1、度量准确性指标 1.1AlphaFold极大提高了蛋白质结构预测准确性 2. 原理及应用 2.1 论文介绍 2.2 原理 2.2.1 流程图 2.2.2 搜索同源序列和模版 2.2.3 特征构造 2.2.4 特征表示 2.2.5 残基对表示与MSA表示之间互相交换信息 2.2.6 残基的抽象表示 ...
转载
2021-09-01 10:42:00
2337阅读
2评论
1 #Run alphafold2 2 # conda activate af2 3 # run_alphafold.py --fasta_paths=Test.fasta --max_template_date=2020-05-14 4 5 #Changelog 6 1. vim /home/wa ...
转载
2021-08-31 16:34:00
293阅读
2评论
本文主要通过MindSpore复现了一个AlphaFold2文章中的算法21，该算法可以用于将蛋白质构象中的每一个氨基酸转化
原创
2023-04-02 22:33:35
267阅读
2020-12-16 03:25:07AlphaFold2的胜利就像是一场接力赛，往往是跑到最后一棒的人会有更多的高光时刻。但是，我们依然要记住为这门学科贡献智慧的人。来源 | 医健AI掘金志作者 | 李雨晨、刘海涛尽管，距离Deepmind公司AlphaFold2的横空出世，
转载
2020-12-16 13:03:50
474阅读
寻前使用基于Transformer的模型，在CASP14比赛上，刷新蛋...
原创
2023-05-02 09:35:16
148阅读
AI+Science：基于飞桨的AlphaFold2，带你入门蛋白质结构预测
原创
2022-02-21 15:49:48
594阅读
基因是构造生命的基本蓝图，而蛋白质则是生命功能的执行者和生命现象的体现者。细胞中的蛋白质主要是通过与细胞内
转载
2024-03-21 15:52:49
299阅读
2020年，AlphaFold2在CASP14蛋白质结构预测关键评估大赛中夺得透明，其预测的大部分结构达到了空前的准确度，不仅与实验方法不相上下，还远超解析新蛋白质结构的其他方法。经过2个月的审稿，AlphaFold论文发表于Nature杂志，详述了其算法原理和训练过程。为了方便学术应用，AlphaFold代码开源于Github：https://github.com/deepmind/alphaf
转载
2023-05-08 01:12:59
482阅读
今天向大家介绍一个集合了蛋白结构预测、功能注释、cadd等相关功能的在线服务网站：https://zhanggroup.org/如下图，左边栏列出了它的所有功能。挑了几个使用频率可能比较高的几个仔细了解了一下。 I-TASSERI-TASSER是一种蛋白质结构预测和基于结构的功能注释的分层方法。它首先使用LOMETS找寻建模的模板pdb结构，然后经过多次碎片组装模拟最终建立起目标序列的三维结构。这
安装之前注意gcc版本，我用centos8的4.8.5装不了，后面自己安装的gcc8.4.0 1. conda create -n af2 python=3.8 -y 2. conda activate af2 3. conda install -y -c nvidia cudnn==8.0.4 4 ...
转载
2021-10-22 11:34:00
1412阅读
2评论
文 | 李梅、黄楠2018 年，Deepmind 首次发布基于深度神经网络的蛋白质结构预测数据库 AlphaFold，在蛋白质预测中实现了最先进的性能；去年，AlphaFold 2 获得了 98.5% 的蛋白质预测率；前段时间，Deepmind 又重磅发布了数据集更新，称目前的 AlphaFold 已经预测了几乎所有已知的蛋白质。如何有效识别药物作用机制在今天仍然是一个巨大挑战，计算对接的方法已被
转载
2023-05-03 08:19:08
145阅读
最近，DeepMind开源AlphaFold2，让学术圈再一次沸腾了。这意味着，对于普通研究人员而言曾需要花几年时间才能破解的蛋白质结构，现在用AlphaFold2几小时就能算出来了！那么，如此厉害的AlphaFold2究竟如何做到的呢？DeepMind团队已经将它的详细信息在《Nature》上公开发表。现在，就让我们来看看AlphaFold2的魔法是怎么实现的吧。卷积消失了，Attention来
转载
2024-08-08 11:28:26
31阅读
自 2018 年底 AlphaFold 横空出世以来，蛋白质结构预测领域在 AI 的加持下可谓是发生了翻天覆地的变化。如今，AlphaFold 不仅在预测精度方面令人刮目相看，更是在最新的迭代中将预测范围逐步拓宽。也难怪中科院院士施一公曾在媒体面前毫不吝啬对其评价道，「依我之见，这是人工智能对科学领域最大的一次贡献，也是人类在 21 世纪取得的最重要的科学突破之一，是人类在认识自然界的科学探索征程
CNN+Rosetta还记得AlphaFold成名的那一战么？2018年的11月2日，在第13届全球蛋白质结构预测竞赛（CASP）上，AlphaFold获得了预测43种蛋白中的25种蛋白结构的最高分，在98名参赛者中排名第一。对于DeepMind的预测方法，由于当时没有具体论文发布，众多学者认为是计算能力突...
转载
2020-01-19 17:22:21
244阅读
的 GPT-3和 DeepMind 的 AlphaFold
转载
2021-02-03 13:00:04
141阅读
AlphaFold2助蛋白质结构预测，树AI for Science新高度
原创
2023-01-12 14:10:31
171阅读
对于蛋白质与其他分子类型的相互作用，与现有的预测方法相比，我们看到至少提高了50%，对于一些重要的相互作用类别
原创
2024-06-07 11:13:21
0阅读
2020 年：两大革命性突破 虽然人工智能在企业中的应用有所放缓，但今年人工智能研究的重大突破提醒人们，这是一个能够引发指数级变化的技术领域。 以 OpenAI 开发的 GPT-3 形式的自然语言处理，有可能成为第一个通用人工智能（artificial general intelligence，AGI）的先驱，这将是一个巨大的进步。 GPT-3 基于从互联
原创
2023-06-09 09:30:35
112阅读
如何使用在线Alphafold进行蛋白质折叠与对接
原创
2024-01-31 13:03:55
145阅读
