montreal-forced-aligner下载：conda create -n aligner -c conda-forge openblas python=3.8 openfst pynini ngram baumwelch
conda activate aligner
pip install montreal-forced-aligner
mfa thirdparty download #
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2021-04-04 22:15:18
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# 使用 Python Montreal Forced Aligner 的指南
Montreal Forced Aligner（MFA）是一种流行的工具，用于对音频文件进行强制对齐，也就是将文本与音频中的语音部分进行精确的时间标记。对于初学者来说，理解整个工作流程和代码实现是非常重要的。本文将带您逐步了解如何使用 Python 和 MFA 进行强制对齐。
## 整体流程
首先，让我们来看一下
介绍北大团队提出的 Aligner 模型对齐技术，通过学习对齐答案与未对齐答案之间的修正残差，提升大语言模型的性能。
介绍北大团队提出的 Aligner 模型对齐技术，通过学习对齐答案与未对齐答案之间的修正残差，提升大语言模型的性能。
导读考虑到在转录组比对时，有许多软件可以使用，但很少有介绍它们之间的差别。因此，本文主要介绍 STAR, KALLISTO, SALMON 之间的区别。1. 定义STAR 是
alignerKallisto/salmon 是
mapping2. aligner vs. mapping那么aligner 与 mapping的区别[1]是什么呢？2.1. aligner当我们比对一
论文lra: A long read aligner for sequences and contigshttps://journals.plos.org/ploscompbiol/article?id=10.1371/journal.pcbi.1009078https://github.com/ChaissonLab/LRA安装直接使用condaconda install -c
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2022-03-28 10:23:33
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hadoop@Master:~/cloud/adam/xubo/data/GRCH38Sub/cs-bwamem$ snap-aligner index GRCH38BWAindex/GRCH38chr1L3556522.fasta snapindex Welcome to SNAP version 1.0beta.23. Hash table slack 0.300000 Lo
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2023-01-04 10:49:52
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hadoop@Mcnode1:~/cloud/adam/xubo/snap$ ./snap-aligner index ../../down/xubo/GRCH38/GCA_000001405.15_GRCh38/seqs_for_alignment_pipelines.ucsc_ids/GCA_000001405.15_GRCh38_full_plus_hs38d1_analysis_set.f
原创
2023-01-04 10:54:38
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记录：hadoop@Master:~/cloud/adam/xubo/data/GRCH38Sub/cs-bwamem$ snap-aligner single snap/snapindex g38L100c10000000Nhs20.fq -o snap/g38L100c10000000Nhs20.snap.sam Welcome to SNAP version 1.0beta.23.
原创
2023-01-04 10:50:27
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在处理500bp和1000bp的时候，snap都无法处理：xubo@xubo:~/xubo/data/alignment/cs-bwamem$ snap-aligner single snapindex/ g38l500N10000.fq -o g38l500N10000.snap1.samWelcome to SNAP version 1.0beta.23.Loading index from
原创
2023-01-04 10:50:21
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通过修改Read.h中的400=》4000，之后可以运行，但是匹配的命中率好低。但是bwamen很不错，下一篇有记录。xubo@xubo:~/xubo/data/alignment/cs-bwamem$ snap-aligner single snapindex/ g38l500N10000.fq -o g38l500N10000.snap1.samWelcome to SNAP version
原创
2023-01-04 10:50:38
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对常用的比对软件学习进行用法整理记录。记录的内容相对简单，详细说明及用法还得参考软件使用说明书bwa、bowtie2、tophat、hisat
bwa
bwa(Burrows-Wheeler Aligner)
bwa文档说明
http://bio-bwa.sourceforge.net/bwa.shtml
BWA用于将低差异的序列映射到一个大的参考基因组，如人类基因组。由BWA-
生物信息学序列比对算法——动态规划前言一、LCS问题1. 子序列2. 公共子序列二、Needleman Wunsch三、Smith Waterman算法四、算法实现（函数式）五 算法实现（面向对象）aligner.haligner.cppmain.cpp总结 前言序列比对是生物信息学中非常重要的一个概念，对分析生物数据具有不可或缺的作用。目前绝大多数的序列比对工具均包含了基于动态规划的序列比对的
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2023-07-01 15:29:25
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掩膜(mask)1.在有些图像处理的函数中有的参数里面会有mask参数，即此函数支持掩膜操作，首先何为掩膜以及有什么用，如下：数字图像处理中的掩膜的概念是借鉴于PCB制版的过程。在半导体制造中，许多芯片工艺步骤采用光刻技术。(相关联的就是目前大热的光刻机，又名：掩模对准曝光机，英文名Mask Aligner)用于这些步骤的图形“底片”称为掩膜(也称作“掩模”)，其作用是：在硅片上选定的区域中对一个
