在现代软件开发中，ATAC架构（Adaptive, Translucent, Agile, Continuous）因其灵活性和适应性而备受关注。不过，了解如何有效解决与此架构有关的问题却是一项挑战。在本文中，我将分享解决ATAC架构问题的过程，涵盖背景描述、技术原理、架构解析、源码分析、案例分析和扩展讨论。
## 背景描述
ATAC架构的设计初衷是为了解决快速变化的业务需求和技术环境。其灵活性
前一段时间在博客中公布了我们的计划，我们采用博客的形式将对ArcGIS10.1 for Server进行全面介绍。但这种形式有一定的遗憾：缺少互动的空间，所以我们希望广大爱好者能将自己感兴趣的话题在博客的后面提出来，我们一起讨论，一起研究，现在我们言归正传，正式开始我们ArcGIS 10.1 for Server博客系列的第一篇------ArcGIS 10.1 for Server 架构。&nb
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2023-11-07 08:53:53
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1. 重复元素判定以下方法可以检查给定列表是不是存在重复元素，它会使用 set() 函数来移除所有重复元素。def all_unique(lst):
return len(lst) == len(set(lst))
x = [1,1,2,2,3,2,3,4,5,6]
y = [1,2,3,4,5]
all_unique(x) # False
all_unique(y) # True2.
# ATAC数据分析中的去重技巧
在生物信息学中，ATAC-seq（Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing）是一种常用的技术，用于研究染色质的开放状态和调控区域。这种技术生成大量的测序数据，因此数据清理和去重是ATAC数据分析中的重要步骤。本文将介绍ATAC数据分析中的去重方法，包括一些代码示例和相关的概念。
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杜雨，EasyCharts 最近写了不少关于网页数据抓取的内容，大多涉及的是网页请求方面的，无论是传统的RCurl还是新锐大杀器httr,这两个包是R语言中最为主流的网页请求库。但是整个数据抓取的流程中，网页请求仅仅是第一步，而请求获取到网页之后，数据是嵌套在错综复杂的html/xml文件中的，因而需要我们熟练掌握一两种网页解析语法。RCurl包是R语言中比较传统和古老的网页请求包，其功能及
ENCODE称之为基因组百科全书，该数据库包含了基因组学，转录组学，表观遗传学等许多组学的数据。在提供公共数据的同时，还开源了许多组学数据分析的pipeline，当然也包含了ATAC数据分析的pipeline, 对应的网址如下https://www.encodeproject.org/atac-seq/目前最新版的pipeline网址如下https://github.com/ENCO
原创
2022-06-22 04:57:20
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本文要解读的文献如下于2013年发表在nature methods杂志上，引用多达2115次。作为ATAC的开篇之作，在文章中详细介绍了ATAC的原理及应用，分为了以下几个部分1. ATAC的实验方法ATAC通过tn5转座酶来富集开放染色质区域的DNA序列，经PCR扩增后进行NGS测序，实验流程如下图所示相比DNase-seq, FAIRE-seq, 该技术要求的细胞起始量低，而且文库构建耗时短
原创
2022-06-22 05:01:58
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ATAC使用Tn5转座酶来完成文库的构建工作，Tn5转座酶在连接adapter序列时，会存在9bp的gap，如下图所示上图来自来文献ATAC-seq: A Method for Assaying Chromatin Accessibility Genome-Wide从图上可以看出，为了填补gap区域，有一个5分钟的延伸过程，gap补齐之后在进行PCR扩增。Tn5转座酶的这一特性对于ATAC的分析
原创
2022-06-22 05:01:27
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测序数据量对于NGS数据分析是非常重要的，测序数据量过低，不能有效覆盖基因组完整信息，测序数据量过高，则会造成冗余，不够经济。为了验证当前测序量能否满足需求，或者说加大测序量是否能够进一步挖掘的更大量的信息，通常需要进行饱和度分析。在转录组和扩增子测序中，饱和度分析应用的已经非常成熟，对于WES/WGS等基因组测序而言，对测序深度也已经基本形成了统一共识。对于ATAC而言，测序饱和度分析要怎么做
原创
2022-06-22 04:59:18
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欢迎关注”生信修炼手册”!PEPATAC是基于python开发的一个ATAC数据分析的pipeline, 网
原创
2022-06-22 04:54:40
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欢迎关注”生信修炼手册”!在ENCODE提供的一系列质控指标中针对文库复杂度，提出了以下3种指标NRFPBC
原创
2022-06-21 09:54:03
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之前给大家写过一篇plot的基础操作，相信同学们应该没有看过瘾。不过主流的用的多的还是ggplot2，所以今天打算结合一个形成APA样板格式图片的实例写写ggplot2的操作和图的配色。关于APA格式大家可以去到美国心理学会的官网，就可以看到APA格式的详细介绍了： 包括论文模板、引注规则等等，内容可以说很丰富了，对于社科类学生，不会写论文的，这个网站就是金标准啦，强烈推荐下。不过我们今
欢迎关注”生信修炼手册”!Encode不仅共享了大量的组学数据，还开源了自己的数据分析pipeline, A
原创
2022-06-21 09:51:56
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由于Tn5转座酶的特性，在ATAC数据分析中，首选需要对bam文件中reads的比对位置进行shift， 然后再进行peak calling。那么如何进行这一操作呢？直接修改bam文件中reads的比对区域吗？当然你可以这样操作，但是bam文件的读写是一个非常费时的操作，因为bam文件中包含了序列，比对位置等完整信息，文件非常大。对于下游分析而言，其核心信息是reads比对到参考基因组上的位置，
原创
2022-06-21 09:54:05
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个人认为，R语言有两个强项，统计和绘图。在生物信息数据分析中，R语言更多时候是发挥一个科学计算和可视化的作用。当然，R语言的功能远不止于此，不仅可以作为脚本语言，解决统计分析和可视化的”小”问题，也可以编写一套完整pipeline, 解决整套数据分析的”大”问题。本文的主角就是这样一个R包-esATAC, 这个R包提供了一整套完整的ATAC数据分析的功能，对应的文章发表在Bioinformati
原创
2022-06-22 04:55:03
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欢迎关注”生信修炼手册”!对于数据分析而言，实战操作是最佳的学习方式。在自己没有测序数据的情况下，可以从公共
原创
2022-06-21 09:50:12
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概述 INTEWORK-TPA(Test Project Administrator, 以下简称TPA) 是一款集成的测试项目管理工具，它可以管理测试过程中的数据，包括需求、用例、样件、计划、报告和缺陷等；传统的管理方式一般基于多个软件，多是基于对单一过程的管理，缺少严谨的管理思想和过程的跟踪，作为测试项目管理的一体化解决方案，TPA 更关注于测试项目流程的
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2024-01-02 12:56:59
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ATAC-seq（Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing） 是2013年由斯坦福大学William J. Greenleaf和Howard Y. Chang实验室开发的用于研究染色质可及性（通常也理解为染色质的开放性）的方法， 原理是通过转座酶Tn5容易结合在开放染色质的特性，然后对Tn5
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2023-11-06 14:07:43
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欢迎关注”生信修炼手册”!在之前的文章中，我们解读过一篇引用达2000多次的ATAC经典文献引用2115次的
原创
2022-06-22 04:54:12
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提示：文章写完后，目录可以自动生成，如何生成可参考右边的帮助文档 文章目录一、面板数据基本概念二、STATA长面板数据分析步骤1.数据导入与处理2.描述性统计3.单位根检验4.协整检验5.模型的筛选6.模型的检验7.模型的估计 一、面板数据基本概念面板数据，即Panel Data，也叫“平行数据”，是指在时间序列上取多个截面，在这些截面上同时选取样本观测值所构成的样本数据。或者说他是一个m*n的数
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2023-07-04 19:57:41
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