VEP是一款强大的注释、分析软件，在我们的变异检测中经常使用其进行SNP、INDEL、CNV和SV的注释，同时借助数据库的内容，对变异结果进行过滤。如此一款强大和功能齐全的软件，其参数必然会非常之多，对于初次接触的人来说，过多的参数非常影响对此软件的理解和使用，甚至耗费大量时间来安装软件。笔者也面对了此问题，耗费大量时间在软件调研和安装步骤中，为了方便后来者的快速使用，特此将安装使用心得分享给大家
本文概述由于将项目的paragonie / random_compat依赖项(或项目的依赖项的依赖项)升级到1.5或主要版本而出现此错误。许多开发人员在使用Laravel和Symfony(symfony / polyfill-php70)时都遇到了这个问题。基本上是问题所在, 如消息中所示, 你的系统上没有更新的PRNG, 你需要提供一个。伪随机数生成器(PRNG), 也称为确定性随机位生成器(D
基因组编辑是在基因组水平对基因进行精确、定向修饰的一种高效生物技术方法。简单、高效的CRISPR/Cas9编辑体系的出现给生命科学带来了新的技术革命。CRISPR/Cas9通常在基因组靶向位点造成DNA碱基的添加或删除，导致基因功能的缺失。近日，中国科学院遗传与发育生物学研究所高彩霞研究组建立了一个通过CRISPR/Cas9高效调控内源mRNA翻译的方法。该方法可通过提高蛋白质翻译效率，增加目标基
1 IIS安装和windows系统配置1.1 IIS安装检查是否安装好了IIS，可在【管理工具】的【服务管理器】中查看，如下图所示表示安装了IIS。 确认IIS已完全安装，点击上图中的Web服务器（IIS）： 如果未完全安装，点击角色服务右侧的“添加角色服务”，全部勾选进行安装。如果没有安装IIS，可以通过【添加角色】安装注意：必须使用Administrator用户进行安装&n
题目：Improving Silkworm Genome Annotation Using a Proteogenomics Approach期刊：Journal of Proteome Research发表时间：June 28, 2019DOI：10.1021/acs.jproteome.8b00965分享人：张霞 内容与观点：1、 文章研究概述桑蚕是一种重要的经济昆虫，并作为鳞翅目模
QIIME 2用户文档. 7帕金森小鼠教程Parkinson’s Mouse Tutorial原文地址：https://docs.qiime2.org/2021.2/tutorials/pd-mice/本教程将使用来自人源化(humanized)小鼠的一组粪便样品，展示16S rRNA基因扩增子数据的“典型”QIIME 2分析。最初的研究，Sampson等，2016旨在确定粪便微生物组是否有助于帕
在2018年8月举行的亚运会女子50米仰泳比赛中，中国队的刘湘以26秒98的成绩打破世界女子50米仰泳尘封9年的世界纪录，在赛场上刮起了中国旋风。一年之后的2019年10月2日，在另一个特殊的赛场上，中国人又破了一项尘封9年的世界纪录——全球数据库领域最权威的国际事务处理性能委员会（TPC）在其官网上宣布，阿里巴巴/蚂蚁金服的分布式关系数据库OceanBase打破数据库基准性能测试（TPC-C）的
1.基本GFF和GTF是两种最常用的数据库注释格式，基因注释文件。GFF全称为general feature format，这种格式主要是用来注释基因组。GTF全称为gene transfer format，主要是用来对基因进行注释，对染色体上的基因进行标注。//我这里关注的主要是GTF文件。2.格式以tab键分割为9列：seq_id：染色质名称；source：注释团队；type: 注释信息的类型
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2024-04-22 10:05:09
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目标实现对beanName包含service的bean对象的每个方法, 都打印出其运行时间beanName不包含service的不打印通过@EnableMethodCostTime注解来控制打印的开启与关闭本文涉及知识本文的实现@EnableXXX注解的方法可以看做是对多数spring中该类型注解实现的模拟 同时, 在bean对象初始化时, 对对象生成代理对象从而增强, 体会bean的生命周期 同
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2024-10-17 09:20:44
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简介TASSEL是一个软件包，用于评估性状关联、进化模式和连锁不平衡。本软件的优点包括:1. 有机会使用一些新的强大的统计方法来进行关联映射，例如通用线性模型(GLM)和混合线性模型(MLM)。MLM是我们实验室发表在《自然遗传学》杂志上的论文——关联映射的统一混合模型方法——的一种技术的实现，它减少了与复杂谱系、家庭、创始效应和种群结构关联映射中的I型错误。2. 能够处理广泛的索引(插入和删除)
Yang, H., Bell, T., Churchill, G. et al. On the subspecific origin of the laboratory mouse. Nat Genet 39, 1100–1107 (2007). https://doi.org/10.1038/ng2087Supplementary Text and Figures这篇2007年发表在NG上的文章
通俗理解：一个算法的能力是有限的，把多个算法模型集成在一起Boosting方法（串行）Boosting主要思想是将弱学习器组装成一个强学习器（通过加法模型将弱分类器进行线性组合）训练集数据在学习过程中，通常根据它们的上一轮的分类准确率给予不同的权重，加弱学习器之后，数据通常会被重新加权，来强化对之前分类错误数据点的分类（每轮学习完，分类错误的，增加样本的权重，降低弱学习器的权重）个体学习器之间存在
写笔记的目的一是加深对论文的理解，二是便于日后回顾。标题：Urban Traffic Prediction from Spatio-Temporal Data Using Deep Meta Learning简介：KDD 2019的论文，考虑了节点和边的元信息来做预测。解决的问题：已有的ST模型大体包括特征提取模块、预测模块，对于预测模块关注的少，文章认为，不同的区域，如办公区，住宅区在早晚高峰会
基因组注释基因组注释(Genome annotation) 是利用生物信息学方法和工具,对基因组所有基因的生物学功能进行高通量注释,是当前功能基因组学研究的一个热点。基因组注释的研究内容包括基因识别和基因功能注释两个方面。基因识别的核心是确定全基因组序列中所有基因的确切位置。从基因组序列预测新基因,现阶段主要是3 种方法的结合: (1) 分析mRNA 和EST数据以直接得到结果; (2) 通过相似
参考基因组及注释下载现有比对工具在做mapping之前，都需要下载对应物种的参考基因组做index，而如何选择合适的参考基因组是一件非常重要的事情。现有的参考基因组存储网站三个： ENSEMBL UCSC NCBIUCSC 的命名是hg/mm系列，之前最常用的就是hg19参考基因组了。 ENSEMBL的命名规则则是采用GRCh/m的方式，GRCh37对应hg19，hg38对应GRCh38。 现阶段
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2024-05-11 13:45:39
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Ensemble IDEnsemble ID 是Ensembl 数据库使用的ID标识符，用于标识不同的分子特征，如基因，转录本，外显子，蛋白。大多数据库都有一套自己的ID命名。ID 主要是为消除歧义，在特征注释或数据库更新时也能保持一致。不像人为命名的分子名字，如基因名字那样可能发生改变。就类似于我们的身份证号, 名字方便于平常的交流使用，ID是独一无二的。ID 格式Ensemble ID 个格式
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2024-05-06 17:53:01
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大佬的记录EasyEnsemble：一种简单的不平衡数据的建模方法（附测试代码）桔了个仔旅居新加坡/AI风控/数据科学/FinTech/码农102 人赞同了该文章摘要虽然我这里洋洋洒洒写了2000字，但实际原理我一句话就能讲完，那就是”通过重复组合正样本与随机抽样的同样数量的负样本，训练若干数量分类器进行集成学习“。但为了让大家对这个算法有深入的了解，还是写一篇详细的文章，顺便跑个数据
1.测试数据的准备和相关包的安装。library(stringr)
> d1 <- read.table('test.txt', sep = '\t', header = TRUE)
> d1
tag t c g a
1 ENSG00000000003.13 2969 4725 1350 1667
2 ENSG00000
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2024-10-17 10:02:15
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1.集成学习简介集成学习是通过构建并结合多个学习器来完成学习任务，这些学习器被称为“个体学习器”，不同的个体学习器 和 这些个体学习器的不同的集成方式决定了不同的集成学习方法。如果个体学习器都是从某一种学习算法从训练数据中产生，则称这样的集成学习是同质的，此时的个体学习器也称作基学习器，相应的学习算法称作基学习算法；如果个体学习器是从某几种学习算法从训练数据中产生，则称这样的集成学习是异质的强可学
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2024-05-18 16:22:16
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SRA（Sequence ReadArchive）数据库是NCBI(National Center for Biotechnology Information)旗下用于存储高通量测序数据的子库。来自世界各地研究的测序数据在此处都可以免费下载，本文就聊聊如何下载SRA数据库对应的测序数据。1. SRA基本框架下载数据之前，咱们可以先聊聊SRA数据库的一些基础知识。 SRA数据库的组织框架是基于 ST
