首先进行Blast类型的选择：blastp:将待查询的蛋白质序列及其互补序列一起对蛋白质序列数据库进行查询；blastn:将待查询的核酸序列及其互补序列一起对核酸序列数据库进行查询；blastx:先将待查询的核酸序列按六种可读框架(逐个向前三个碱基和逐个向后三个碱基读码)翻译成蛋白质序列，然后将翻译结果对蛋白质序列数据库进行查询；tblastn:先将核酸序列数据库中的核酸序列按六种可读框架翻译成蛋
参考基因组及注释下载现有比对工具在做mapping之前，都需要下载对应物种的参考基因组做index，而如何选择合适的参考基因组是一件非常重要的事情。现有的参考基因组存储网站三个： ENSEMBL UCSC NCBIUCSC 的命名是hg/mm系列，之前最常用的就是hg19参考基因组了。 ENSEMBL的命名规则则是采用GRCh/m的方式，GRCh37对应hg19，hg38对应GRCh38。 现阶段
学习内容
了解可用的基因组注释数据库和存储信息的不同类型
比较和对比可用于基因组注释数据库的工具
应用各种 R 包检索基因组注释
基因组注释对二代测序结果的分析需要将基因、转录本、蛋白质等与功能或调控信息相关联。为了对基因列表进行功能分析，我们通常需要获得与我们希望使用的工具兼容的基因标识符。在这里，我们讨论了您可以获得基因注释信息的方法以
GBase 8s 的基本恢复过程如下：（1）首先恢复元数据。 （2）备份描述控制页面列表列出了用户页面将要被恢复的去向。这些列表的物理地址和 extent 大小将被记录在内存表中。（3）恢复客户端将从磁盘上读取 smart-large-object 页面，并由服务器将其写入控制页 所指定的位置。 其过程如图所示： 另外，在 GBase 8s 进行恢复时，需要用到以下的
相信，基因信息检索涉及到我们每个科研实验人员每天的日常实验中，而用的多的几个数据库莫过于NCBI RefSeq，Ensemble，mirBase三个数据库。那这三个数据库中基因信息都是根据什么规则来命名的呢？一、NCBI RefSeqNCBI RefSeq(美国国立生物技术信息中心参考序列库)是目前世界上最具有权威性的序列数据库，该数据库中所有的数据是一个非冗余的、提供参考标准的数据，包括染色体、
本文主要介绍 Ensemble Learning ，原文浅显易懂，就不翻译了。本文
转载
2022-08-06 01:09:11
162阅读
众多不同的数据库所采用的对 Gene 和 Protein 编号的 ID 也是不同的, 所以在使用不同数据库数据的时候需要进行 ID 转换.常用数据库 IDID 示例ID 来源ENSG00000116717Ensemble IDGA45A_HUMANUniProtKB/Swiss-Prot, entry nameA5PJB2_BOVINUniProtKB/TrEMBL, entry nameA2BC
集成学习(ensemble [ɒnˈsɒmbl] learning)通过构建并结合多个学习器来完成任务，有时
原创
2021-07-07 09:24:26
332阅读
欢迎关注”生信修炼手册”!mRNA是基因实时表达的产物，研究mRNA可以探究基因表达以及调控的规律；同时也可
原创
2022-09-05 13:35:41
154阅读
通过聚集多个分类器的预测来提高分类准确率的技术称为组合学习/集成学习(Ensemble Learning)。本文主要介绍相关概念，叙述几种常见集成学习模型
原创
2022-10-11 14:58:34
197阅读
# PyTorch Ensemble Stacking
Ensemble learning is a popular technique in machine learning where multiple models are combined to improve the overall performance. One such method is ensemble stacking, w
# 如何实现Python模型Ensemble
作为一名经验丰富的开发者，你要教会一位刚入行的小白如何实现Python模型Ensemble。下面是整个过程的流程图：
```mermaid
flowchart TD;
A(准备数据)-->B(训练单个模型);
B --> C(调参优化模型);
C --> D(训练多个模型);
D --> E(集成模型);
E
1.集成学习简介集成学习是通过构建并结合多个学习器来完成学习任务，这些学习器被称为“个体学习器”，不同的个体学习器 和 这些个体学习器的不同的集成方式决定了不同的集成学习方法。如果个体学习器都是从某一种学习算法从训练数据中产生，则称这样的集成学习是同质的，此时的个体学习器也称作基学习器，相应的学习算法称作基学习算法；如果个体学习器是从某几种学习算法从训练数据中产生，则称这样的集成学习是异质的强可学
这一篇文章是回答知识星球中一位星友的提问，她的电脑内存有限，无法直接使用所有数据，只能分析部分数据。数据来源: https://content.cruk.cam.ac.uk/jmlab/atlas_data.tar.gz 解压缩之后，得到下面数据 数据清单
其中raw_counts.mtx是以「稀疏矩阵」格式存放的表达量数据，文件为6.5G, 用普通的文本编辑器无法打开，我们
T1 NKOJ 译密码子 DNA是一切细胞生物的遗传物质。它能指导蛋白质的合成，从而控制细胞的新陈代谢和生物的性状。中心法则（genetic central dogma） 是所有有细胞结构的生物所遵循的法则，它的主要内容是遗传信息从DNA传递给mRNA，再从mRNA传递给蛋白质的转录和翻译的过程。 mRNA是由许多核糖核苷酸组成的链状分子，但这
地址：https://arxiv.org/pdf/2007.009.pdf
转载
2020-07-14 12:37:00
180阅读
2评论
总结一下：EasyEnsemble算法用途：解决数据的不均衡问题。目前，对于数据不均衡问题，多使用采样的方法，包括过采样（上采样）和欠采样（下采样）以及混合采样，其中欠采样简单地说就是从多数类样本中抽取样本，使得抽取的样本数与少数类样本相等，从而达到数据均衡。常见的欠采样有随机欠采样、ENN等；过采样即增加少数类样本，使得少数类样本数与多种类样本相等，从而实现样本均衡，常见的过采样包括随机过采样、
\
原创
2022-01-26 10:24:29
135阅读
1、 biee介绍2、 模型的介绍3、 简单报表demo4、 图表以及视图介绍介绍 BIEE是Oracle Business Intelligence Enterprise Edition（Oracle商业智能企业套件）的简称，源自Siebel公司（2005年12月23日被Oracle公司收购）的分析产品。BIEE的报表功能分为2块，一为"答复（A
所谓ensemble learning，简单来说，是指综合多种基础模型或弱分类器来完成最终的决策的机器学习方法。
转载
2022-12-01 19:10:24
33阅读
