路图
KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）数据库为生物信息学提供了丰富的生物通路、基因组数据和药物信息。在生物数据分析中，通路图的可视化能帮助我们理解生物过程。本文将带领你一步步实现R语言中的KEGG通路图。
### 实现流程
以下是实现KEGG通路图的基本流程：
| 步骤 | 描述
原创
2024-08-07 11:57:38
472阅读
KEGG的简介KEGG是一个整合了基因组、化学和系统功能信息的数据库。把从已经完整测序的基因组中得到的基因目录与更高级别的细胞、物种和生态系统水平的系统功能关联起来是KEGG数据库的特色之一。与其他数据库相比，KEGG 的一个显著特点就是具有强大的图形功能，它利用图形而不是繁缛的文字来介绍众多的代谢途径以及各途径之间的关系，这样可以使研究者能够对其关注的代谢途径有直观全面的了解。KEGG 数据库于
# R语言kegg通路富集分析
## 什么是kegg通路富集分析？
在生物信息学研究中，kegg通路富集分析是一种常用的生物信息学分析方法，用于揭示不同基因集在特定的生物通路中的富集情况，从而帮助研究者理解基因在生物学过程中的功能和相互关系。KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）是一个包含了各种生物通路信息的数据库，通过对基因表达数据进行ke
原创
2024-04-06 06:31:07
958阅读
# R语言在KEGG通路分析中的应用
在生物信息学领域，通路分析是探索基因和蛋白质在生物代谢、信号转导等方面相互作用的重要工具。KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）数据库为生物学研究提供了大量的代谢通路和细胞信号途径的信息。本文将介绍如何使用R语言进行KEGG通路分析，并给出相关的代码示例。
## KEGG通路分析的必要性
KEGG数据库
原创
2024-08-09 14:57:32
759阅读
学习目标RNA-seq
了解如何设计实验
R1. 简介在过去的十年中，RNA-seq 已成为转录组差异表达基因和 mRNA在本教程中，将借助许多R包，带你进行一个完整的 RNA-seq workflow
2. 数据集本教程将使用Kenny PJ et al, Cell Rep 2014[1] 中的一部分数据进行演示。实验是在 HEK293F细胞中进行的，这些细胞，
# 如何实现R语言KEGG和弦图代码
## 概述
欢迎，小白，很高兴你对R语言KEGG和弦图代码感兴趣。我将帮助你学习如何实现这一功能。首先，让我们了解整个流程。
### 流程概览
下面是一个展示整个实现KEGG和弦图代码的流程的表格：
| 步骤 | 描述 |
|------|-----|
| 1 | 下载KEGG数据 |
| 2 | 数据预处理 |
| 3 | 绘制和弦图
原创
2024-03-16 06:30:12
268阅读
系列文章目录文章目录 单细胞测序流程（一）简介与数据下载单细胞测序流程（二）数据整理单细胞测序流程（三）质控和数据过滤——Seurat包分析，小提琴图和基因离差散点图单细胞测序流程（四）主成分分析——PCA单细胞测序流程（五）t-sne聚类分析和寻找marker基因单细胞测序流程（六）单细胞的细胞类型的注释单细胞测序流程（七）单细胞的细胞类型轨迹分析单细胞测序流程（八）单细胞的marker基因转化
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2023-11-09 00:56:29
313阅读
×××S 2012 高级图表类型 -- 气泡图与散点图 气泡图与散点图的性质都非常类似，通常是应用在显示两个连续变量之间的相关性。例如，在销售报表中，除了单独看销售数量与销售金额之外，同时也会想要知道这两个数值之间的相关性（趋势线），同时看看有无商品是否偏离这个趋势（销售数量高却销售金额低于平均），即可应用散点图来制作图表。至于气泡图则是较散点图多纳入一组连续变量，借由此连续变量的数值来
做完通路富集分析，拿到几十条富集通路后，我们经常会寻找与“某关键词”相关的通路。例如与癌症相关的通路，与免疫相关的通路，与代谢相关的通路等等。单纯从名字来看，面对几十甚至上百个英文通路名，一时半会还真分不清。今天，给大家带来一款实用的KEGG Pathway通路汇总小工具。使用这款工具，我们可以快速找到感兴趣的通路，例如癌症相关通路，免疫相关通路等，并最终汇总成一张美图。汇总原理KEGG官网页面上
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2024-04-07 09:32:36
279阅读
# R语言会诊KEGG弦图
在生物信息学中，基因组和生物通路的研究日益受到重视。KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）数据库提供了丰富的生物通路信息，有助于研究基因、蛋白质及其相互作用。在这些研究中，弦图（Chord Diagram）是一种有效的可视化方式，可以帮助我们理解不同基因或物质在生物通路中的相互关系。本文将通过 R 语言介绍如何利用
原创
2024-10-18 06:25:00
250阅读
# R语言绘制KEGG气泡图
## 引言
KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）是一种用于研究基因功能和代谢通路的数据库。气泡图是一种常用的数据可视化图表，通过圆形的气泡来表示不同的数据，大小和颜色可以反映出数据的大小关系。在生物信息学研究中，我们常常需要将基因或代谢物在Kegg通路中的富集情况可视化，以便更好地理解数据。本文将介绍如何使用R
原创
2023-10-15 05:12:42
692阅读
R语言中KEGG网络图的使用，特别是在生物信息学和计算生物学领域，成为了不可或缺的分析工具。KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）数据库提供了一系列的信号通路、代谢通路等功能模块，这对于理解基因功能、疾病机制以及药物作用机制等方面都具有重要意义。
### 技术定位
R语言因其强大的统计功能与丰富的生物信息学包，已经发展出了众多用于构建和分析KE
R parallel包实现多线程，提高运行效率
并行执行Yes! Well done! Socket clusters are initialized without variables, so a_global_var wasn't found. Fork clusters take a copy of global variables, but ch
GSEA文件准备setwd("F:\\GEO\\GEO芯片数据/")
##下载好的载入
load('GSE35896_eSet.Rdata')
a=gset[[1]]
##取出第一个元素赋值给一个对象a
dat=exprs(a)
#a现在是一个对象，取a这个对象通过看说明书知道要用exprs这个函数，该函数得到表达矩阵
#现在 得到的dat就是一个表达矩阵，只不过基因的ID是探针名
dim
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2023-06-25 13:04:35
223阅读
手把手教你看KEGG通路图！ 亲爱的小伙伴们，是不是正关注代谢通路研究？或者你正面对数据，绞尽脑汁？小编当然不能让亲们这么辛苦，今天就跟大家分享KEGG代谢通路图的正确解读方法，还在迷糊中的小伙伴赶紧mark起来吧~ 怎么看KEGG中代谢通路图?KEGG，Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes，京都基因和基因组百科全书，是系统分析基因功能，联系基
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2024-02-06 20:13:20
806阅读
# 用 R 语言绘制通路图
通路图是一种常见的数据可视化形式，通常用于展示不同元素间的关系和流动。R 语言作为一种强大的数据分析工具，提供了丰富的数据可视化包，使得绘制通路图变得非常简单。本文将介绍如何使用 R 语言来绘制通路图，并为您提供示例代码。
## 安装所需的 R 包
在开始之前，我们需要安装一些必备的 R 包。这些包不仅包括用于绘图的 `ggplot2`，还包括用于绘制网络图的 `
原创
2024-08-07 07:17:39
129阅读
# 使用R语言进行KEGG分析
## 介绍
在生物信息学领域，KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）是一个非常重要的数据库和工具，用于对基因组、基因、蛋白质和代谢途径进行注释和分析。本文旨在向新手开发者介绍如何使用R语言实现KEGG分析。
## 流程图
```mermaid
flowchart TD
start(开始)
step1[下载KE
原创
2024-01-21 09:22:54
250阅读
# R语言绘制KEGG气泡图
 是一种用于描述生物系统功能和嵌入知识的数据库。KEGG气泡图是一种常用的可视化工具，可以用于展示基因、代谢物或其他生物实体在不同分类中的丰度或数量。在本文中，我们将使用R语言绘制KEGG气泡图的步骤和示例代码进行介绍。
## 准备工
原创
2023-10-03 11:32:49
505阅读
前面的课程中，我们学习了GO/KEGG功能富集分析的操作步骤，并给大家演示了如果使用R语言绘制高级气泡图。之后，同学们都非常积极地拿着代码在自己的电脑上进行操作，基本也能够顺利完成，但也有一些同学可能对R或者RStudio的操作还不是很熟悉，遇到一些R包和Rstudio操作的问题。而猎豹师兄我，作为晚期重度强迫症患者，是坚决不允许这种有人学不会的情况发生的！另外，最近几期有关挖掘GEO速成SCI文
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2023-10-25 22:24:07
37阅读
